アメリカに渡り、ＮＡＳＡで学んでいた兜甲児が日本に戻ってきた。宇宙から訪れた未確認飛行物体の正体を探ろうと、甲児は人類の手によって開発された空飛ぶ円盤・ＴＦＯを発進させる。ＵＦＯは甲児を攻撃。突然の窮地を救ったのは、宇門大介ことデュークフリードと、謎のＵＦＯロボ・グレンダイザーだった。

地球にやって来た円盤・ミニフォーは、侵略目的で月に前線基地を設置したベガ星連合軍の尖兵だった。母星から指令を下すベガ大王を筆頭に、前線基地スカルムーンの最高責任者であるガンダル司令、攻撃隊長のブラッキー率いる円盤部隊が、地球侵略を虎視眈々と狙っていたのである。人類に立ち向かう術はあるのか？

大介はグレンダイザーを頼りに、ベガ星連合軍に立ち向かう決意を固めた。しかし、ベガ大王の恐ろしさを身をもって知る彼は、年に一度の楽しい牧場祭を前にしても、地球総攻撃の不吉な悪夢に悩まされてしまう。それでも隣の牧場の息子である荒野番太に手伝ってもらいながら、祭の準備に取り掛かるのだが…。

甲児はTFOに武装を施し、自らも戦線に立とうとしていた。一方のベガ星連合軍は、フリード星の王子である大介を捕らえるために、隠れていそうな場所にしらみつぶしに攻撃を加えていた。大介が怒りに任せて出撃しようとすると、甲児が「それでは敵の思うつぼだ」と止め、ＴＦＯに乗り込んで代わりに戦おうとする。

甲児が飛行機コンテストに出場することになった。シラカバ牧場から来たひかるや吾郎たちの応援にも熱が入る。だが、甲児のフライト直前になって、宇門博士と大介がベガ星連合軍の襲撃の兆しを察知。出場を辞退して帰還するよう伝えるが、順番の迫っていた甲児はそのまま出場する。その間にミニフォーが飛来して…。

大介をおびき出すため、ガンダル指令は東京を攻撃するよう指示。観光バスに乗っていたひかると番太が、円盤獣に吸い込まれてしまった。甲児が二人を救出しようと、円盤獣の体内に飛び込む。グレンダイザーが一足遅れで到着するが、仲間の三人が円盤獣の内部にいるとなっては、迂闊に攻撃を加えることも出来ない。

大気圏外に広がる謎の雲を調査するべく、甲児がＴＦＯで宇宙に向かった。実はこの雲、グレンダイザーを孤立させて宇宙機雷で破壊するために、ブラッキーの仕掛けたレーダー遮断幕だった。そのことに気付いた時には既に遅く、ＴＦＯは操縦不能に陥る。甲児は何とか不時着させるが、着陸の衝撃で気を失ってしまう。

新たなる刺客・コマンダーミネオ。彼女に与えられた任務は、グレンダイザーと共に自爆することだった。ルビー星出身の彼女は、ベガ星連合軍に侵略された母星の安全と引き替えに任務を引き受けたのである。だが、彼女はあえなく任務に失敗。乗り込んだミニフォーが墜落して傷を負っていたところを、大介に助けられる。

新一少年は、宇宙人に会って円盤に乗せてもらう約束をしたことを、誰にも信じてもらえずにいた。彼はデタラメだとバカにした番太に仕返しをする。そのことを父親に叱られて走り去った直後、妙に素直な様子でシラカバ牧場に姿を現し、牧場内部を調べ回り始める。不審に思った大介が、こっそり後をつけてみると…。

近付く日食を前にして、ガンダル司令は地球上の主要天文台を全て破壊するよう、ブラッキー隊長に命令を下した。日食が引き起こす磁気異常によって、グレンダイザーを動作不良に陥れようとする作戦だ。そんなことは知るよしもない大介は、作戦を開始したミニフォーを撃破しながら、誘き寄せられるまま宇宙空間に飛び出す。

