네지는 백안으로 적의 위치를 파악하지만 이는 란마루가 만들어낸 허상일뿐, 나루도들의 공격도 허사로 돌아간다. 하지만 네지의 백안으로 적의 모습을 발견, 공격하지만 그것들의 정체는 말라죽은 나무나 바위였을 뿐… 사물에도 경락계가 보인다는 사실에 네지는 놀라는데.... 곧이어 이어지는 라이가의 공격에 아이들은 기절해버린다.

되살아난 라이가가 본 것은 죽은 듯이 누워있는 란마루. 절망한 라이가는 숨길 수 없는 분노를 내뿜고, 격렬한 번개를 부른다. 라이가를 막기위해 필사적으로 응전하는 텐텐. 그러나 라이가의 분노와 슬픔은 좀처럼 가라앉지 않는다. '나뭇잎마을에서 나루토 일행 놈들만 오지 않았더라면 나와 란마루는 영원히 함께 할 수 있었는데' 라고 생각한 라이가는…

깨어난 사자나미는 자신의 과거사를 털어놓는다. 작은 마을의 대장장이로 살다가 축제날 주문받은 칼을 전해주러 갔다가 고슨쿠기와 마주친 일, 고슨쿠기가 저지른 죄를 뒤집어쓰고 마을 떠난 고슨쿠기를 잡아 누명을 벗기 위해 현상금사냥꾼이 되었다는 얘기를 털어놓는다. 그리고 고슨쿠기를 양보해주겠냐고 하지만 아이들은 거절하고 고슨쿠기를 뒤쫓는다. 분신에게 유인당한 아이들은 고슨쿠기가 오케이절의 황금종을 훔쳐 달아나는 것을 보고 뒤쫓는다. 아이들을 따돌린 고슨쿠기는 사자나미에게 잡히지만 사자나미는 자신을 뒤쫓던 가츠라는 현상금사냥꾼에게 잡히고 만다. 하지만 가츠의 도움으로 사자나미는 누명을 벗고 무죄를 입증한다.

모소의 환술에 홀려 위험에 빠졌던 나루토는 치시마덕에 정신을 차리고 토키를 인질로 잡고 있던 모소는 떠돌이닌자의 우두머리인 자신, 호키의 본모습을 드러내고 나루토를 공격한다. 하지만 치시마가 대신 공격을 받고 쓰러지며 토키를 지켜달라고 한다. 나루토는 호키를 공격하다 물에 빠지고 그 곳에서 사기의 영혼을 만난다. 사기는 토키가 복수가 아니라 새의 나라를 맡아주길 원했다며 멈춰버린 시간을 다시 움직여달라고 부탁한다. 물밖으로 나온 나루토는 그림자분신으로 호키를 쓰러트리고 토키에게 사기의 얘기를 전해준다. 그 후 토키는 다시 영주의 자리에 올라 새의 나라를 잘 다스릴 것을 다짐한다.

나루토는 요인이라는 말에 신나서 임무를 맡겠다고 하지만 그 임무가 자신이 생각하던 요인경호가 아니라 닌자를 동경하는 버릇없는 부잣집 꼬마의 1일 닌자체험놀이를 봐주는 일이란 것에 치를 떤다. 여느 때처럼 D등급 임무를 수행하는 나루토곁에서 버릇없는 꼬마는 돈으로 경호원들을 마구 부리고 친구도 돈으로 사면 된다고 한다. 나루토는 꼬마에게 돈 쓰지 않고 자기 힘으로 원하는 것을 손에 얻는 법을 가르쳐주려고 하고 잘 따르던 아이는 그만 돈을 노리는 악당들에게 잡히고 경호원들은 돈을 쫓아 꼬마를 배신한다. 나루토와 도망친 꼬마는 나루토가 위험한 순간에 용기를 내서 나루토를 구하고 돈이 다가 아니라는 사실을 깨닫는다.

