קאקאשי מגלה על המרדף אחרי סאסקה ומחליט לפעול בעצמו. סאסקה ונארוטו נלחמים שווה בשווה. נארוטו מחליט להודות בתוך תוכו ברגשות האמיתיים שלו כלפי סאסקה.

סאסקה לא מצליח להתמודד עם נארוטו שחוזק מצ'אקרת תשעת הזנבות, ומחליט להכיר בכוחו. הקרב האדיר נמשך בכל הכוח.

הקרב בין נארוטו ולבין סאסקה מגיע לשיאו כאשר כל אחד מהם מתכוון להתקיף בכל כוחו. מהעבר האחד, נארוטו עם הכוח של תשעת הזנבות, ומהעבר השני, סאסקה עם כוח השלב השני של החותם המקולל.

הצוות של שיקמארו חוזר לכפר העלה כשכולם פצועים בדרגות שונות, חלקם אנושות וחלקם קלות. ג'יראייה מגיע למיטת ביה"ח של נארוטו עם הצעה מפתיעה.

‎ג'יראייה דואג למצבם של נארוטו ושל סאקורה בעקבות עזיבתו של סאסקה. טסונאדה שולחת את שלושתם למשימה מיוחדת בארץ שדות האורז, הארץ שבה נמצא הכפר הנסתר בצלילים.

‎נארוטו, סאקורה וג'יראייה מגיעים לעיירה גרועה יותר מזו שהם היו בה. נארוטו וסאקורה נתקלים שוב באותו הנינג'ה שהם נתקלו בו לפני כן. ג'יראייה ממשיך להשתטות בבתי בושת.

‎נארוטו, סאקורה וסאסאמה מוקפים וכלואים בתוך המקדש. לאחר מכן, הם מבינים שסאסאמה רומתה.

‎סאסאמה מובילה את הצוות אל מקום המסתור של אורוצ'ימארו. הצוות מחליט להתפצל כדי לסרוק את המקום ביעילות והמלכודת לא מאחרות לפקוד אותם.

‎נארוטו מגיע להציל את סאקורה בדיוק בזמן. לקאבוטו יש חדשות מדאיגות בפיו. נארוטו נופל למלכודת הקטלנית של קאבוטו.

‎הקרב בין נארוטו לאראשי ממשיך. סאסאמה לא מצליחה לעמוד בצד ללא מעש. סאקורה מרגישה שהיא איננה עושה מספיק.

‎כולם מרוכזים באימונים ובהחלמה שלהם, ובמקביל מתפתח אירוע משמעותי בכלא המאובטח ביותר.

אסומה וקורנאי הובסו. שיזונה רודפת אחרי מיזוקי שברח מהכלא המאובטח ביותר. נארוטו לא מוכן להישאר בכפר ללא מעט לאחר ששמע את שמו של אורוצ'ימארו.

נארוטו מתקשה בקרב שלו נגד שני האחים וגם אירוקה בחיסרון נגד מיזוקי. אירוקה מנסה בכל כוחו לשכנע את מיזוקי לחזור בו.

צוות 10 מגיע לגבות את נארוטו. נארוטו ממשיך במרדפו אחרי מיזוקי. הקרב של אירוקה ושל מיזוקי נמשך.

נארוטו ופקון מוצאים את אירוקה פצוע תחת הריסות המבנה. הם מתכוונים להמשיך לרדוף אחרי מיזוקי, אך לא לפני שהם נתקלים באישה מסוימת.

הקרב הגורלי נגד מיזוקי מתחיל. נארוטו רוצה בכל מאודו להשיג רמז לגבי היכן שסאסקה נמצא ולא מתכוון לוותר בקרב הזה.

נארוטו כבר נואש למצוא את סאסקה בכל דרך. הינאטה מנסה לחשוב על דרך שהיא תוכל לעזור לו. צוות 10 ונארוטו יוצאים יחד למשימה כדי למצוא את ביקוצ'ו, חרק מזן נדיר.

