早く修行を始めたくて、病室をぬけ出すナルト。だが、医療班に見つかり連れもどされ、ベッドにぐるぐる巻きにされてしまう。

こっそり里を去ろうとするサクラ。彼女の決意に気づいていたナルトは、ベッドの縄を引きちぎってサクラを追いかける。「止めてもムダよ」と言うサクラに、自分もいっしょに行くと告げるナルト。その時、木陰から自来也があらわれた。自来也は「サスケが連れ去られた『田ノ国』を調査し、報告せよ」と火影から任務が下ったという。そしてナルトとサクラは、自来也とともに行動を開始することに…。

忍犬の数千倍もの嗅覚を持つ「微香虫」をさがす任務で、キバ、シノ、ヒナタそしてナルトは虫たちの住む窪地を訪れた。写真を手がかりに微香虫をさがす一行だが、ナルトには虫のちがいがわからない。カブトムシや凶暴な「微香虫もどき」を見つけては、シノたちにダメ出しをされる。

そんなナルトたちのようすを、陰からうかがう忍たちがいた。岩隠れの術で身をかくしたスズメバチ、クロバチ、ジバチの３人だ。彼らもまた、微香虫を手に入れようと画策していたが…。

黒鍬ファミリーが退散して、カタバミ金山にも平和がおとずれたかのようにみえた。しかし、芥子は何かをたくらんでいる表情。やがて、ガケの上にひそんでいた黒鍬衆が、大岩を落としてナルトらに奇襲をかけてきた。

黒鍬衆は忍法・黒竜巻と、岩も斬る鉄ツメで次々と攻撃をしかけてくる。それをよけつつ、応戦するナルトだったが…。