早く修行を始めたくて、病室をぬけ出すナルト。だが、医療班に見つかり連れもどされ、ベッドにぐるぐる巻きにされてしまう。

こっそり里を去ろうとするサクラ。彼女の決意に気づいていたナルトは、ベッドの縄を引きちぎってサクラを追いかける。「止めてもムダよ」と言うサクラに、自分もいっしょに行くと告げるナルト。その時、木陰から自来也があらわれた。自来也は「サスケが連れ去られた『田ノ国』を調査し、報告せよ」と火影から任務が下ったという。そしてナルトとサクラは、自来也とともに行動を開始することに…。

「田ノ国」の宿場町で情報をさがすナルトたち。いかがわしい店で楽しそうな自来也を置いて、ナルトとサクラは町外れに向かう。そこで2人は、ケガを負いつつ何者かに追われるササメと出会う。とっさにササメをかばうナルト。

いっぽう自来也は、ホステスから「音の里」のウワサにくわしい人物がいると聞き、路地裏へ向かう。そこへとつぜん、盗賊に身を落とした忍者・ハンザキたちがおそいかかってきた。だが、相手が「木ノ葉の里の伝説の三忍」 である自来也だと気づいたハンザキは、あわてて土下座。そして自来也は、ハンザキから田ノ国の忍者一族の話を聞くが…。

フウマ一族のカミキリ、ジグモ、カゲロウに攻撃されるナルト、サクラ、ササメ。そこに自来也が来て、戦いに参加。劣勢だと考えたカミキリたちは、またたく間に逃げ去るのだった。

ササメの案内で、一同は大蛇丸のアジトがある「音隠れの里」の入り口へ到着した。はりきって道を急ごうとするナルトたちだが、自来也に制止される。本格的な敵地を前に、ゆっくり腹ごしらえをしようという自来也に、ナルトたちはしかたなくしたがうのだった。

にぎり飯を広げるナルトたちのそばで、ササメはこっそりと何かをお茶に混入させる。そしてそれを飲んだ自来也、ナルト、サクラは意識を失い…。

ササメの案内により、ナルト、サクラ、自来也は大蛇丸のアジトに到着。自来也は、偵察のために口寄せの術でガマ吉を出した。ナルトたちはガマ吉の後について曲がりくねった階段や長い通路を進んでいく。やがて三差路に行き当たり、ナルトとサクラ、そして自来也の二手に分かれることに。

ナルトたちはヤリや手裏剣のしかけをかわしながら通路を進んでいく。そしてナルトが落とし穴でサクラをかばった時、そのはずみで自分が落下してしまった。かならず追いつくというナルトの言葉をしんじて、サクラは先を急ぐことに。

いっぽう自来也は、琴を弾いている琴姫と出会っていた。「大蛇丸の指示で遠方からの客人をもてなす」とほほえむ琴姫だったが…。

大蛇丸に追いつめられたサクラ。そしてカブトがサクラに向かいクナイを振りかぶった時、ナルトがかけつけた。

ナルトは影分身の術でカブトを翻弄し、クナイを使い果たさせる。いっぽうカブトは、火遁・霧舞いの術で応戦、ナルトの分身は煙となって消えた。しかし、ナルトの螺旋丸がカブトの胸元に突き刺さり勝負がつくのだった。

サスケの居場所を問いただすナルト。しかしカブトは笑みを浮かべている。カブトはナルトの攻撃中、彼の体にチャクラ糸を巻きつかせていたのだ。

「昔のアラシはもう死んだ」というアラシから、ジグモの半身が盛り上がり、カミキリがくり出される。そして、攻撃されるサクラをかばうナルトの背に、カミキリのハサミが突き刺さってしまった。

ケガをしながらやせガマンするナルトは、影分身の術で応戦するが、しだいに追いつめられていく。そしてフウマ忍法・呪縛曼荼羅のかまえを作るアラシ。それは、フウマでも代々の長しか使えないという秘術だ。ナルトは、アラシが作ったチャクラのオリに閉じこめられてしまい…。