美雪岳測候所が襲撃される事件が起きた。調査に向かった大介と甲児は、現場で美雪という少女を保護。二人は彼女から事情を聞いて、事件の真相を究明しようとする。ところが美雪は、雪崩に巻き込まれた際に視力と記憶の一切を失っていた。残された通信記録から、ようやく円盤獣が背後にいると判明するが…。

ベガ星連合軍はグレンダイザーをおびき寄せて倒そうと、市街地に円盤獣・ゲルゲルを放った。ゲルゲルは強固な装甲で全身を覆っているうえに、太陽エネルギーを熱線に変えて放射する能力を持っている。大介と甲児が駆けつけるものの、グレンダイザーが武器制御回路を破壊され、撤退を余儀なくされてしまう。

かつてマジンガーＺやグレートマジンガーと共に戦ったボスが、子分たちを連れてシラカバ牧場に向かっていた。新年の挨拶をしに行くついでに、甲児と旧交を温めようというのだ。彼らは大介とも瞬く間に打ち解け合うが、道の途中でブラッキーに発見され、後をつけられていたことには全く気付いていなかった。

コマンダーイアラは平和主義を信奉する科学者だった。彼は地震発生装置を開発しながら、それを戦争の道具にすることを拒んだために特別営倉に拘禁されてしまう。母を流刑星に送ると脅されたために、やむなく軍部に協力することを了承するが、それでも最後まで争いを避けようと、大介にある取り引きを持ちかける。

美しく思慮深い女性・白川カオリは、宇宙科学研究所で働く林という男の恋人だった。ベガ軍の諜報員が彼女を利用しようと企て、脳波リモコン装置を使ってスパイに仕立て上げた。自分が操られていることにすら気付いていないカオリは、真夜中になると徘徊を始め、諜報員の意のままにシラカバ牧場を嗅ぎ回り始める。

グレンダイザー攻略のため、ガンダル司令がシラカバ牧場の近くにある小山に前線基地を築き始めた。その頃、牧場では仔馬に運動をさせるため、一斉放牧が行われていた。ところが突然の吹雪に見舞われ、引き返そうとしたところを円盤獣に襲撃されてしまう。そのうえ仔馬のサンディが、あらぬ方向に逃げ出し…。

グレンダイザーの秘密発進口“ルート７”の建設が始まった矢先、ミニフォーの編隊が地球に現れた。ＴＦＯで調査に出た甲児は、編隊の後を追って奇妙な村にたどり着く。住民は甲児の姿を目にするや敵意を剥き出しにし、追い回した挙げ句に捕らえてしまった。全員がベガ星連合軍によって催眠術をかけられていたのだ。

エアロライトという巨大な隕石が、スカルムーンに接近していた。退避命令を出そうとするガンダルを、彼の中のもう一つの人格・レディガンダルが制した。エアロライトに誘導ミサイルを撃ち込むことによって、軌道をそらして地球に落下させようというのだ。その頃、大介たちは万吉という孤独な少年と出会っていた。

ブラッキー隊長が、月の引力を利用して地球を壊滅させる作戦を立てた。特殊な装置によって両者の重力の均衡を崩し、津波や地震を誘発させて人類を絶滅させようという、これまでにない大がかりなものだ。極秘裏の内に進められていた作戦は、ある登山客のスクープ写真によって、大介や宇門博士の知るところとなる。

シラカバ牧場で飼われている馬のタローが、肺炎にかかって生死の境をさまよっていた。特効薬のペニシリンは、悪いことに切らしている。タローを可愛がっている大介が、町まで買いに走ることになった。その頃、ブラッキー隊長は新たな作戦に着手していた。北極の氷を溶かし、世界中の都市を水没させようというのだ。

立花博士が磁力線収束装置を完成させた。装置によって磁気防護壁を作られたら、侵略計画に支障をきたしてしまう…そこでレディガンダルは略奪を計画。襲撃の報せを聞いた甲児が現場に到着した時は既に遅く、装置は持ち去られ、立花博士もブラッキーに拉致されていた。急遽グレンダイザーも駆けつけるが…。

