火影就任前にサスケとリーのケガを治すよう綱手にたのむナルト。リーをみてあげた綱手は、彼に「忍以外の道をさがせ」ときつい通告をする。中忍試験の時に砂漠の我愛羅と戦ったリーの体は、もうボロボロだったのだ。

「体術だけでもりっぱな忍者になれることを証明する」それがリーの目標だった。しかし、その希望が絶たれたリーは、これからどうするのか？

いっぽう木ノ葉の里は、音忍の襲撃からまだ回復できていなかったが…。

中忍をめざして熱戦がくり広げられていた選抜試験。最終試験が中断され「合格者ナシ」かと思われたが、シカマルが推挙され、中忍に昇格することが決定。それを祝って、いの、チョウジ、そしてアスマとともに焼肉屋で祝杯を上げる。楽しげなシカマルたちをよそに、リーはふたたび忍として動ける体を取りもどすために、危険な手術を受ける決意を固めていた。

そのころサスケは、病室でもの思いにふけっていた。ナルトは新しい術を身につけ、日増しに強くなっている。サスケはそんなナルトにはげしい嫉妬（しっと）の炎を燃やしていた。そこへ、ふたたび大蛇丸の魔の手が忍びより…。

とうとう始まったナルトとサスケの真剣勝負。ふたりははげしくぶつかり合い、ついにナルトは螺旋丸を、サスケは千鳥を発動する。もう術を止められないところまで来ていたその時、ふたりの間にサクラが飛び出してきた。そして、間一髪のところでカカシが止めに入るが、ナルトとサスケの間には亀裂が入ってしまうのだった。

ナルトの成長スピードを身近で感じて劣等感をいだくサスケ。イタチへの復讐に燃えるあまりナルトの実力をみとめられずにいる彼の前に、突然音忍四人衆があらわれるが…。

サスケの前に突然現れた、鬼童丸、左近、次郎坊、多由也の音忍四人衆。イタチへの復讐に燃えていたサスケは、その怒りを音忍に向ける。しかし、音忍たちは圧倒的な強さでサスケにおそいかかってきた。

いっぽうサクラとナルトは、ラーメン屋にやって来ていた。サスケの体に刻まれた大蛇丸の呪印についてなやむサクラに、明るく大丈夫だと言い切るナルト。「サスケはあんなヤツのさそいには乗らない」というナルトの言葉に、サクラは救われたように微笑む。

そのころ音忍たちは、左近の手中にいるサスケに、イタチへの復讐のためにも大蛇丸の元へ来いとさそっていたが…。

必死で引き止めるサクラの言葉も届かず、音の四人衆とともに木ノ葉を抜けたサスケ。それを知った綱手はシカマルを呼び、緊急任務を言い渡す。シカマルはすばやい判断でナルト、チョウジ、ネジ、キバを集めた。ナルトはサクラに「かならずサスケを連れもどす」と約束し、シカマル小隊はサスケ奪還に出発する。