Noch immer befinden sich Carter, Allison und die anderen in einer zweiten Zeitlinie, und keiner hat eine Idee, wie sie wieder in die wahre Zeit zurückkehren könnten. Zane und Dr. Parrish arbeiten im Labor an nicht-tödlichen Waffen, sogenannten „NITWAFs“, die bei Demonstrationen und Aufständen eingesetzt werden sollen. Bei einer Vorführung eines solchen Gerätes passiert jedoch ein Fehler, sodass die Wut nicht gehemmt, sondern gesteigert wird. Bei G.D. kommt es zu einer Revolution.

Die Auswahl der Astraeus-Bewerber neigt sich dem Ende zu. Senatorin Wen zitiert die aussichtsreichsten Kandidaten zu sich und schließt sie an einen Bio-Cortex-Rekorder, der Erinnerungen der Person für alle sichtbar macht, an. Da Allison und Carter mit Warrens Entscheidung über ihre Beziehung nicht einverstanden sind, haben sie Einspruch eingelegt. Daraufhin wird ihnen ein Supervisor, der über die Sache endgültig entscheiden soll, geschickt – Warren.

Jack Carter wird zu einer Farm gerufen, auf der eine Kuh zerschmolzen auf dem Boden liegt. Als weitere Dinge einfach zerschmelzen, stellt sich heraus, dass Taggart Fledermäuse genetisch manipuliert hat, damit in ihrem Kot mehr Perchlorsäure gebildet wird, die man dann auf dem Titan als Brennstoff verwenden könnte. Leider verwandelt sich diese in Verbindung mit Xylen, ein Stoff der in allen geschmolzenen Gegenständen und Geschöpfen gefunden wurde, in eine Art Supersäure…

Der Start der Astraeus-Mission steht kurz bevor – ganz Eureka steht Kopf. Auch der US-Präsident will beim Start dabei sein. Als sein Double einfährt, wird sein Auto von einer Art Laserkanone in zwei Teile geschnitten. Erfinder des Lasers ist Dr. Plotkin, der überall in Eureka sogenannte Stangen verteilt hat, die die Energie ihrer Umgebung in sich aufnehmen. Er plant, eines Tages die Energieversorgung der Welt selbstständig zu regeln…

Kurz vor dem Absturz gelingt es Zane, die Astraeus zu landen. Als die Besatzung das Raumschiff verlässt, muss sie feststellen, dass sie auf der Erde gelandet ist – Sheriff Andy nimmt sie in Empfang. Es stellt sich heraus, dass Andy Eurekas Sicherheitschef ist, und dass ihm zahlreiche weitere Andys unterstehen. S.A.R.A.H. ist inzwischen Chefin von G. D. – schnell ist klar, dass sich Eureka fest in der Hand künstlicher Intelligenzen befindet…

Allisons Bruder Kevin hat sich in Eureka angekündigt, um Carter endlich kennen zu lernen. Kevin ist anderen Männern gegenüber sehr voreingenommen, weil er sie prinzipiell für dumm hält. So mischt er Carter ein paar Tropfen einer Substanz in ein Getränk, die ihn nun immer schlauer werden lässt – mit verheerenden Folgen. Bald kritisiert Carter das neueste wissenschaftliche Werk von Marcus, tauscht bei Andy einen Prozessor aus und selbst vor S.A.R.A.H. will er nicht haltmachen…

Die Bewohner von Eureka werden verschleppt und einer nach dem andern durch Doppelgänger ersetzt. Fargo (Neil Grayston), Allison (Salli Richardson-Whitfield) und Zane (Niall Matter) versuchen herauszufinden, wie sich die Entführung verhindern lassen und die Stadt gerettet werden kann.

Das Verteidigungsministerium will Eureka schließen und isoliert die Stadt: Keiner kommt in die Stadt oder aus ihr heraus. An verschiedenen Orten entstehen Wurmlöcher und Eureka droht auseinanderzureißen. Nur Carter (Colin Ferguson) kann die Stadt retten…