Akihabara is a Tokyo district full of manga, anime, electronics, video games, figurines, etc. It is a place that gathers fanatics of such themes, people who are commonly referred to as otaku. Page, Box, Akira, Taiko, Daruma, and Izumu are six otaku each with his/her own troubles and sought relief through a website called "Yui's Lifeguard." When site owner Yui died of a mysterious death, the six who are each experts in their own fields gathered to form "Akihabara@DEEP", a "trouble shooter" group that vows to protect Akihabara and solve the problems of its inhabitants.

Akihabara@DEEP nous raconte l'histoire de Page, Box, Akira, Taiko, Daruma, et Izumu, six otaku qui épanchent les petites douleurs de leurs vies sur le site internet appelé « le garde du corps de Yui ». À la mort du webmaster Yui, les six otaku, qui sont chacuns des experts dans leur domaine, se regroupent pour former le « Akihabara@DEEP », un groupe qui se voue a protéger le quartier d'Akihabara et à régler les problèmes de ses habitants…

オタク・ニートなど、社会からドロップアウトした6人の若者たちが、高度な人工知能による画期的な検索エンジン「クルーク」を作り上げる。しかし、成功や注目とともに、その価値を奪おうとする組織から狙われることになる。

일본 최고의 전자 상가 아키하바라(アキハバラ)를 무대로 사회에서 밀려난 5명의 젊은이들이 우연히 만나면서 이야기는 시작된다. 그들은 자신들의 인생에 재도전하기 위해 나이는 어리지만 벤처기업을 세우고 IT 업계를 놀라게 할 혁명적인 검색엔진 Crook 을 개발한다. 하지만 처음으로 이뤄낸 결과에 한껏 부풀어 있던 그들 앞에 거대 IT 기업의 무서운 음모가 다가오는데..