サスケ対我愛羅の試合中、何者かが幻術を使い、会場全体の観客をねむらせてしまう。それは「木ノ葉」の抜け忍・大蛇丸を中心とした「砂」による、「木ノ葉」をたおそうとする作戦開始の合図だった。しかし「砂」の忍者たちは、切り札である我愛羅のキズが深いことから、今回は作戦をおこなうことを見送り、我愛羅をつれて試合会場から去るのだった。

サスケ対我愛羅の試合は中止となり、サスケは我愛羅たちのあとを追う。そして、風影になりすました大蛇丸がすがたをあらわし…。

「木ノ葉」をたおそうとする「音」と「砂」、そして大蛇丸が動きはじめた。戦闘の場となった会場の中で、カカシはサクラに波の国以来のＡランク任務（にんむ）をめいじる。それは、我愛羅のあとを追っているサスケをバックアップするべく、ナルト、シカマルとともにサスケを追いかけることだった。カカシはその手だすけとして、口寄せの術でブルドッグの「パックン」を出す。そして、サクラによって幻術をとかれたナルトとシカマルは、ワケがわからないままサクラにつれられ、サスケのあとを追うことに。

いっぽうやぐらの上では、火影と大蛇丸が向かい合い、戦おうとしていたが…。

忍犬パックンとともに、サスケを追っていたナルト、サクラ、シカマルの３人。しかしそのとちゅう、パックンは後から元木ノ葉の忍・大蛇丸の手下が９人追ってきていることに気づく。９人のレベルは高いと予想され、もし追いつかれればナルトたちは全滅させられる可能性がある。そこで、シカマルは「待ちぶせに見せかけた陽動作戦」を提案。それは、ひとりが残っておとりになり、敵を足止めしている間に３人が逃げるというもの。おとり役となった者は殺される可能性が高いという。そしておとり役として名乗りを上げたのは、なんといつもは逃げ腰のシカマルだった。

火影をとらえ、やぐらの上に連れていった大蛇丸は、結界を張った中で戦いをいどもうとしていた。そして大蛇丸は、死者をこの世によみがえらせる禁術の口寄せ「穢土転生」によって初代と二代目の火影をあの世から呼び寄せ、三代目の火影と戦わせようとする。

そして、初代・二代目火影ＶＳ三代目火影の戦いが始まった。三代目火影は、初代にしかできない伝説の木遁忍術「樹海降誕」により、すさまじい勢いで発生する樹木にとらえられ、がんじがらめにさせられてしまう。しかし、三代目火影は猿魔を口寄せし…。

我愛羅、テマリ、カンクロウの後を追っていたサスケは、ようやく３人に追いついた。カンクロウは我愛羅を連れて逃げ、サスケの前にテマリが立ちはだかる。テマリの「忍法・風砂塵」に苦しめられるサスケ。だが、変わり身の術で相手を制し、ふたたび我愛羅たちの後を追いかける。

いっぽうやぐらの上では、火影と大蛇丸の戦いがつづいていた。大蛇丸の仮面の下に見知らぬ若者の顔があらわれたのを見て、おどろく火影。大蛇丸は、他者の肉体をうばい、その肉体に自らの精神を入れこみ乗っとる転生術「不老不死の術」を使ったのだ。そして、次に大蛇丸がねらっている肉体は、サスケのものだった。かつて大蛇丸が自分の弟子だったころから危険な存在だと気づいていたが、気づかないふりをしていた火影。彼はそんな自分の態度を後悔するのだった。

火影と大蛇丸の戦いは大づめにさしかかっていた。ついに火影は、大蛇丸も知らないとっておきの術「封印術・屍鬼封尽」を発動する。これによって火影は死神を出し、初代火影と二代目火影の魂を体から抜いてしまう。そして、ついに火影と大蛇丸は直接ぶつかり合うことに。

火影の腹からのびた死神の腕は、大蛇丸の腹に食い込み、その魂を抜き去ろうとしていた。屍鬼封尽によって封印された者は、永遠に成仏することなく、死神の腹の中で苦しみつづけるという。しかしこの術は、その効力とひきかえにおのれの魂を死神に引き渡すというもので…。