白馬のシルバーが、シラカバ牧場の厩舎から逃げ出した。研究所では円盤獣と思われる飛行物体が確認され、大介が迎撃のためにグレンダイザーを発進させる。飛行物体は森に向かっているらしい。大介もそこを戦場にしようと決めるが、意外な問題が待ち受けていた。シルバーの後を追った団兵衛も、森に向かったというのだ。

ベガ大王は配下のホワイター少尉に、デュークフリードを暗殺せよと命令を下した。大介がデュークフリードであることを知らない大尉は、アメリカの科学者・スペース氏になりすまして宇門博士に接触。言葉巧みにグレンダイザーを誘い出し、パイロットが帰還してくるところを待ち受けて正体を見定めようとする。

円盤獣が地球に墜落。調査に訪れた大介と甲児は、ベガ軍兵士に追われていた少女を助けた。彼女の名はナイーダ、大介と同じフリード星人で、彼のかつての恋人だった。ナイーダの弟は、ベガ連合軍に寝返った裏切り者によって殺さたらしい。他でもないデュークフリードこそ、その裏切り者だというのだ…。

密かに建造されていたロケットが、ついに完成した。搭乗員に選ばれたのは甲児と林研究員。飛び立った二人は、早速宇宙ステーションの建設作業に入る。だが、地球人の宇宙進出など、ベガ星人にとっては目障り以外の何ものでもない。彼らは作業の阻止を企て、さらにグレンダイザー討伐作戦も実行に移す。

大介は二体同時に現れた円盤獣に手を焼いているうち、ひかるが戦闘に巻き込まれて重傷を負ってしまった。輸血用の血液を調達するために飛び立った甲児まで攻撃を受け、ＴＦＯを破壊されてしまう。大介がグレンダイザーを洞窟に隠して帰還し、自分の血液をひかるに提供。ひかるは何とか命を取りとめるが…。

ブラッキーが倒れ、ガンダル司令が降格されて新たな攻撃隊長に任命された。協力者して派遣されてきたのは、初めて顔を合わせる科学長官のズリルだ。ガンダルとレディガンダルは、ズリルを警戒して手腕を見届けようとする。そのズリルは予想以上の策士で、手のひらサイズの小型円盤獣を地球に忍び込ませる。

コマンダーハルクは子供の頃から鳩を愛していた。彼は細胞圧縮装置によって、春雄という地球人の小学生に化け、吾郎のクラスに転入してくる。吾郎も同じように鳩が好きだったことから、二人は瞬く間に意気投合。だが、春雄の手は粘っこくて冷たいという話を聞いた大介は、宇宙人が化けているのではないかと疑う。

動物園に落ちた小型隕石は、エネルギー資源としても利用可能な放電物質だった。ベガ軍はその物質のエネルギーを利用した円盤獣を作り上げる。一方、大介はふとしたきっかけで古傷を悪化させて苦しんでいた。きっかけを作ってしまった甲児は罪の意識にさいなまれ、円盤獣出現の報せを受けると単身で出撃してしまう。

甲児はＴＦＯと新型円盤を同時に失ってしまった。ボスは落ち込む親友を元気づけに行くため、ベガ星連合軍のスパイに盗み見されているとは知らないまま、新たなアイテム・ボススペイダーの制作に励む。そうして甲児はボスの分身とも言うべきボロットを貸し与えられ、スパイの報告を受けて現れた円盤獣に立ち向かう。

ズリルが蜃気楼発生装置を開発し、実体のない円盤獣を出現させた。出撃したグレンダイザーは、目の前の敵がまさか幻だとは思わずに翻弄されるばかり。しかも地上には、いつの間にかフリード星そっくりの都市が出現していた。そこにはフリード王妃に扮したコマンダーマリーネが、大介を待ち受けていて…。

