Naruto est un jeune orphelin du village de Konoha. Possédant en lui le démon renard Kyûbi qui a ravagé le village au moment de sa naissance et a été scellé en lui, il est rejeté par les autres villageois, et fait de nombreuses frasques pour tenter de se faire remarquer. Il étudie les arts ninjas à l’académie du village, mais est le seul élève qui ne parvient pas à obtenir le grade de genin. Un de ses professeurs, Mizuki décide alors de profiter de son ressentiment pour lui faire voler le rouleau des techniques interdites conservé dans le bureau du chef du village, le Hokage. Parti seul dans la forêt, il parvient à apprendre la première technique du rouleau, le « Multi clonage ». Son autre professeur, Iruka le retrouve, mais ils sont attaqués par Mizuki. Mizuki dévoile à Naruto qu’il est possédé par le démon renard et que c'est pour ça qu’il est rejeté, mais lorsque Naruto comprend qu’Iruka ne le rejette pas et reconnaît sa valeur, il défait Mizuki avec sa nouvelle technique et reçoit son bandeau frontal, signe qu’il est un ninja à part entière.

Konohamaru, petit-fils du 3e Hokage, exprime son désir d’être reconnu indépendamment de son grand-père et décide de suivre Naruto, qui est le seul à avoir osé lui donner une taloche en réponse à ses caprices, au grand désarroi de son professeur particulier Ebisu ; lorsque celui-ci les retrouve, Naruto est en train d’apprendre à Konohamaru la technique avec laquelle il a assommé le Hokage, le « Sexy-Méta » consistant à se transformer en une jeune fille nue et affriolante. Alors qu’Ebisu le défie, Naruto tente d’utiliser le « Multi clonage supra » qui lui a permis de vaincre Mizuki, mais le professeur n’est pas impressionné. Naruto transforme alors tous ses clones en jeunes filles nues, inventant la « Technique du Harem », qui met Ebisu hors de combat.

Lors de sa première journée en tant que genin, Naruto est mis dans l’équipe no 7 avec Sasuke, le petit génie de la promotion, et Sakura, une fille dont il est amoureux, mais qui le méprise et n’a d’yeux que pour Sasuke. Naruto attaque alors ce dernier par surprise pour le neutraliser, et se transforme en lui pour tenter de séduire Sakura et savoir ce qu’elle pense de lui, mais il est gêné par le lait périmé qu’il a consommé le matin même et doit s’éclipser rapidement. Sasuke se libère et part à la recherche de Naruto ; il rencontre Sakura qui tente de le séduire à son tour, critiquant le comportement de Naruto qu’elle met sur le compte du fait qu’il est orphelin, mais il la rejette brutalement, ayant lui aussi perdu ses parents. Déprimée, Sakura pense à Naruto qui doit ressentir la même chose qu’elle, et décide d’être plus gentille avec lui à l’avenir.

L’équipe no 7 est prise en charge par Kakashi, un jōnin ; il se présente et leur demande de faire de même. Le lendemain, il leur fait passer une épreuve de survie où ils doivent récupérer deux clochettes qu’il porte ; celui qui échouera au test sera renvoyé à l’académie. Ils commencent le test, Sasuke et Sakura partent se cacher pour se mettre en observation, mais Naruto reste face à Kakashi et tente plusieurs attaques de front qui échouent.

L’épreuve de survie continue ; Sakura est mise hors de combat par Kakashi avec une illusion, et ce dernier engage un face à face contre Sasuke, qu’il met hors de combat ; pendant ce temps, Naruto découvre où est caché le repas de midi et s’apprête à manger, mais il est découvert par Kakashi et attaché à un poteau. Le jōnin demande aux deux autres de manger pour prendre des forces avant de reprendre le test ; il les sermonne durement en leur disant qu’ils n’ont rien compris au test et devraient abandonner l’idée d’être des ninjas, avant de leur révéler que seul le travail d’équipe est payant dans cette épreuve, et part en leur interdisant de donner de la nourriture à Naruto. Lorsqu’il est hors de vue, Sasuke et Sakura aident Naruto à manger pour qu’il soit d’attaque lors de leur prochaine tentative ; Kakashi surgit alors en leur disant qu’ils ont réussi le test, car prendre soin de ses camarades est selon lui prioritaire aux règles.

Après une série d’ennuyeuses missions de rang D, l’équipe n°7 est finalement chargée d’escorter Tazuna, un constructeur de pont. Une attaque inattendue va rendre la mission plus difficile que prévue.

L’équipe n°7 rencontre et est forcée de combattre le ninja déserteur Zabuza Momochi, engagé par le puissant homme d’affaires Gatō pour neutraliser Tazuna.

Pendant que le combat contre Zabuza continue, Naruto promet de ne plus fuir et est déterminé à prouver à Sasuke qu’il n’est pas une poule mouillée.

Naruto et Sasuke libèrent Kakashi de la technique de la Prison Aqueuse de Zabuza, et le combat continue.

Après un rude combat contre Zabuza, l’équipe n°7 continue sa mission de protection et se prépare aux éventuelles rencontres avec d’autres ennemis.

Pendant leur séjour au Pays des Vagues, Naruto et ses compagnons découvrent un héros local (Kaiza) et son plus grand admirateur, un jeune garçon du nom d’Inari.

Les hommes de Gatō essaient de kidnapper Tsunami et de tuer Inari, pendant que l’équipe n°7 (sauf un) commence à combattre Zabuza et Haku.

Haku révèle sa technique héréditaire à Sasuke et le combat s’intensifie entre l’équipe n°7 et le duo Zabuza/Haku.

Naruto rejoint finalement le combat, mais est rapidement piégé dans la technique d’Haku.

Kakashi continue le combat contre Zabuza, pendant que Naruto et Sasuke luttent pour échapper au piège d’Haku.

Le sceau de Naruto se brise et Kyûbi se manifeste.

Haku révèle sa réelle motivation à Naruto pendant que Kakashi et Zabuza continuent leur combat mortel.

Haku se sacrifie pour sauver Zabuza et Kakashi prépare son attaque finale.

Les villageois commencent à se soulever contre Gatô, pendant que Zabuza réalise le lien qu’il y a entre Haku et lui et décide de faire un dernier geste avant de mourir : tuer Gatô.