晴れて任務を受け持つことになったナルトたち。しかし、その任務はといえば、迷子のネコをさがすというようなたいくつな仕事ばかりだった。しだいに不満がたまるナルトは、ついに三代目火影の前でダダをこねはじめる。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だったが、ナルトのやる気を感じとり、より重要な任務をあたえることにする。新たな任務は、タズナという人物を祖国の「波の国」まで護衛すること。初めての本格的な護衛任務に、やる気満々のナルトだったが…。

波の国にたどり着いたナルトたちは、この国がガトーという悪徳商人に支配されていることを知る。先ほどの追手も、タズナの命をねらうガトーの放った刺客だったのだ。しかも、次にあらわれた敵は「サイレントキリング」とよばれる桃地再不斬。思わぬ強敵出現に興奮するナルト。だがそんなナルトに、カカシが『とうていおまえのかなう相手ではない』と告げる。いつもと様子のちがうカカシに、ただならぬ殺気を感じるナルトたちで・・・。

再不斬の裏をついたカカシが、ついに再不斬のノド元に切先をつきつける。背後から再不斬を封じたカカシの勝利はまちがいないものに思えた。しかし、この再不斬の肉体もまた、「水分身」によって作られたニセモノであった！　一瞬にして形勢は逆転、今度はカカシが再不斬に追いつめられ、「水牢」の中に閉じこめられてしまう。

もはやタズナを守るのはナルトたち３人のみ。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトたちは、パニックになり、逃げだそうとする。しかし、左手の誓い～二度と逃げない～を思い出し、勇気を振りしぼってふみとどまった。

ナルトの作戦により、水牢がやぶられ自由になったカカシが、ふたたび再不斬に立ち向かう。ついに写輪眼の真の力が発揮されるときが来たのだ。カカシは、再不斬の技・水遁大瀑布をほほ一瞬にしてコピーし、再不斬にたたきつけた。自分の行動のすべてが読みとられ、さらに自分の技で、それも数倍の破壊力を持つカカシの攻撃によりひん死の重傷を負った再不斬。カカシはトドメをさそうとするが、どこからともなく飛んできた千本が再不斬をつらぬいた。そのまま絶命する再不斬。それはとつじょあらわれた「追い忍」と呼ばれる謎の少年のしわざだった。ナルトは、自分と大差ない年齢の少年が、あの再不斬を一瞬にしてしとめたことにおどろき…。

ようやくタズナの家に着いたナルトたち。写輪眼を使ったためスタミナを使い果たしたカカシはしばらくは身動きがとれなくなっていたが、再不斬をたおした安心感から、ナルトたちには余裕ができていた。しかし、冷静なカカシにはひとつの疑問があった。本来の追い忍ならば、抹殺した相手をその場であとかたもなく消去するはずなのに、なぜあの少年は再不斬の遺体を持ち帰ったのか、と？　みちびき出された答えはひとつ…「あの少年は再不斬を助けた」ということ。　「再不斬が生きている！」と、ショックを受けるナルトたち。そしてカカシは、ナルトたちを短期間のうちにパワーアップさせるための修業をはじめるのだった。

タズナといっしょに波の国の街に出かけたサクラは、ガトーのために人々の生活がひどく苦しめられていることを知る。だからこそタズナは、海をこえる橋を建設しようと命をかけてがんばっているのだ。この橋ができれば、海運交通を支配するガトーから人々をすくうことができると信じて…。　一方ナルトとサスケは、カカシにあたえられた、チャクラを使った木登りの修業にはげんでいた。タズナの家にもどるころには、ふたりはボロボロ。そんなふたりを冷ややかに見つめる子供・イナリは、ナルトに「ガトーには勝てっこない」と言い捨てる。実はイナリは、尊敬する養父カイザをガトーに処刑されていたのだが…。

チャクラをコントロールするための修業にはげむナルトの前に、謎の人物が姿をあらわした。「大切なものを守るためにはどこまでも強くなれる」と、語る人物。それは、ナルトがいだいていたものとまったく同じ気持ちだった。どこかで共感しあうふたり。だがそれ以上のことは語らず、どこかへ消えていった。その人物は何者なのか？　そして、なんのためにナルトに近づいたのか？