ズリルはグレンダイザーの致命的とも言える弱点を発見した。飛行能力を持たないグレンダイザーは、それを補うスペイダーとの合体に６秒もの時間を費やしてしまうのだ。ズリルは円盤獣ザリザリを派遣。ザリザリはズリルの指示に従い、スペイダーとの合体時間を狙ってグレンダイザーに痛恨の一撃を加える。

ベガ大王の勅命を携え、コマンダーガウスがスカルムーンに派遣されてきた。一匹狼のガウスは、出迎えを無視して傍若無人な態度を取る。彼には深く心に秘めた決意があった。ベガ連合軍に侵略された星を故郷に持つ彼は、自由と引き替えにデュークフリードを倒す任務を引き受けたのだ。与えられた期限は、わずか三日…。

震源が移動する謎の地震が発生。報告を受けた大介は、震源の移動先で吾郎たちが野球をしていると知って救出に向かう。地震を起こしているのは、地中から宇宙科学研究所の位置を探っているコマンダービートルだった。グレンダイザーを地中深く潜らせた大介は、モグラタイプの円盤獣と遭遇して交戦状態に入る。

スカルムーンに接近していた巨大隕石を、新たに派遣されてきた親衛隊員・コマンダージグラの円盤獣が打ち砕いた。戦闘のエキスパートとも言うべきコマンダージグラは、スペイザーとの合体および分離に時間がかかるというグレンダイザーの弱点を、徹底的に突こうと試みる。だが、大介たちは充分に対策を練っていた。

ベガ星連合軍のエネルギー供給を支えていたベガトロン星が、巨大新星に飲み込まれて消滅した。このままではエネルギーの枯渇によって連合軍全体が壊滅してしまう…。ズリルは窮地を打開するため、地球の超ウランを略奪する計画を立案する。大介は計画を阻止するため、無事を祈るひかるを残して戦場へと赴いてゆく。

ベガ星連合軍との戦闘は激化の一途を辿っていた。本来は戦闘要員ではないひかるも、グレンダイザーの力になろうとトレーニングを積んでいる。甲児が光量子を回収する任務の途中で円盤獣に襲われ、迎撃に出た大介もピンチに追い込まれると、ひかるはダブルスペイザーに搭乗し、グレンダイザーとのドッキングを試みる。

円盤獣出現の報告を受け、グレンダイザーとダブルスペイザーが出撃。研究所がガラ空きになった隙に、突入部隊が占拠を狙って奇襲攻撃をしかけてくる。偶然にも研究所に残ることになったひかるは、たった一人で突入部隊を食い止める決意を固める。武器は片手に握りしめた銃ひとつ、頼れる者は誰もいない。

海底火山の噴火によって、ベガ星連合軍に超ウランの存在が知られてしまった。現場に急行したダイザーチームは、超ウランを備蓄したタンクの回収には成功するが、海底に鉱床が眠っていることをガンダルやズリルに気付かれてしまう。海底へ向かう敵を追ったグレンダイザーは、不利な戦闘に引きずり込まれて危機に陥る。

水中戦を苦手とするグレンダイザーの弱点を補うため、新しいサポートメカ・マリンスペイザーが開発された。ダブルスペイザーに続く合体ユニットで、パイロットにはひかるが選ばれる。ところが何度訓練を繰り返しても、合体がうまくいかない。円盤獣が現れると、大介はやむを得ず傷を負ったまま出撃することになり…。

研究所は戦いのための基地にはしたくない…宇門博士の苦悩をよそに、ベガ星連合軍は容赦なく攻撃してくる。グレンダイザーが足止めを食っている隙に、集中砲火にさらされる研究所。ここに来て博士は、最後まで戦い抜く決意を固めた。彼がスイッチを入れるや、軍事要塞と呼ぶにふさわしい新・研究所が瓦礫の下から現れる。

ベガ星連合軍はズリル直属の兵士・ガスカ率いる部隊を巨大隕石に乗せ、地球へと送り込んだ。侵略のための前線基地を建設するためだ。甲児が落下した巨大隕石の調査に向かうが、慎重さを欠いたせいで危機を招いてしまう。宇門博士はダイザーチームに、チームワークを欠いてはならないときつく忠告するのだが…。

