再不斬の裏をついたカカシが、ついに再不斬のノド元に切先をつきつける。背後から再不斬を封じたカカシの勝利はまちがいないものに思えた。しかし、この再不斬の肉体もまた、「水分身」によって作られたニセモノであった！　一瞬にして形勢は逆転、今度はカカシが再不斬に追いつめられ、「水牢」の中に閉じこめられてしまう。

もはやタズナを守るのはナルトたち３人のみ。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトたちは、パニックになり、逃げだそうとする。しかし、左手の誓い～二度と逃げない～を思い出し、勇気を振りしぼってふみとどまった。

たったひとりで音忍たちと戦うサクラの前に、ライバル・いのチームがあらわれた！　木かげからサクラの戦うすがたを見ていたいのたちは、サクラをたすけに来たのだ。フォーメーション「いのシカチョウ」で音忍たちをおいつめようとするいのチームだったが…。

ぶじサスケに封印をほどこしたカカシのうしろに、大蛇丸があらわれた。大蛇丸はみずからの野望のために、写輪眼を持つ「うちは」の力がほしいとカカシに告げる。　一方、第三試験予選では、サスケにうでをおられたため片うでしか使えない音隠れの下忍・ザクと、木の葉隠れの下忍・シノが戦っていた。ふたりの戦いは、チャクラを食らう大量の寄壊蟲（きかいちゅう）を思うままにあやつるシノが有利にみえた。しかし、じつはザクは両うでが使えたのだ！

第８回戦はヒナタｖｓネジ。彼らはたがいに日向家の宗家と分家、つまり因縁の親戚同士の戦いとなった。気弱なヒナタはネジの迫力に圧倒されるが、ナルトのはげましの声を聞き、戦いにいどむことを決意する。日向家が受けつぐ「白眼」という瞳術を持つ２人は、いかなる戦いを展開させるのか…？

ナルトの先生だったカカシは、１か月後の本選にそなえてエビスをナルトの修行の先生に指名。エビスから、チャクラコントロールがうまくできないことを注意されたナルトは、温泉の湯の上を歩く修行にはげむ。いがいに早くコツをつかむナルトに感心するエビス。その時、とつぜん２人の前にある人物があらわれ…。

本選当日、砂の一行がとまる宿からぬけ出した我愛羅は、ナルトやリーたちがいる木ノ葉病院にやって来た。我愛羅はリーの病室にしのびこみ、ベッドでねむるリーをぶきみに見下ろす。そして、我愛羅があやつる砂はリーをおそいはじめた。

その時、シカマルが影真似の術で我愛羅の体の自由をうばい、リーのピンチをすくう。だが我愛羅は、「ただ殺したいから殺す。オレのジャマをすれば、おまえたちも殺す」とぶきみに言いはなち…。

忍犬パックンとともに、サスケを追っていたナルト、サクラ、シカマルの３人。しかしそのとちゅう、パックンは後から元木ノ葉の忍・大蛇丸の手下が９人追ってきていることに気づく。９人のレベルは高いと予想され、もし追いつかれればナルトたちは全滅させられる可能性がある。そこで、シカマルは「待ちぶせに見せかけた陽動作戦」を提案。それは、ひとりが残っておとりになり、敵を足止めしている間に３人が逃げるというもの。おとり役となった者は殺される可能性が高いという。そしておとり役として名乗りを上げたのは、なんといつもは逃げ腰のシカマルだった。

他国の忍との交戦で傷を負った赤丸。だが後日の調べで大変な事がわかった。その忍は与えた傷口から菌を侵入させるという特殊な術の使い手だったのだ。侵入した菌は全身に広がり、遂には感染者の自我を奪ってしまうという。忍犬である赤丸が凶暴化した場合の被害は計り知れない。最悪、キバは犬使いとして最も過酷な選択を強いられる事になる。赤丸の無事を信じたいキバだが、その祈りも空しく赤丸にある変化が起きはじめる――。