ここは木ノ葉隠れの里。忍者学校（アカデミー）の落ちこぼれの少年・ナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、里の英雄である初代火影が残した封印の書をが盗まれるという事件が発生した。犯人はナルトだったが…。

木ノ葉の里の長は代々「火影」と呼ばれ、忍者としての心技体をきわめた者がその地位につくとされている。現在の火影・猿飛は数えて三代目にあたる。そしてこの三代目火影には、木ノ葉丸という孫がいた。

なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトが忍者登録書を提出しに行ったとき、木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸はすぐにナルトを「親分」と呼びはじめ、勝手に後をついてまわるようになる。それは、ナルトだけが木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別あつかいしなかったからだった。そして木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなにみとめられたいと考えていたが…。

いよいよ忍者になったナルトは、任務をはたすため三人一組（スリーマンセル）になることに。ナルトと同じ班になったのは、「春野サクラ」と「うちはサスケ」。ナルトはかわいいサクラにゾッコンだったが、かんじんのサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトとちがい、クールでカッコイイだけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀をたくらむのだった。

スリーマンセルを組むことになったナルト、サスケ、サクラ。彼ら３人を指導する新しい先生、「はたけカカシ」がやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から遅刻をし、しかもナルトがしかけたイタズラに簡単にかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなりきびしい試練をナルトたちに言いわたした。それは、３人のうち１人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。この試験に落ちればふたたびアカデミーに戻されてしまうと聞き、ゾッとするナルトたちだったが…。

カカシによってあたえられた試練はすさまじいものだった。そして、ナルトたちの前に立ちはだかったカカシは、いままでの彼とはまったくの別人。本気のナルトを軽くあしらい、里一番のエリートであるサスケでさえもまったく歯が立たない。サクラにいたっては、もはや途方に暮れるばかり。　上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない３人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。あせりはじめるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中である重要なことを３人におぼえさせようとしていて…。

晴れて任務を受け持つことになったナルトたち。しかし、その任務はといえば、迷子のネコをさがすというようなたいくつな仕事ばかりだった。しだいに不満がたまるナルトは、ついに三代目火影の前でダダをこねはじめる。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だったが、ナルトのやる気を感じとり、より重要な任務をあたえることにする。新たな任務は、タズナという人物を祖国の「波の国」まで護衛すること。初めての本格的な護衛任務に、やる気満々のナルトだったが…。

波の国にたどり着いたナルトたちは、この国がガトーという悪徳商人に支配されていることを知る。先ほどの追手も、タズナの命をねらうガトーの放った刺客だったのだ。しかも、次にあらわれた敵は「サイレントキリング」とよばれる桃地再不斬。思わぬ強敵出現に興奮するナルト。だがそんなナルトに、カカシが『とうていおまえのかなう相手ではない』と告げる。いつもと様子のちがうカカシに、ただならぬ殺気を感じるナルトたちで・・・。

再不斬の裏をついたカカシが、ついに再不斬のノド元に切先をつきつける。背後から再不斬を封じたカカシの勝利はまちがいないものに思えた。しかし、この再不斬の肉体もまた、「水分身」によって作られたニセモノであった！　一瞬にして形勢は逆転、今度はカカシが再不斬に追いつめられ、「水牢」の中に閉じこめられてしまう。

もはやタズナを守るのはナルトたち３人のみ。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトたちは、パニックになり、逃げだそうとする。しかし、左手の誓い～二度と逃げない～を思い出し、勇気を振りしぼってふみとどまった。

ナルトの作戦により、水牢がやぶられ自由になったカカシが、ふたたび再不斬に立ち向かう。ついに写輪眼の真の力が発揮されるときが来たのだ。カカシは、再不斬の技・水遁大瀑布をほほ一瞬にしてコピーし、再不斬にたたきつけた。自分の行動のすべてが読みとられ、さらに自分の技で、それも数倍の破壊力を持つカカシの攻撃によりひん死の重傷を負った再不斬。カカシはトドメをさそうとするが、どこからともなく飛んできた千本が再不斬をつらぬいた。そのまま絶命する再不斬。それはとつじょあらわれた「追い忍」と呼ばれる謎の少年のしわざだった。ナルトは、自分と大差ない年齢の少年が、あの再不斬を一瞬にしてしとめたことにおどろき…。

ようやくタズナの家に着いたナルトたち。写輪眼を使ったためスタミナを使い果たしたカカシはしばらくは身動きがとれなくなっていたが、再不斬をたおした安心感から、ナルトたちには余裕ができていた。しかし、冷静なカカシにはひとつの疑問があった。本来の追い忍ならば、抹殺した相手をその場であとかたもなく消去するはずなのに、なぜあの少年は再不斬の遺体を持ち帰ったのか、と？　みちびき出された答えはひとつ…「あの少年は再不斬を助けた」ということ。　「再不斬が生きている！」と、ショックを受けるナルトたち。そしてカカシは、ナルトたちを短期間のうちにパワーアップさせるための修業をはじめるのだった。