研究所の近所には、宇宙人の飛来を描いた壁画の残る洞窟があった。壁画を調べに入ったひろし少年が、ベガ軍の将校・ギランに殺され、身体を乗っ取られてしまう。ひろしに化けて研究所をスパイしようと試みるギラン。デュークフリードはそれに気付いてギランを倒すが、現場を妹のみどりに目撃されてしまう。

吾郎がお手製の望遠鏡で上空の見張りを始めた。彼はベガ軍らしき謎の飛行物体を発見するが、誰ひとりとして信じてくれない。一方、新たなユニット・ドリルスペイザーのテスト飛行をしていた甲児は、謎の衝撃波に襲われて不時着を余儀なくされる。その衝撃波の発生源こそ、吾郎が発見した謎の飛行物体だった。

甲児のもとに、サメの曲芸が目玉のレジャー施設・マリンランドからの招待状が届いた。甲児、ひかる、吾郎、団兵衛は遊びに行くが、施設そのものが、ベガ星連合軍が甲児捕獲のために仕掛けられた罠だった。偶然そのことを知った団兵衛とひかるが、パニックを起こさぬよう何気ないふりを装って、救出作戦を展開する。

大介と甲児とひかるたちはキャンプに出かけた。ひとりソワソワして落ち着かない甲児。「お姉ちゃんのことが好きなんだろ？」と吾郎に図星を指され、ついに苛立ちを爆発させる。彼はうさ晴らしだと言わんばかりに、キャンプ場に乱入してきた暴走族に挑みかかる。ところがその暴走族、単なる不良少年たちではなかった。

謎の地殻変動が頻発していた。ベガ星連合軍が地中から魔の手を伸ばし、研究所をアリ地獄のごとく土の中へと引きずり込もうとしていたのだ。危機を察知したグレンダイザーは、キャプテンヘドロの操縦する円盤獣と交戦状態に入る。脱出不能のヘドロの沼に落ち込み、沈んでゆくグレンダイザーを救ったのは…。

マリアという少女の祖父は、グレンダイザーの姿を見て衝撃を受けた。息を引き取る間際、彼はマリアに自分たちがフリード星人であることを打ち明ける。マリアこそ、デュークフリードの実の妹にしてフリード星の王女、マリア・グレース・フリードだったのだ。自らの生い立ちを知ったマリアは研究所へと向かう。

宇宙科学研究所で生活するようになったマリアは、ダイザーチームともすっかり打ち解けていた。ベガ星連合軍の放った暗殺者も、マリアの予知能力によって撃退される。レディガンダルは作戦の失敗を取り戻すべく、円盤獣を地球に放つ。グレンダイザーが迎え撃ち、マリアもサポートすべくダブルスペイザーを発進させる。

ベガ大王は、放射能に汚染されて生物の住めなくなったベガＸ３号星を地球にぶつけ、人類を滅亡させようと思いついた。これを阻むためには、ベガＸ３号星に核爆発誘導ミサイルを撃ち込む以外にない。グレンダイザーはベガ星連合軍と決死の攻防戦を繰り広げながら、何とか任務を成功させようとするが…。

ベガ星の鉱山が爆発事故を起こし、漏れ出したベガトロン放射能が惑星全域に広がり始めた。ベガ大王は星を見捨てることを決断。一般市民は置き去りに、軍人たちだけを連れてスカルムーンに居を移した。新たな母星にするため地球を必ず征服しようと、ベガ大王は円盤獣を上回る戦闘能力を誇るベガ獣を出撃させる。

グレンダイザーはベガ獣・キングゴリに片腕をもぎ取られ、ひかるを人質に取られてしまった。大介は甲児にグレンダイザーを託し、腕の修理を依頼。高層ビルに登ったキングゴリから、ひかるを救出することに成功する。一方、スカルムーンでは、ガンダルとズリルがダントス防衛長官の指揮下に入るよう命じられ…。