サスケとカンクロウが戦おうとしているところにあらわれたのは、シノだった。サスケはカンクロウをシノにまかせ、我愛羅を追うことに。

森の中をにげるテマリにせおわれていた我愛羅が目をさました。そこへサスケが追いつき、ふたりは向かい合うことに。その時、とつぜん我愛羅が苦しみだし、顔の半分にヒビが入りはじめた。我愛羅の中で何かがめざめはじめたのだ。サスケに向かって「おまえは…オレの…えものだ！」とさけぶ我愛羅。そしてついにその正体が明らかに…。

半身だけバケモノに変身した我愛羅と向かい合うサスケ。我愛羅がサスケとの戦いにこだわる理由──それは「オレと同じ、力をもとめ、にくしみと殺意に満ちた目をしているから」だという。我愛羅にとって戦いとは、他者を殺すことで自分の存在価値を実感できるという意味を持っていた。サスケに「おまえも同じだ！」と戦いをいどんでくる我愛羅。サスケは、うちは一族の中で自分だけが生き残らされた理由を思い出していたが…。

ナルトとサクラがサスケのもとにかけつけたとき、我愛羅と生死をかけて戦っていたサスケは、力つきてたおれていた。ナルトは半身バケモノに変身した我愛羅のすがたにおどろき、サスケを連れてにげようとする。そのとき、我愛羅はふたたびサスケにおそいかかろうとしてきた。サスケをかばおうとしたサクラは、失神したまま我愛羅の手におさえつけられてしまう。

サスケもサクラもたおれてしまい、どうするべきかおいつめられるナルト。そのとき、とつぜん我愛羅が頭をおさえ、苦しみはじめた。小さいころの記憶が頭の中によみがえったのだ。

我愛羅は、小さいころから「バケモノ」とおそれられ、だれからも愛されずに育ってきたのだが…。

我愛羅の圧倒的な力の前に、手も足も出ないナルト。仲間のために戦うというナルトに対し、我愛羅は自分のためだけに戦うという。そんな我愛羅のすさまじい過去が明らかになる。

バケモノとおそれられ、だれにもみとめてもらえなかった自分の過去と我愛羅の過去を重ね合わせたナルトは、我愛羅に同情する。だが、心の底からわき上がる「負けたくない」という感情が爆発し…。

我愛羅のケタちがいな力の前に手も足も出ないナルト。しかし、体をはってサクラやナルトをすくおうとするサスケの行動を目にしたナルトは、「人は大切な何かをまもりたいと思ったとき、本当に強くなる」という白、イルカのすがたを思い出す。

しんじられない量のチャクラで、我愛羅を圧倒しはじめ、形勢を逆転させるナルト。しかし、ナルトがとどめをさそうとしたそのとき、ものすごい音とともに、ついに我愛羅が本当の姿、「守鶴」の完全体となり…。

我愛羅の狸寝入りの術でその本来の力をはっきしはじめた守鶴。コンビ変化で巨大な九尾のキツネになったナルトとガマブン太は、術でねむっている我愛羅を起こすことによって守鶴の力をうばおうとする。だが、術をといてもなお守鶴の力は強大だった。とうとうガマブン太もジリジリと押されはじめ、我愛羅の攻撃がナルトにせまる。

いっぽう木ノ葉の里では、大蛇丸と三代目火影の戦いがつづいていた。三代目は命がけの封印術「屍鬼封尽」によって大蛇丸を押さえこもうとするが、傷ついた三代目には大蛇丸の魂を封印するだけの力はのこされていなくて…。

死力をつくして戦いをくり広げたナルトと我愛羅。もはやふたりに戦うことはおろか、立ち上がる力ものこされてはいなかった。しかし、それでもサクラをまもるために、はうようにして我愛羅にむかっていくナルト。我愛羅は、なぜナルトはこんなに強いのかと疑問に思う。

里の人間にきらわれ、自分がだれからも必要とされない存在だと思ってそだってきたナルトと我愛羅。しかし、ふたりの決定的なちがいは、そんな自分の存在をみとめてくれた大切な人をまもりたいと思う心だった。「愛情…だからこいつは強いのか…」と我愛羅は悟るようにつぶやき…。