タズナといっしょに波の国の街に出かけたサクラは、ガトーのために人々の生活がひどく苦しめられていることを知る。だからこそタズナは、海をこえる橋を建設しようと命をかけてがんばっているのだ。この橋ができれば、海運交通を支配するガトーから人々をすくうことができると信じて…。　一方ナルトとサスケは、カカシにあたえられた、チャクラを使った木登りの修業にはげんでいた。タズナの家にもどるころには、ふたりはボロボロ。そんなふたりを冷ややかに見つめる子供・イナリは、ナルトに「ガトーには勝てっこない」と言い捨てる。実はイナリは、尊敬する養父カイザをガトーに処刑されていたのだが…。

チャクラをコントロールするための修業にはげむナルトの前に、謎の人物が姿をあらわした。「大切なものを守るためにはどこまでも強くなれる」と、語る人物。それは、ナルトがいだいていたものとまったく同じ気持ちだった。どこかで共感しあうふたり。だがそれ以上のことは語らず、どこかへ消えていった。その人物は何者なのか？　そして、なんのためにナルトに近づいたのか？

ついに再不斬との再戦の時が来た。しかも先日の「仮面の少年」も再不斬とともにあらわれた。再不斬たちはサスケを見て一目でその実力をさとり、サスケもまた仮面の少年がただ者ではないことを見ぬく。そして、まるでたがいに引きよせられるかのように、サスケと少年が戦闘を開始する。

そのころ、ガトーの部下が、ツナミを人質にしようとタズナの家に乗りこんできていた。母親が連れ去られそうだというのに、恐怖にふるえ、ただおびえるだけのイナリ。しかしナルトの言葉を思い出し、イナリは勇気をふりしぼって悪党たちに立ち向かう。

白の魔鏡水晶により、ピンチにおちいったサスケ。そこにナルトが飛びこんできた。しかし、魔鏡水晶を内と外からたたこうと考えていたサスケの作戦は、ナルトの思いがけない行動で台なしになってしまう。そしてナルトとサスケは、ふたりとも白の術にはまってしまうのだった。

魔鏡水晶の中で、白の圧倒的なスピードに打ちのめされ、手も足も出ないナルトとサスケ。白は、「血継限界」と呼ばれる異能の力を受けついでいるため、その強烈な力を持っているという。そして白はナルトとサスケに、「大切な人のためにあなたたちを殺します」と告げるのだった。

カカシは知っていた。「忍」にもっとも必要な「実戦」の経験がないいまのナルトたちには、再不斬とともに何度も死線をこえてきた白のことをたおせないことを…。時間が残り少ないことをさとったカカシは、再不斬をたたくために写輪眼を使う決意を固める。しかし、再不斬は「写輪眼は、すでに通用しない」と言いはなつ。再不斬もまた数々の修羅場をくぐりぬけてきた忍。一度見た写輪眼に対抗する方法を、すでにあみ出していたのだ。その再不斬のとった「対抗策」とは？

白の魔鏡氷晶による猛攻を受けつづけるナルトとサスケ。ナルトはすでに立ち上がることもできなくなっていた。しかし、サスケはこの戦いの中で、おのれの中にある「写輪眼」の能力に目ざめつつあった。サスケは、じょじょにではあるが確実に白の攻撃をかわしているのだ。そのこと気づいた白は、サスケが戦いながら自分の能力を開花させていくことにおどろく。そして、このまま長期戦になればサスケに有利になると判断し、一気に勝負に出る。

白の攻撃に身がまえるサスケ。しかし白のねらいはサスケではなく、ボロボロになっているナルトへと向けられていた。不意を突かれたサスケは、自分のの身をなげうってナルトをかばうが…。

ついにナルトが覚醒した！　白にサスケをたおされた怒りが、封印されていた九尾の妖狐の能力を呼びさまさせたのだ。ナルトのすさまじいチャクラは、はなれた場所で刃をまじえていたカカシと再不斬にも感じとれるほど強力なものだった。

ナルトの圧倒的な力の前に、なすすべもなくたおされる白。敗北をさとった白は、ナルトに「自分を殺してくれ」とたのむ。勝つことだけが再不斬の期待に答えることであることを知っていた白は、ナルトに敗れた今、自分の価値がなくなったことを理解していたのだ。どこまでも再不斬を想う白の純粋な気持ちがいたいほどよくわかるナルトは、白にトドメをさせず、苦しむが…。

白は、とまどいつづけるナルトに、トドメをさすよう言う。だが、戦うこと、勝つことだけが自分の存在理由だという白の考え方に、ナルトははげしい疑問を持つ。それが忍の道だということはわかっていても…。

同じころ、再不斬とカカシの戦いにも終止符が打たれようとしていた。カカシの「口寄せの術」により、動きをふうじられる再不斬。そして、勝利を確信したカカシの最強の術「雷切」が、うなりをあげて再不斬におそいかかる。その時、体をはって再不斬をまもったのは、ボロボロになった白だった。

白を思い、怒りにまかせて再不斬を問いつめるナルト。それでも何も感じていないように見える再不斬だったが、実はなみだをながしていた。言葉とは反対に、再不斬は白を誰よりも大切に思っていた。心をゆるせるただひとりの存在だった白を失った再不斬のかなしみは、とても大きなものだったのだ。そして、この非情さこそ忍の宿命であることをナルトは知る。