ガンダルとズリルに、地球上に前線基地を建設するよう命令が下された。ベガ獣を与えられたガンダルは、地球への攻撃を開始。大介たちはベガ獣に振り回され、ガンダルから目を離してしまう。ガンダルはその隙に、日本海溝へと深く潜航してゆく。彼の目をつけた基地建設予定地は、深海の底にあったのだ。

海底基地建設の資材を集めるため、ベガ星連合軍の部隊が隠密行動を開始した。津波を起こして臨海工業地帯を破壊し、ガレキを持ち去るという作戦だ。災害の報せを受けたダイザーチームは現地に飛ぶが、まさかそれがベガ星連合軍の仕業だとは夢にも思わない。調査を受けていた甲児たちは、突然の攻撃を受けてしまう。

ベガ星連合軍の地球潜入を察知したダイザーチームは、監視衛星・スペースアイを打ち上げる。衛星は早速威力を発揮し、自信を得た宇門博士は、各国がスペースアイを打ち上げることを国際会議で提案しようと考える。ところが支持してくれるはずのシュバイラー博士は既に敵の手に落ち、出席したのは真っ赤な偽者だった。

カブトムシの“ブドブド”を飼っているキヨシ少年。彼の夢は、ブドブドが巨大怪獣になって暴れ回るカッコいい姿を見ることだ。ズリルがその夢を利用しようと思いつき、キヨシ少年に催眠術をかけてベガ獣に改造したブドブドを操らせようと企む。東京にやって来た甲児とマリアを捕らえるための巧妙な作戦だ。

ベガ軍は偽グレンダイザーを仕立て、デュークフリードに化けた兵士を乗せて出撃させた。敵襲来の報せを受けた大介はグレンダイザーで宇宙空間に飛び出すが、小型隕石の発する強い磁力に囚われてしまう。やがて基地に帰還したグレンダイザーは真っ赤な偽者。地球の支配者を名乗り、市街地を占領してしまう。

ベガ星連合軍のダギル隊長は、グレンダイザーに倒された親衛隊員たちの息子を集め、少年コマンド隊を結成した。彼は地球人が洗脳されていると少年たちに嘘を吹き込み、グレンダイザーとの戦いは地球人のための解放戦争であると偽りの大義を信じ込ませる。純粋な少年たちは、疑うこともなく勇んで戦場へ出向いてゆくが…。

ズリルが考案した“ラットラット作戦”は、ベガ獣化させた大量のネズミに爆薬液を注入し、あらかじめ起爆装置を取り付けたターゲットに向かって突進させるというものだった。東京タワーを爆破するとのズリルの犯行予告を受けて、ダイザーチームは爆発物の徹底捜索を行うが、まさかネズミが爆弾だとは夢にも思わず…。

ズリルが製作したサイボーグスパイたちの中には、団兵衛を完璧にコピーしたスパイ４号がいた。１号と２号と３号が人知れず研究所に潜入して内部の爆破を画策するものの、堅固な防衛システムの前に作戦の遂行を阻まれてしまう。ところが偽団兵衛ことスパイ４号は、あっさりとメイン動力炉を破壊してしまう。

吾郎が弱り切った白鳥を保護した。ぐったりとしているのは、ベガ星連合軍によって爆弾を埋め込まれているのが原因だ。宇門博士は一度は危険を考慮して治療を見送るが、吾郎の必死の頼みに負けて手術を開始する。ところが白鳥爆弾は一羽だけではなかった。群れをなして研究所の周囲を取り囲んでいたのだ。

コマンダーキリカは、ベガ星随一の天才少女と呼ばれる科学者だ。平和を愛する心優しい性格だが、今は亡き兄の遺志を継ぎ、冷凍光線の開発に心血を注いでいた。光線を利用して新たな居住惑星を開発するという、壮大な夢を抱いているのだ。彼女は出撃命令を受け取ると、渋々ながらデュークフリードと対決するが…。

