悲劇を背負った男女の魂の触れ合いを軸に、崩壊した家族が再生していく姿を描く。15年前、当時中学生だった洋貴（秋市夢太）の妹で、7歳の亜季（信太真妃）が殺害される。犯人は洋貴の友人・文哉（佐々木亮輔）だった。29歳になった洋貴（瑛太）は、現在も妹の死に自責の念を抱いたまま、父・達彦（柄本明）が営む釣り船店を手伝いながら暮らしていた。そんなある日、仕事中に達彦が倒れる。病院に連れていった洋貴が店に戻ると、見慣れぬ女性・双葉（満島ひかり）が船着き場に立っていた。洋貴は双葉を自殺志願者ではないかと警戒する。

双葉（満島ひかり）が15年前に自分の妹を殺害した友人・文哉（風間俊介）の妹であると知った洋貴（瑛太）は、双葉に冷たく当たる。さらに洋貴は、文哉は再び同じ罪を犯すのではないかと双葉に詰め寄る。そんな中、双葉らが引っ越した先で女児が行方不明になる事件が発生。洋貴と双葉は、刑務所から出所した文哉がその事件に関与しているのではないかと疑い、事件現場を訪ねる。

祭りで偶然洋貴（瑛太）と双葉（満島ひかり）に会った響子（大竹しのぶ）は、双葉が文哉（風間俊介）の妹だと知らずに優しく接する。そんな中、響子から亡くなった娘・亜季への思いを打ち明けられた双葉は、響子が抱いている事件への恐怖に気付く。それを聞き、真相を知ることが響子のためになると考えた洋貴は、双葉と共に当時の弁護士を捜しに行く。

洋貴（瑛太）と双葉（満島ひかり）は、15年前に三崎家が暮らしていた家の跡地を訪れる。ヒュウガナツを発見した二人は、最近、文哉（風間俊介）がこの場所に来たのではないかと推測する。一方、双葉は、家族に深見家への謝罪をするべきだと主張。そんな双葉に、駿輔（時任三郎）はある秘密を明かす。

洋貴(瑛太)は五月(倉科カナ)の協力の下、文哉(風間俊介)と彼の担当看護師の行方を捜していた。そんな中、文哉の父・駿輔(時任三郎)が、突然訪ねてくる。駿輔は、必ず文哉を見つけ出すと洋貴に約束し、響子(大竹しのぶ)に直接謝罪したいと話す。そこで、洋貴は響子を訪ね、駿輔と会うよう説得する。

祖母の病室を訪ねた双葉(満島ひかり)は、文哉(風間俊介)と再会する。二人は共に暮らしていたころの話に花を咲かせ、文哉の変わらない姿に双葉は喜ぶ。一方、洋貴(瑛太)と響子(大竹しのぶ)の元に、駿輔(時任三郎)と隆美(風吹ジュン)が訪ねてくる。二人は、事件の原因は親である自分たちにあると謝罪する。

文哉（風間俊介）の担当看護師だった雪恵（酒井若菜）の居所をつかんだ洋貴（瑛太）は、響子（大竹しのぶ）らが待つ自宅へ雪恵を連れて帰る。雪恵は、文哉の医療少年院時代の話や出所後の様子を語り、二人の間に起きたある出来事について打ち明ける。それを聞いた洋貴は、文哉が更生していないと確信する。

雪恵(酒井若菜)から話を聞いた洋貴(瑛太)と耕平(田中圭)は、文哉(風間俊介)が働いているという果樹園へ向かう。そんな中、文哉からの電話を受けた双葉(満島ひかり)は、文哉が残した意味深な言葉に動揺する。一方、果樹園に到着した洋貴らは、駿輔(時任三郎)から思いもよらぬ事実を聞かされる。

文哉（風間俊介）が傷害事件の容疑者として警察から指名手配される。そんな中、逃亡中の文哉が突然遠山家にやって来る。隆美（風吹ジュン）ら家族が動揺する中、双葉（満島ひかり）は犯した罪の重さを文哉に説く。一方、双葉から連絡を受けた洋貴（瑛太）が遠山家を訪問。ついに文哉との再会を果たす。

逃亡中の文哉（風間俊介）は、実の母親の面影を探すためにある場所を訪れていた。一方、洋貴（瑛太）は行方をくらました双葉（満島ひかり）を心配し、心当たりのある場所へ向かう。そこで双葉を見つけ無事に再会した洋貴は、彼女と共に文哉を捜し始めるが、二人は思わぬ形で文哉を発見することになる。

文哉（風間俊介）を許せず悔やみ続ける双葉（満島ひかり）に、洋貴（瑛太）は「これからは自分たちのことを考えよう」と告げる。そんな中、文哉の元を訪れた駿輔（時任三郎）は、これまで胸に秘めていた本音を吐露し、文哉と向き合うことを決意する。一方、双葉も今後の生き方についてある決断を下す。