아카호시는 마을을 위해서라며 스마루를 조종하고 나츠히는 스마루를 위해 별을 포기하고 내어준다. 아카호시의 공격에 나츠히는 쓰러지고 아카호시는 스마루를 버리고 아이들을 데리고 떠나고 호쿠토만이 스마루 곁에 남는다. 네지는 수행의 부작용에 아카호시의 공격으로 치명상을 입었다며 다시 한번 술법을 쓰면 나츠히의 목숨이 위험할 거라고 경고한다. 나츠히는 스마루와의 오해를 풀고 별을 없애기 위해 다시 마을로 향한다. 아이들이 급히 뒤쫓아오지만 결국 나츠히는 별의 수행으로 인한 부작용으로 쓰러지고 아카호시는 호시카게의 자리에 오르고 스마루와 호쿠토를 탈주닌자로 선포하고 없애라고 명령을 내린다.

시즈네에게 쿠데타 사실을 전해들은 츠나데는 아이들의 임무에 대해 의구심을 품게 된다. 한편 나루토는 지가의 술법에 속수무책으로 당해 쓰러진다. 히나타가 땅속에 파묻힌 나루토를 겨우 구해내지만 나루토는 도망가라고 말한다. 지가는 하루나의 소재를 묻지만 히나타는 대답하지 않고 달아난다. 달아나던 중 지가의 약점을 깨달은 히나타는 지가를 사철이 많은 지대로 유인하여 차크라를 폭주시키는 혈을 찌르고 온몸이 자석이 된 지가는 사철에 묻히고 히나타도 함께 묻히려 한다. 그 때 쫓아온 나루토가 히나타를 구하고 히나타는 쵸지에게 맡기고 하루나를 쫓아간다. 하루나는 나루토에게 볼모 시절의 서러움을 토해내고 나루토는 하루나를 데리고 달아나지만 뒤이어 쫓아온 렌가에게 잡히고 만다.

나루토는 분신의 도움을 받아 야쿠모가 있는 세계로 들어간다. 그리고 운카이는 숨겨진 진실을 밝힌다. 어려서부터 부담감에 시달리던 야쿠모의 심층의식에서는 이드라는 괴물이 자라나고 이드가 집에 불을 내어 야쿠모의 부모를 살해한 것. 3대 호카게는 야쿠모를 처리하자는 운카이의 제안을 거절하며 이드를 제어할 방법을 찾거나 그것이 안 되면 능력을 봉인해야할 것이라며 쿠레나이를 시킨다. 쿠레나이는 야쿠모의 원망을 감내하며 그 비밀을 지켜온 것이다. 기억을 되살린 야쿠모는 자결하려 하지만 이드가 나타나 이를 막는다. 쿠레나이는 사람은 누구나 마음 속에 짐승을 키우고 살지만 그것을 조절할 수 있다면 꿈을 이룰 수 있다며 이드를 막을 수 있는 것은 너뿐이라며 야쿠모를 격려한다. 야쿠모는 용기를 내어 이드를 처치하고 평화를 찾고 8조도 다시 돌아올 거라는 쿠레나이의 말에 기뻐한다.

나루토는 멘마가 마을을 습격한 도적 패거리라는 사실이 믿어지지 않는다. 한편 마을 사람들은 멘마를 의심해서 배척한다. 마을 사람들이 멘마를 공격하는 순간 도적떼가 마을을 다시 습격한다. 나루토 일행은 그들과 싸움을 벌이고 어려운 순간 멘마의 도움을 받는다. 멘마는 시운이 강 상류의 둑을 폭파시켜 마을을 수장시키려 한다며 광산을 터트려 물길을 막자고 한다. 그리고 자신은 시운 일행의 손에 자랐고 마을을 습격한 일을 후회하며 시운을 막고 싶다고 고백한다. 시운은 나루토에게 시운을 맡기고 광산에 기폭찰을 설치해서 자폭하여 마을을 구한다. 마을 사람들은 멘마의 죽음앞에 숙연해지고 나루토는 친구를 잃은 쓸쓸한 마음으로 나뭇잎마을에 돌아온다.