謎の大爆発によって孤島が消滅した。ベガ星連合軍の仕業と推測した研究所は、甲児とマリンスペイザーを調査に向かわせる。ミニフォーの攻撃を受けた彼らを助けるため、大介もグレンダイザーで出撃。彼は自分たちが誘い出されたことに気付くが、時既に遅く、東京では恐るべき計画が実行されようとしていた。

巧妙に偽装していた超ウラン貯蔵庫の存在が、ズリルたちに知られてしまった。万が一貯蔵庫が破壊されたら、東京の人間はひとたまりもなく死滅してしまう。ミサイル群の迎撃に向かった大介たちは、一発を除いて全てを破壊。甲児が残り一発の迎撃を受け持つが、一般市民の救助を優先させて着弾を許してしまう。

新年早々に地震が発生し、第七黒潮丸が海難事故を起こす。甲児とマリアは調査に向かうが、マリンスペイザーが海草に絡まれて身動きが出来なくなってしまう。黒潮丸の遭難は、ベガ星連合軍が仕組んだものだった。地震によって発生した何かを黒潮丸が目てしまったため、情報を隠蔽するために攻撃したらしいが…。

ズリルは軍人としてのプライドにこだわり、あくまで海底基地の戦力のみでグレンダイザーを倒そうとしていた。たとえマリンスペイザーとドッキングしても、海中に誘い込んで戦えば勝機は充分にある…。だが、研究所側も対策は検討済み。水中戦用に、新たなサポートメカ・ウルトラサブマリンの開発を進めていた。

地上に残ったズリルは、前線基地の建設予定地として北海道に目をつけた。彼はフリード星人のケインに極秘任務を与えるが、ケインはちょうど馬の買い付けに来ていた団兵衛にベガ獣の存在を知られてしまう。激怒したズリルに時間稼ぎの囮役を命じられた彼は、作戦中にフリード星時代の幼なじみと再会する。

前線基地の建設に失敗したズリルは、燃料補給もままならないまま放浪の旅を続けていた。彼を地球から脱出させようと、ベガ大王は必要な燃料をズリルジュニアに託す。やって来た息子を気遣い、すぐにスカルムーンに帰るよう促すズリル。反発するジュニア。親子の関係がギクシャクする中、ダイザーチームがやって来た。

マリアは奇妙な夢に悩まされていた。洞窟に囚われた父・フリード王がレディガンダルに協力を迫られるという内容だ。しかも結末では、父はベガ獣に組み込まれて地球攻撃へと差し向けられる。死んだはずの父が、本当は生きているのだろうか？　予知能力を持つマリアは、夢の通りの出来事が起こるものだと思い込み…。

長らく行方不明だった親衛隊員モルスとベガ獣・ジガジガが、スカルムーンに姿を現した。彼らはベガ星崩壊の際、転送装置の故障によって太陽系の果てまで飛ばされていたのだ。モルスも元はといえば、ベガ大王によって滅ばされたモール星の王子だった。しかも彼は、デュークフリードの無二の親友だった…。

ベガ大王の娘・ルビーナの治める惑星が反乱を起こした。もともと平和を愛していた彼女は、住民の意思を最大限に尊重し、自ら惑星を解放してスカルムーンへとやって来た。父には元婚約者であるデュークフリードのことを問い質すつもりだった。死んだと聞かされていた彼は、実はまだ生きているのではないか？

人工衛星を打ち上げた宇宙科学研究所が、ついに月の裏側の撮影に成功した。隠されていたスカルムーンの全貌が明らかになったのだ。迫る最後の決戦を前に、研究所の一同は宇宙用スペイザー・コズモスペシャルの開発に余念がない。愛娘のルビーナを失った大王も地球への総攻撃を決意し、自ら前線で指揮を執ろうとするが…。

戦いに疲れ果てたレディガンダルは、ベガ大王の暗殺を試みるが、もう一つの人格であるガンダルに阻まれて致命的な傷を負い、覚悟の突撃の末に壮絶な戦死を遂げた。スカルムーンをも失ったベガ大王は、残った戦力を結集させて地球へと発進。グレンダイザーと、完成したばかりのコズモスペシャルが迎え撃つ！