החבורה מתקשה מאוד במציאת ביקוצ'ו. הם מרגישים שהזמן נושף להם על העורף כי הגשם עלול להתחיל לרדת בכל רגע. הנינג'ות משבט קאמיזורו מחכים לעיתוי הנכון לפעול.

הינאטה נחטפה והיא בסכנה. נארוטו, שינו וקיבה מנסים לחפש אותה. האויבים מציעים להם עסקה - הינאטה עבור הביקוצ'ו.

כל הצוות נלכד, ושינו מנסה לנהל איתם משא ומתן. האויבים מגלים שהינאטה כבר לא נמצאת היכן שהשאירו אותה. הביקוצ'ו בוקע מהגולם.

נארוטו מוצא שלושה אנשים זרים מעולפים ומביא אותם לכפר. הוא יוצא יחד עם טנטן, נג'י ולי למשימה כדי להציל את הכפר של הזרים הללו מאדם משוגע שעורך לוויות לאנשים שעדיין בחיים.

רוקוסקה נתפס על ידי משפחת קורוסקי ומובל לקבורה. נארוטו והחבורה מנסים להצילו תוך כדי שהם מחפשים את קאראשי.

נארוטו, טנטן, נג'י ולי נלחמים נגד ראיגה. נג'י לא מצליח לראות בבירור אפילו עם הביאקוגאן. לי נוזף בקאראשי.

הקרב של נארוטו, טנטן, לי ונג'י נגד ראיגה נמשך. החבורה מנסה לעזור לרנמרו ולהחדיר בו רצון לחיות בעצמו.

ראיגה התעורר לחיים בזכות הקרבתו של רנמרו וטנטן מנסה לעצור אותו בעצמה. קאראשי מתכנן לברוח עם אמא שלו מראיגה.

לי נלחם נגד ראיגה בעצמו בזמן שטנטן, סאנשו, קאראשי ורנמרו בדרך לחלק לכולם את קארי החיים. רנמרו מתאחד חזרה עם ראיגה, ויש לו תוכנית איך לסיים את הכול.

‎הגנינים משובצים לצוותים של תלמידי אקדמיה במסגרת תרגיל לימודי. נארוטו לא מביע עניין בזה בהתחלה, אבל מהר מאוד נשאב למשימה ומוביל את חברי הצוות שלו לסכנה.

‎נארוטו, קיבה והינאטה נשלחים למשימה בארץ האבן. המשימה שלהם היא ללכוד גנב מבוקש ששמו גוסונקוגי. כשהם מגיעים, הם פוגשים צייד ראשים שגם רודף אחריו.

‎החבורה מגלה שסזנאמי הוא בעצמו פושע מבוקש בעל פרס כספי על ראשו. סזנאמי טוען שהוא חף מפשע. החבורה מתחרה נגד סזנאמי על לכידת גוסונקוגי.

‎גאי ולי עוזבים למשימה. שני זרים מנצלים את ההזדמנות כדי להתחזות אליהם ולהתגנב אל כפר העלים. אולם, לטסונאדה יש תוכנית כיצד לגרום לפולשים לברוח על דעת עצמם.

נארוטו, טנטן ונג'י נוסעים לארץ הציפורים כדי להשמיד רוח רפאים בשם נורוימושה.

‎הצוות של נג'י מנסה להוכיח שקומיי הוא האחד ששולט ברוח הרפאים. עם זאת, הם מגיעים לגילויים שרק משאירים אותם עם עוד יותר סימני שאלה ממקודם.

נארוטו מחליט לחקור בעצמו את נושא רוח הרפאים, לאחר שהמענה שהם הגיעו אליו לא מספק אותו. במקביל, נג'י וטנטן חוקרים בחזית אחרת. נארוטו מצליח לגלות נדבך גדול מהאמת.

