나뭇잎 마을에서도「중급닌자시험」에 나갈 닌자들을 뽑게되었다. 그리고 그 중에는 나루토, 사쿠라, 사스케들도 포함되었다. 하지만, 나루토들의 참가에 이루카가 강하게 반대한다. 아직 나루토들은 너무 어린데다가 경험·실력 모두 너무 미숙하다는 것이다. 똑같이 신인이면서 참가하는 팀에는 지난회 시험도 넘겨버리고, 그 사이에 충분한 실력을 단련해 온 팀도 있을 정도다. 간단하게는 합격할 수 없다… 그것을 이루카는 잘 알고 있었던 것이다. 「나루토들의 가능성을 부수어 버릴 생각인가!?」라고, 이루카는 카카시에 묻는다. 그러나 카카시는 「그들은 충분히 성장했다」라고 단언하는데…

아이들은 모소의 집으로 찾아가고 모소는 반드시 무사의 정체를 밝혀달라며 정중히 부탁한다. 아이들은 무사의 출현에 대해 얘기하며 모든 것이 코메이의 짓이라 결론내리고 사기를 만나기 위해 사기의 추억의 장소로 향한다. 호수에서 여동생과의 추억을 되새기는 사기, 하지만 자객이 나타나 사기를 해치려 하고 사기는 아이들의 도움으로 목숨을 구한다. 그러나 사기는 아이들과 치시마에게 차갑게 대하고 치시마는 아버지와 여동생의 죽음으로 사기가 변했다고 말한다. 자객들이 던진 수리검이 코메이가 이끄는 근위병이 쓰는 것임을 알고 아이들은 코메이가 범인이라 확신하고 코메이의 집으로 가 어디론가 향하는 코메이를 뒤쫓는다. 코메이가 무사와 마주치는 순간, 무사에게서 이전과는 달리 인간의 기척이 느껴지지만 쓰러트린 후 열어본 갑옷 안은 다시 비어있다. 코메이는 체포당하고 네지는 무사는 둘이라는 결론을 내린다.

나루토를 찾지 못 한 앙코와 시노는 일단 숙소로 가고 오로치마루는 자신을 위해 실험중이라는 아마치라는 사내를 만난다. 한편 바다의 나라측은 현금수송선의 출발이 내일로 앞당겨졌다고 얘기한다. 나루토는 이사리비가 구해준 것을 알고 살갑게 대하지만 이사리비는 냉담하고 동네 아이들의 장난에서 구해줘도 차갑기만 하다. 한편 나루토를 찾아 다니던 이노와 시노는 마을 주민들로부터 귀계섬과 귀신놀음이 상관있다는 얘기를 듣고 이사리비의 집으로 향한다. 어디론가 향하는 이사리비의 뒤를 쫓던 앙코와 이노 시노는 이상한 몸으로 변한 이사리비를 해마로 간주하고 생포한다. 앙코는 이사리비를 보고 10년 전 오로치마루가 지워버린 자신의 기억 속에서 오로치마루의 실험을 기억해낸다. 한편 달려온 나루토는 이노가 잡은 해마가 이사리비란 것을 눈치채지만 요로이가 나타나 이사리비를 데리고 사라진다.

임무를 수행하고 돌아가던 나루토는 우연히 파발닌자를 만나게 된다. 그리고 잠시 들린 온천마을에서 지라이야를 만나는데 원고를 쓰기 위해 체류중이던 지라이야는 아카츠키 멤버가 모레 오기로 했다며 수행을 하자는 말에 시간이 없다고 거절한다. 결국 나루토는 멋대로 원고를 쓰고 파발닌자에게 출판사로 보내달라고 전하는데 이 과정에서 그만 다른 파발닌자와 내용물이 바뀌고 만다. 원고를 멋대로 써서 보냈다는 말에 화가 난 지라이야는 나루토와 파발닌자를 쫓아 우편물을 뺏지만 거기에 전운이 감도는 두 나라에 전쟁을 막을 화친의 밀서가 있음을 알고 다시 우편물을 바꾸기 위해 어금니의 나라로 가는 닌자를 다시 찾아나선다. 가까스로 따라잡지만 파발닌자와 동료들은 우편물을 전하기 위해 안간힘을 쓰고 결국 우편물이 전달되고 만다. 하지만 러브러브 시리즈 원고를 본 영주는 기분이 좋아져서 전쟁을 그만두고 화해를 결정하고 두 사람은 넋이 나간다.

아이들은 스마루를 쫓아 별마을로 향한다. 스마루는 쓰러진 나츠히를 보고 오열하고 아카호시는 수행장을 통째로 폭파시킨다. 분노한 호쿠토는 사람들에게 별의 수행을 하면 모두 죽게 될 거라고 하지만 아카호시는 마을에 대한 사랑이 부족한 경우에만 그렇게 된다고 반박한다. 그러나 미즈라가 나타나 자신의 상처를 보여주고 마을 사람들은 아카호시에게 등을 돌린다. 화가 난 아카호시는 3대 호카게를 죽인 사실까지 스스로 말하고 별을 이용해 엄청난 차크라로 사람들을 압도한다. 하지만 나츠히가 남긴 차크라가 스마루를 구하고 나루토에게 힘을 주어 나루토는 아카호시를 쓰러트린다. 마을로 돌아온 아이들은 별을 부셔버린 일로 혼나지만 별마을 아이들이 치료를 받고 건강해져서 즐거워한다.

