Le ninja ennemi apparaît et engage le combat avec Sasuke. Après la fuite de cet imposteur, l’équipe 7 subit une nouvelle attaque. Mais cette fois-ci, l’adversaire est plus coriace.

Naruto vient aider Sasuke, en difficulté. Lors de ce combat, Naruto fait preuve d’un grand courage alors que Sasuke est apeuré. Naruto le traite alors de poule mouillée.

Après avoir vu la leçon de courage que Naruto lui a donné, Sasuke décide d’affronter son adversaire au péril de sa vie. Après avoir battu le ninja de Kusa, Sasuke se fait mordre et une marque apparaît dans son cou. Le ninja ennemi dévoile sa véritable identité : il s’appelle Orochimaru.

Lee vient en aide à Sakura contre les ninjas d’Oto.

À la suite de la défaite de Lee, Sakura décide de protéger ses amis.

Ino, Shikamaru et Chôji viennent en aide à Sakura.

Alors que Sasuke a battu les trois ninjas d’Oto grâce au pouvoir d’Orochimaru, Gaara, Temari et Kankurô ont réussi la seconde épreuve en une heure et trente deux minutes juste après Kiba, Hinata et Shino qui étaient arrivés avant eux. Mais le plus surprenant, c’est que Gaara a réussi l’épreuve sans égratignure et sans une tâche sur ses vêtements.

Naruto, Sakura et Sasuke n’ont plus de temps à perdre. Ils doivent à tout prix réussir la seconde épreuve avant le lever du prochain jour. Alors que Sasuke part chercher de l’eau, Naruto et Sakura tentent de lire le parchemin en leur possession. Mais Kabuto les en empêche juste à temps. Kabuto leur explique qu’il se dirigeait vers la tour avec son équipe mais s’est perdu en cours de route. Il accompagne donc l’équipe 7 mais une fois dans la forêt, ils se font piéger par une technique d’illusion et sont attaqués par des clones produits par les ninjas du pays de la Pluie.

Naruto, Sakura, Sasuke et Kabuto continuent de combattre les clones des ninjas du pays de la Pluie. Alors que les ninjas du pays de la Pluie montrent leur vrai visage, ils se font prendre à leur propre jeu. Mais ces derniers ne s’avouent pas vaincus et recréent des clones. Mais Naruto réussit à les battre et récupère le parchemin du ciel. L’équipe 7 a réussi la seconde épreuve.

Naruto, Sakura et Sasuke tentent de découvrir le mot mystérieux dans le texte du troisième Hokage qui est le suivant : « Si ton ciel déficient s’avère, approfondis tes connaissances et sois prêt. Si la terre défaut te fait, élance-toi vers les étendues sauvage où ta récompense tu trouveras. Ciel et terre tous deux ouverts, les dangers s’écarteront et sur le droit chemin tu avanceras. Des ****** l’élite tu deviendras et de guider digne tu seras ». Soudainement, Iruka fait son apparition grâce à la technique d’invocation produite par les parchemins. Il informe à nos amis que le mot manquant du texte était « hommes ». L’équipe de Kakashi a terminé la seconde épreuve et passe aux éliminatoires.

Sur les 78 genin participants à la deuxième épreuve des examens en vue de la sélection des chūnin, seuls 21 parviennent jusqu’à la tour. Malgré cela, le nombre encore trop important des aspirants ninjas oblige le troisième Hokage à faire précéder la troisième épreuve proprement dites par l’organisation d’une série de 10 matchs ou combats réels entre les candidats restants, qui verra donc l’élimination de la moitié des concurrents. Kabuto, qui craint de révéler sa véritable identité au cours de ces matchs préliminaires, préfère déclarer forfait, prétextant la fatigue. Aucun autre ne le suivra. Ils ne sont plus que 20.

Le premier combat, comptant pour les matchs préliminaires avant le commencement de la troisième épreuve, tourne à l’avantage de Yoroï. Sasuke, encore très affaibli par les séquelles dues à la marque du sceau, doit se contenter dans un premier temps de se défendre, à la surprise générale, face aux coups répétés de celui-ci qui tente de lui dérober son chakra. Finalement, le coéquipier de Naruto trouve la force de réagir et parviendra à terrasser son adversaire, en utilisant la technique dites de « l’ombre de la feuille », s’inspirant ainsi de « la fleur de Lotus » de Lee, avant de continuer sur un enchainement de sa création : « la fureur du lion ». Kakashi profite alors du temps laissé à Sasuke avant la troisième épreuve pour tenter d’endiguer le mal qu’il porte en lui. C'est le moment que choisit Orochimaru pour faire son apparition, tandis que débute le deuxième combat.