קאקאשי פוקד על נג'י ועל טנטן לחזור לכפר איתו. קומיי עומד למשפט שדה ונמצא לקראת הוצאה להורג. אביר מקולל חדש מופיע.

סאגי מתכנן לבצע את נקמתו הוא לא ייתן לאף אחד לעצור אותו. הוא מתעמת עם מוסו בעודו מחופש לאביר המקולל. אמת מפתיעה מתגלה לאחר ששניהם חושפים את כוונותיהם האמיתיות.

צ'ישימה מציל את נארוטו מממלכודת הגנג'וטסו של הוקי. נארוטו מתקשה בקרב נגדו, אך הגעה מפתיעה של רוח רפאים עוזרת לו.

נארוטו וצ'וג'י מגלים שראמן איצ'ירקו סגור זמנית בשל פיתוח תפריט חדש. לאחר שהם מתגנבים לתוך הדוכן הסגור, מתברר להם שטאוצ'י מנסה להשיב את ביתו שנחטפה על ידי נינג'ות שפים.

נארוטו, אינו ושינו יוצאים יחד למשימה בארץ הים בהנהגתה של אנקו. משימתם היא להיפטר מהקאימה, מפלצת ימית שמפריעה לספינות של אנשי ארץ הים. כשאנקו מגיעה לשם, עולים לה זיכרונות מעברה עם אורוצ'ימארו.

נארוטו מצליח להתאושש בזכות הנערה שהצילה אותו. אנקו, שינו ואינו מחפשים את נארוטו ופוגשים באדם שאחראי על על ספינות התשלום. הצוות מחליט לעקוב אחרי הנערה.

הצוות של אנקו מחליט ללכת בעקבות איסריבי, שברחה, אל אי השד. הם מגלים שהפעם אורוצ'ימארו הוא לא האחד שמושך בחוטים, אלא אדם אחר שאנקו כבר מכירה.

נארוטו, אינו, שינו ואנקו מצליחים בקושי לברוח מהמעבדה המתמוטטת. הם מתעמתים עם אמאצ'י וכפופיו כדי להגן על ספינות האיסוף. נארוטו מנסה לגרום לאיסריבי להבין שגם הוא חווה חוויה דומה לשלה.

הקרב בין נארוטו לאמאצ'י מגיע לשיאו. אנקו מגלה פרטים נוספים על עברה.

נארוטו מקבל משימה לשמור על קוניהיסה, ילד עשיר. במסגרת משימתו, עליו להראות לקוניהיסה איך הולך יום בחייו של נינג'ה.

נארוטו, קיבה והינאטה מקבלים משימה מיוחדת - משימת ציד אוצר. אולם, אם הם ייכשלו במשימה הזאת, עליהם יהיה לחזור לאקדמיה. המשימה נראת פשוטה בהתחלה, אבל המכשולים לא מאחרים להגיע.

נארוטו, הינאטה וקיבה ממהרים לחזור אל כפר העלים כדי למנוע מכפיליהם המרושעים לזרוע הרס. הם מצליחים לגלות את החולשה של הכפילים.

נארוטו פוגש את ג'יראייה במקרה ודורש שיאמן אותו. ג'יראייה מתרץ לנארוטו שעליו לכתוב את הכרך הבא בסדרה שלו עד לשבוע הבא, ולכן איננו יכול לאמן אותו. העניינים משתבשים לאחר שנארוטו מנסה לעזור לו בכתיבה.

‎הכפר הנסתר בכוכבים, שהוקם סביב כוכב שנפל לפני כ-200 שנים, זקוק לעזרה של כפר העלה. נארוטו, לי, נג'י וטנטן יוצאים כדי לסייע להם להגן על הכוכב.

‎התוקף המסתורי בורח עם הכוכב. הצוות מכפר העלים מתחיל להטיל ספק גם באנשי כפר הכוכבים עצמם. במקביל, נארוטו מגלה על עברו של סובארו ונאטסוהיבושי.