たったひとりで音忍たちと戦うサクラの前に、ライバル・いのチームがあらわれた！　木かげからサクラの戦うすがたを見ていたいのたちは、サクラをたすけに来たのだ。フォーメーション「いのシカチョウ」で音忍たちをおいつめようとするいのチームだったが…。

すさまじいな力をもつサスケを前にして、音忍たちは去っていった。そして、傷ついたナルトたち一行に、つかの間の休息がおとずれた。

いっぽう、塔についたキバたちは、数時間前に体験した砂隠れの下忍・我愛羅（ガアラ）のことを思い出していた…。

犬の赤丸をつれたキバたちは、試験が開始してすぐに巻物を手に入れて塔にむかっていた。そのとちゅう、一行がむかう先にだれかがいると感じた赤丸が歩みをとめる。きょうみをもってその先へむかうキバたち。そこでは、砂隠れの里の我愛羅たちと、雨の里のシグレたちがむかいあっていた。「目があったやつはみなごろしする」という我愛羅があやつる砂からは、きょうれつな血のにおいがただよっていて…。

音忍たちとの戦いの後、ナルトたちは傷をいやすため、つかの間の休息についていた。しかし、試験がはじまってすでに４日目。タイムリミットはあと１日ほどにせまっている。そんな中、ナルトがある提案をする。自分が持っている巻物で、試験で使われている「天の書」を作ってしまおうというのだ。さらに、中身までマネるために、開いてはならない「地の書」を開けてみようとする。

いっぽう、木の葉の別のチームは、持っていた「地の書」を開いてしまったが…。

カブトと塔まで行動をともにすることにしたナルトたち。 ところが、そのとちゅうで雨隠れの下忍・朧（おぼろ）たちの幻術のワナにはまってしまう。 ずっと同じところを歩かされて体力をけずられたうえ、幻術で作られたいくつもの分身にかこまれたナルトたちは、 苦戦することに。ナルトは相手の分身をつぎつぎとたおそうとするが、その分身たちはたおされても消滅しない。 一方、サスケは写輪眼で敵の本体を見きわめようとするが、大蛇丸にほどこされた呪印が反応し、 力をうまく使うことができない。いらだつナルトは、影分身で敵の幻影をいっぺんにたおそうとするが…。

塔にたどりついたナルトたちが２つの巻物を開くと、なんとイルカがあらわれた。そこでイルカは、３人に第二試験の合格をつげる。それを聞いて大よろこびのナルト。しかし、イルカには試験合格のほかにもうひとつつたえねばならないことがあった。それは、「中忍」としての心得（こころえ）。イルカは、アカデミーでの教え子たちに、ていねいにせつめいしていく。そのときイルカは、第二試験をのりこえたナルトたちをたのもしく感じていた。　一方アンコは、大蛇丸があらわれたことを火影につたえていた。火影は、大蛇丸の目的がサスケだとわかったうえで、中忍選抜試験をつづけるという。そして、ついに21人の第二試験合格者が決まった。