Ce combat oppose Shino aux Zaku, qui vient du village du son. Quant à Kakashi, il affronte Orochimaru qui veut capturer Sasuke.

L’épisode débute par le combat de Kankurô et Misumi. Vient ensuite le combat entre Ino à Sakura. Commençant par hésiter à se frapper mutuellement en raison de leur amitié de longue date, le combat ravive peu à peu tous leurs souvenirs d'enfance, leurs rêves et aspirations. La flamme ranimée, elles souhaitent toutes deux gagner ce combat.

Le combat entre Sakura et Ino continue. Au début, Sakura a l’avantage jusqu’à ce qu’Ino utilise sa technique de transposition. Mais celle-ci réussit à se débarrasser de l’esprit d’Ino grâce aux encouragements de Naruto ; le combat se termine en match nul. Combat de Tenten contre Temari ; Tenten qui utilise exclusivement des armes de jet ne parvient pas à trouver de faille dans la défense de Temari basée sur des bourrasques de vent créées avec son éventail.

Tenten est battue par Temari. Le combat suivant oppose Shikamaru à Kin, Shikamaru fait preuve de beaucoup de stratégie, ce qui va lui permettre de prendre le combat à son avantage.

Le match entre Kiba et Naruto démarre, avec Kiba qui montre immédiatement qu'il a le dessus durant le combat. Tout le monde continue de croire que Naurto est le ninja faible qu'il a toujours été, tout le monde sauf Hinata, Kakashi, et Sakura. Maintenant c'est le moment pour Naruto de briller, et cette fois... tout le monde va le regarder !

Naruto se retrouve en bien mauvaise posture face à Kiba. Mais la chance finit par tourner à son avantage. Il se sert de son pet pour déstabiliser son adversaire et finit par le battre grâce à sa « nouvelle » technique, « Uzumaki Naruto rendan », très largement inspirée de « la fureur du lion » de Sasuke.

Ce combat-là opposera Neji Hyûga à Hinata Hyûga. Neji n’a aucune pitié envers sa cousine.

Le combat entre Neji et Hinata se poursuit. Bien qu’elle soit en difficulté, Hinata refuse d’abandonner le combat car elle souhaite que Naruto reconnaisse sa valeur. Mais elle ne peut plus utiliser le juken, car Neji a stoppé le système de circulation de son chakra en frappant une cavité de celui-ci.

Le neuvième combat des éliminatoires oppose Lee à Gaara.

Lee, affaibli par la technique de la fleur de Lotus, résiste tant bien que mal aux attaques de Gaara.

Lee joue son dernier atout, la face cachée du Lotus. Mais sa tentative est vouée à l’échec et perd le combat sur une contre-attaque de Gaara. Gaï, fier du combat livré par son élève préféré, va apprendre qu’il ne pourra plus devenir ninja à cause des blessures graves subies au bras et à la jambe gauche.

Le dernier combat oppose Chôji à Dosu. Dosu réussit à battre Chôji en moins de 30 secondes. Les éliminatoires sont terminés. Le tirage au sort de la phase finale a lieu. Voici les prochains combats de la phase finale de l'examen : Naruto Uzumaki contre Neji Hyûga, Gaara contre Sasuke Uchiwa, Kankurô contre Shino Aburame et Temari affrontera le vainqueur du combat entre Dosu Kinuta et Shikamaru Nara.

Kakashi confie l'entraînement de Naruto au professeur du petit-fils du troisième Hokage : Ebisu. Naruto n'est pas d'accord et défie Ebisu à lui montrer sa valeur.

Alors qu'Ebisu enseigne à Naruto comment marcher sur l'eau, l'ermite Jiraya, ninja légendaire, fait son apparition, et assomme Ebisu.

Un soir, un combat a lieu entre Gaara et Dosu Kinuta. Ce dernier lui avoue qu'en l'éliminant, il affrontera Sasuke à la phase finale. Mais Gaara se débarrasse de lui en un clin d'œil. Pendant ce temps, non loin de là, Kabuto et Baki concluent une alliance entre Suna et Oto pour réduire en cendres le village de Konoha. Après des péripéties, l'ermite accepte d'enseigner à Naruto ses connaissances, et commence par une technique puissante : la technique d'invocation.

Le troisième hokage informe les jōnin et les chūnin de la mort d'Hayate Gekko, l'arbitre des éliminatoires. Son corps a été retrouvé par les membres de l'ANBU. Pendant ce temps, Sakura rend visite à Sasuke et Lee à l'hôpital en compagnie d'Ino.