An event has come to Konoha and it's for all ninjas, Jounin to Genin. The winner get to make one rule that will be put into play in Konoha and Suna. But you must have your crystal at the end. Naruto wants to fight Kakashi-sensei but will he ever find him? And when he does will he get Kakashi's crystal? Who will win?

目をさますとともに、アンコはいくつかの記憶をとりもどしていく──。神隠しの舞台となった鬼界島は、むかしアンコが、師匠であった大蛇丸とおとずれた場所だった。そしてアンコによって明かされる、神隠しの真相と漁火の身体の秘密。大蛇丸のあまりにひどい行動に腹を立てたナルトは、漁火をとりもどすことを決意する。

鬼界島にのりこむ木ノ葉たち。だが、そこには思いがけないものがまちかまえていて…。

火の国きっての大金持ち、宝石商クニジロウのなやみは、「金」しか頭にない息子クニヒサのこと。相談をうけたツナデは、クニヒサの１日忍者体験ごっこにナルトをつきあわせることに。下忍の雑用任務をてつだわせようとするナルトだが、クニヒサは札束をばらまいて護衛たちに雑用をさせる『金遁の術（？）』を使い、いっさい自分は動こうとしない。すっかりあきれてしまうナルトだったが、そんなクニヒサを遠くからねらうあやしい影が…。

ナツヒの身体はすでに「星」の副作用にむしばまれていた。「星」をめぐり、ひっしでアカホシとぶつかるナツヒだが、スマルを人質にとられ、「星」をうばいかえされてしまう。そして、アカホシはナツヒとスマルたちの追放を宣言するのだった。

ナルトたちにたすけられ、スマルとナツヒはようやく親子の再会をはたす。秘められた母の思いを知るスマル。そして、スマルの悲しみを知るナツヒ。「もうこれ以上かなしい母と子を作りたくはない」と考えたナツヒは、元凶である「星」の破壊を決意するのだった。

シノとナルトの組み合わせにとどいた任務。それは本吉村の富豪、花月家当主の葬儀（そうぎ）の警備の依頼。しかしこれは表向きで、実は本当の依頼は先代当主の残した遺言（ゆいごん）から次代当主の風太をまもってくれというものだった。その遺言は「葬儀の席で風太が笑ったら彼に相続権はなくなり、財産は一族の分配となる」というもの。葬儀当日には、花月家の親せきたちが風太を笑わせようと手をつくすことが予想された。そこで風太の代理として「絶対笑わない人」シノが葬儀に出席することになるのだが…。

里外れの山荘で不思議な絵を描く少女八雲と遭遇するナルト。しかし現れた暗部と医療班は、問答無用で八雲をナルトの前から連れ去ってしまう。…一方、里ではある騒動が持ち上がっていた。なんと紅がキバ達の担当上忍を外れると言い出したのだ。引き止め、理由を問う8班だが紅の決意は固く取り付く島がない。見かねてなんとか紅の気持ちを変えようと乗り出したナルトは、偶然サクラから「今回の紅の行動と八雲の間には何か関係があるらしい」という情報を入手する。

襲撃者の正体は同じ木ノ葉の八雲の出身一族、鞍馬一族であった。幻術使いの名門として知られる一族を相手に、紅は壮絶な幻術合戦を繰り広げる。危機を察して山荘に駆けつけるガイ、８班、ナルトとサクラは、八雲を庇い苦境に立たされた紅を救うのだった。何故、同門の八雲を鞍馬一族は襲ったのか？八雲は「木ノ葉は里ぐるみで自分を抹殺しようとしているのだ」と、過去に目にした恐るべき出来事をナルトに語る。

八雲のアトリエに乗り込んでいくナルト。そこには八雲によって絶体絶命の危機にさらされている紅がいた。紅の制止を振り切り八雲に語りかけるナルト。その言葉を受け、ふいに苦しみだす八雲の傍らで、一枚の絵画がおぞましい異変を放ち始める。次第に解き明かされていく鞍馬邸炎上の秘密。そこに現れたという般若面の怪物『イド』の正体とは？イドが一同の前に姿を現した時――紅に任務を託した三代目の真意が明らかになるのだった。夕日紅編、完結。

丸鉄とトドロキの因縁が明かされる。トドロキはかつて不忍に襲撃された一家のたった一人の生き残りだった。弟の仇である丸鉄を前に、遂に怒りを押さえきれなくなるトドロキ。丸鉄に切りかかるトドロキと揉み合いになるナルトだが、そんな両者の隙に乗じ、現れた『不忍』の文殊は両者に足止めをくらわせ、まんまと丸鉄を攫っていってしまう。一方、バンダナの少年を追っていたサクラとリーは謎の少年少女に取り囲まれていた。突然の介入者に困惑するサクラとリーに向かい「丸鉄を返せ」と迫る子供達の正体とは――？

任務帰りにまぼろしのメンマの材料である麻竹をとりに向かったナルトは、ケガをした少年を発見する。木ノ葉病院にかつぎこまれたその少年は、記憶を失っていた。正体のわからない者を里に置くことは危険だという綱手たち。しかし、火災現場から命がけで赤子をすくったというその少年のやさしい心に感激したナルトは、「自分が保証人になる」と言い、強引に里への滞在を許可させるのだった。「メンマ」と名づけられた少年は、ナルトの部屋にいそうろうすることになるが…。

探知能力に優れたシノ、ヒナタ、ネジらに敵の探索を任せ、万端の準備で攻撃の時を待つシカマル隊。一方、マツリ奪取の為四天象人を追う砂の三兄弟は、一忍一殺の戦法で向かってくる四天象人たちと次々と戦いに突入していく。四天象人の狙いは我愛羅ただ一人。はじめは優位に見えた砂の三兄弟だが、四天象人の武器に隠された思わぬ仕掛けにより次第に旗色を悪くしていく。シカマルら『チーム恩返し』は砂のピンチに間に合うのか！？

マツリを取り戻すべく、四天象人最後の一人、宝亀を谷に追い込む我愛羅とナルト。しかし我愛羅の動きの全ては宝亀の読みの範ちゅう内だった。先に敗北した孔雀、水虎、竜眼の武器を呼び寄せる宝亀。宝亀は四天象人の正体が忍五大里にないがしろにされつづけた匠の里の忍である事を明かす。四天象人の真の目的とは我愛羅の中に封じられた化物『守鶴』のチャクラを奪い、究極兵器を完成させて五大里へ対抗し得る力を得る事だったのだ――宝亀はナルトを庇う我愛羅の隙を突いてチャクラを奪い、遂に究極兵器『セイメイ』を完成させる。