中忍選抜試験・第二試験の会場「死の森」へ来たナルトたち受験者一同。試験官のアンコが試験内容を説明するが、なんとその内容はサバイバルゲームだった。まずおこなわれるのは、各チームに、２種類の巻物のうち１種類だけわたされる。その後、もう１種類を別のチームからうばって、２種類そろえてゴール地点の塔へ持ってくるというもの。

そして、巻物争奪戦の中で死者も出る可能性があるという試験が開始された。アンコは「死ぬな！」と一言だけアドバイスをするのだった…。

「死の森」で第二試験がスタートした。「小便をしに行く」と、サスケとサクラからはなれ、草かげにかくれたナルト。そして２人のもとへもどってきたナルトを、サスケはなぜかなぐりたおしてしまう。サスケは、敵がナルトに変化していたのを見やぶっていたのだ。相手をおいつめるサスケだったが、取りにがしてしまう。

とらえられていたナルトをたすけるサスケ。そして３人は、バラバラになったときのために合言葉を決める。そのとき、ナルトたちはふたたびおそわれ、またナルトだけはぐれてしまう。サスケは、もどってきたナルトがまたしてもニセモノだと見やぶるが、今度の相手はようすがすこしちがう。命がけで巻物のうばい合いをしようという敵の目に、サスケとサクラは今までに感じたことのない恐怖を感じ…。

サスケとサクラをおそった敵・草忍の実力は、２人の力をはるかにこえていた。あまりの力の差に死の恐怖をいだくサスケ。そこへナルトが登場！　カッコよくあらわれたナルトに、サスケはしかりつける。ところがその直後、巻物をわたしてでもたすかろうとするサスケを、今度はナルトがなぐりたおす。巻物をわたしてもたすかるとはかぎらないと言うナルトは、草忍に向かっていく。戦いのなかでキレたナルトは、しだいにそのかくされた力を見せはじめ…。

一方、試験官のアンコのもとには、受験者にかんするある問題が報告されていた…。

ひっしに草忍にむかってゆくナルトのすがたを見て、この場からにげようとしていた自分がまちがっていたと気づいたサスケ。力つきたナルトにかわり、敵にむかっていったサスケは「写輪眼（しゃりんがん）」の力をフルにつかい、相手を確実においつめてゆく。そして、ついにその身をとらえたサスケが「火遁龍火（かとんりゅうか）の術」をはなった！

術を受け、外見が焼けただれた草忍だったが、なぜかダメージを受けたようには感じられなかった。みずからの名を「大蛇丸（おろちまる）」と名のった草忍は、サスケに「君がほしい」とつげ、その首すじに呪印をのこしてすがたをくらましてしまう。その直後、サスケはくるしみ、たおれてしまい…。

部下の報告を受け、第二試験に大蛇丸が入りこんでいると直感した試験官・アンコ。彼女は、大蛇丸を止めるためについせきを開始する。しかし、特別上忍のアンコの力をもってしても大蛇丸を止めることはできなかった…。

そんな中、サクラを想いつづけているリーのチームは、調子よく試験を進めていた。おなじころ、大蛇丸との戦いと徹夜のかんびょうのつかれがピークになっていたサクラを、大蛇丸の手先・音忍のドスたちがおそってきた！つかれとおそれでふるえる腕をおさえつつ、必死にむかえうつサクラ。するとそこへ、「木の葉の美しき碧（あお）い野獣（やじゅう）」ロック・リーが登場！愛するサクラをまもるため、音忍たちの前に立ちはだかる!!

動けないサクラにかわって、リーは、３人の音忍にたったひとりで向かってゆく。必殺「表・蓮華（おもて・れんげ）」で音忍のひとり、ドスをせめるリー。しかし、彼らにはまったくきかなかった。さらに、音忍の攻撃を受け、リーはたおされてしまう。

一方サクラは、「いつもまもってもらうばかりだった」と、自分の非力さをくやしく思っていた。そして、大切な人たちをまもるため、サクラは立ち上がり…。