물을 사용하는 루이가의 공격에 속수무책으로 당하던 나루토 일행은 곤봉을 다우징 처럼 들고 있던 루이가의 모습을 떠올리고, 루이가를 물이 없는 바위산 위로 유인하여 루이가의 쓰러트린다. 히나타와 같이 도망간 하루나는 반드시 살아남아야 한다는 강박관념에 휩싸여 히나타를 기절시키고 혼자 도망가고, 나루토는 히나타와 만나 부상당한 유리노조를 부탁한다. 지가는 나라를 많이 차지하고 싶은 욕심에 쓰러져있는 동생 루이가를 처단해버리고, 나루토를 만나 자석인법으로 공격을 시작하는데..

리가 정기검진에 빠지자 츠나데는 나루토에게 리를 데려오라고 한다. 츠나데는 리에게 경락계에 손상이 있다며 임무도 빠지고 연화투는 다시 쓰지 말라고 한다. 리는 상심하고 이를 본 나루토와 텐텐은 결과가 심각한 거라며 걱정한다. 상심한 리 앞에 가이가 나타나 용기를 복돋워주고 리는 가이와 닌자학교 도장에서 수행을 하다 야구라라는 소년을 만난다. 야구라는 리에게 대련을 부탁하고 엄청난 기술로 리를 공격해 부상을 입힌다. 츠나데가 임무를 내리자 가이는 야구라를 데려가게 해달라 말하고 다리를 다친 리 앞에 나타난 야구라는 이를 이용해 리를 좌절시키려 한다. 마을에 온 야구라가 가짜라는 것을 안 츠나데는 네지 텐텐 나루토에게 가이를 뒤쫓게 하지만 길을 잘못 잡은 아이들은 한참 헤맨다. 한편 가이는 쿵푸 연습용 나무인형이 있는 곳으로 접어들어 나무인형과 결투를 벌이게 된다.

쓰러진 나루토는 기이한 꿈을 꾼다. 꿈에서 쿠레나이는 닌자를 포기하지 않으면 봉인술로 야쿠모의 능력을 봉인하겠다고 말한다. 깨어난 나루토는 사토미산장으로 향하는 쿠레나이에게 꿈 얘기를 하고 쿠레나이는 꿈이 아니라 사실이며 제자의 능력을 없앤 자신은 8조 아이들을 가르칠 자격이 없다고 말한다. 한편 야쿠모가 있는 사토미산장을 쿠라마 일족의 닌자들이 습격한다. 연락을 받은 츠나데는 사쿠라 가이와 8조 아이들을 불러서 산장으로 보낸다. 그리고 야쿠모가 가진 환술의 잠재능력은 엄청나고 위험할 정도며 야쿠모의 부모가 갑자기 목숨을 잃으며 명문이던 쿠라마일족이 몰락했음이 밝혀진다. 한편 쿠레나이는 쿠라마 일족이 쳐놓은 환술을 헤치고 무사히 야쿠모를 만난다.

나루토는 몬쥬를 궁지에 몰아넣지만 마침 나타난 슈라가 아키오를 데려가고 만다. 토도로키는 슈라가 데려간 것이 아키오란 사실을 알고 절망한다. 간테츠는 나루토 리 토도로키를 반닌자단의 아지트로 안내한다. 아키오는 보물이 있는 곳을 대라며 슈라로부터 고문을 당한다. 마침내 슈라의 저택에 도착한 나루토 일행, 하지만 슈라가 준비한 함정에 걸리고 만다. 나루토는 달아나는 슈라를 쫓아가 해치우고 토도로키는 불길 앞에서 5년전의 악몽을 떠올리고 용기를 잃지만 간테츠가 아키오를 지킨 것을 깨닫고 간테츠와 아키오를 구해서 데리고 나온다. 간테츠가 키워온 아이들과 만난 나루토 일행, 토도로키는 반닌자단은 괴멸됐으며 간테츠도 그 와중에 사망한 것이라며 아키오를 두고 떠난다.

수학으로 변하고 있는 가아라는 엄청난 차크라를 내뿜고 세이메이는 그 차크라를 빨아들인다. 가아라는 예전에 나루토와 했던 말을 떠올리며 애써 자신안의 수학을 억누르고 원래 모습으로 돌아온다. 세이메이는 이런 가아라를 비웃지만 가아라는 바위를 모래로 만들어 세이메이를 물리친다. 가아라 일행은 고마움의 인사를 전하고 나뭇잎마을을 떠나고 임무를 통해 뒤처진 자신을 느낀 이노는 사쿠라에게 의료닌자가 되고 싶다고 말한다. 그리고 나루토는 돌아온 지라이야와 함께 사스케를 되찾기 위해 자신을 단련하기 위한 수행여행을 떠나게 된다.