女子籃球部的王牌，全校有名的學生，神原駿河。 就是這個學校的明星，不久之後就執意地就纏上了歷。 不知道理由而困惑的歷，在黑儀家裡一起學習的時候，得知駿河和黑儀在中學時代關係就非常密切。 在回家的路上，歷遭到了謎團一樣穿著雨衣的人的攻擊。

突然間攻擊歷並想殺害歷的雨魔，其身份就是一直糾纏歷的駿河。 對歷的嫉妒和想要呆在黑儀的身邊，使得駿河使用了禁斷的“猿之手”。 歷為了從“猿之手”當中救出駿河而去和忍野咩咩商量，而忍野也道出了怪異身份的意外事實。

附著在駿河左脘上的並不是“猿之手”，而是叫做雨魔的惡魔。 為了實現駿河內心的願望，雨魔借給了她力量，這也就是出現穿雨衣的怪異的真相。 水落石出，歷沒有責怪駿河，而是不顧自身安危去拯救她。 於是與惡魔的決鬥開始，但結局卻讓人出乎意料。

歷和駿河受忍野之托來到山上的神社掛符。 忍野拜託的事很快就做完了，但他們卻沒發現神社里有好幾條蛇被切割得四分五裂。 歷想起了來時路上擦肩而過的那個少女，她是妹妹的朋友千石撫子，歷也發現了將蛇切開的就是她。 第二天，歷偶然遇到了撫子並向她詢問了情況。

撫子因為戀愛糾紛被同班同學嫉恨，而被施下了“蛇切繩”的詛咒。 並且撫子因為「次序不對」和「運氣不好」的解咒方法而使問題更加嚴重。 於是，歷決定幫助撫子。 在神社的解咒儀式非常順利，歷他們的臉上露出了安心的表情。 但是，撫子身上的詛咒卻不止一個。 眼看撫子就要死亡，歷從撫子身上把蛇拉了出來，但是卻沒能阻止蛇回去吞噬那個給撫子下詛咒的人。

阿良良木歷和阿良良木火憐正在去往神原駿河的家的路上。

在那途中，有一個說著京都方言的女性向他們打著招呼。

由於忍野忍提出的建議，阿良良木歷帶著小忍去甜甜圈店。

在出去的時候，阿良良木歷與阿良良木月火的談話中，注意到了某種異變。

阿良良木歷知道了阿良良木月火的怪異的秘密。

決定主動找那二人組的阿良良木歷和忍野忍，一起為了保護歷的妹妹而奔赴廢棄大樓戰鬥。

黃金周第一天的早上，阿良良木歷遇見了臉頰受傷的羽川翼。 翼懇求歷不要把羽川家中的事告訴給任何人

歷前去拜訪了忍野咩咩，把今天和翼一起埋葬一隻被車軋死的貓的事告訴了咩咩，結果被咩咩告知馬上去確認羽川現在是否還平安無事。 歷帶著困惑前去羽川的家，結果在途中遇到的是......。

前去拜訪羽川家，卻目睹了那種異樣景象后，歷立刻逃離了現場。 此後，障貓不斷襲擊人的傳謠正在蔓延。 再次和障貓對峙之時，歷終於知道了她的目的。

雖然被障貓告知“不要多管閒事”，歷還是為了説明羽川翼而採取了行動。 然後，用妖刀“心渡”和秘計，歷和障貓進行了直接對決。

在第二學期的開學日早上，羽川翼在通學路上與幽靈少女八九寺真宵聊天。

就在那之後，他們目擊到了一隻巨大的「虎」怪異。同一天，他們的家被大火燒毀。

因為擔心失去了家的羽川翼，戰場原黑儀讓她暫時住在自己的家裡。

翼接受了黑儀所做的食物，與黑儀一起醒來

羽川翼回到學校後，後輩神原駿河來找她。

駿河告訴翼，今晚阿良良木曆約她出去了。在翼對情況一無所知的情況下，她回到黑儀的家，卻有一個意想不到的人前來接她。

在戰場原黑儀的安排下，羽川翼決定寄宿在阿良良木曆的家中。在曆的家中過了一個晚上後，翼注意到自己昨晚竟然變成了「黑暗羽川」。

查明了巨大虎怪異「苛虎」的真相後，羽川翼寫下了一封長長的信。這封信可以說是寫給她另一個人格，怪異「黑暗羽川」的。

阿良良木歷和忍野忍在穿越時空時意外到了11年前的5月13日。 歷腦子裡浮現了想要救「在明天母親節，想去見母親卻發生交通事故，變成幽靈」的八九寺真宵的念頭。

由阿良良木歷講述的一集重述了化物語從“Hitogi Crab”到“Nadeko Snake”的事件。 一天，阿良良木歷抓住了他的同學戰場原黑儀的身體，他在樓梯上滑倒后摔倒了，知道這樣做很危險。 然而，她的身體卻出奇地輕，好像重量的概念並不存在一樣。

由阿良良木歷講述的一集重述了化物語的Tsubasa Cat和整個Nisemonogatari的事件。 暑假期間，在這五個女孩身上發生的所有與幻影有關的事件都得到解決后，阿良良木歷的兩個危險妹妹——自稱正義英雄的阿良良木火憐和阿良良木月火——陷入了一些麻煩。

從與忍的時光穿越之行回來的歷。 從北白蛇神社與八九寺真宵一起回家，交還她的包包。 可是，兩人隨後遭到不明原因的「黑暗」襲擊。

歷與真宵在斧乃木餘接的協助下逃過「黑暗」。 他們逃進補習班後的廢墟，和忍商討「黑暗」的問題時，忍突然講起了400年前的事。

歷聽忍說了400年前的事情。 他在那裡與餘接會合，真宵也正好醒了過來。 4人在補習班廢墟談話，但是這時「黑暗」再度登場。

從「黑暗」中逃脫，從潛藏的山裡下山的歷等人。 順便去了山中的村莊，遇到了卧煙伊豆湖，接受了關於「黑暗」的說明。

升入三年級的神原駿河，從忍野扇那裡聽到了“實現願望的惡魔大人”的傳聞。 為了知道其真面目而去見惡魔大人的駿河，在她的面前現身的是——。

早晨起來，駿河的左臂從猴子的手變回了人類的手臂。 駿河在困惑的同時也感到喜悅，這時欺詐師·貝木泥舟出現在她面前。

根據貝木的情報，駿河決定再次與沼地相見。 但，蠟花卻反而在駿河的面前再次現身了。 此時，她的左臂和以前的駿河一樣包裹著繃帶。

蠟花講述了她成為不幸的搜集家的經過，並進一步向駿河說明她開始搜集“惡魔”的經過。 兩人在談話結束后分別，但在此之後，駿河從火憐那裡得到了關於蠟花的新情報......。

駿河與蠟花在體育館相見。 為了阻止“不幸的搜集”和“惡魔的搜集”，在某個條件之下，駿河向蠟花發起籃球比賽的挑戰。

忙於應考的阿良良木歷，與小妹阿良良木月火一同入浴。

此時，歷注意到了自己身體出現的「無法忽視」的變化——。

歷為了找出開始出現的這一變化的原因，在忍野忍的建議下打算與影縫餘弦、斧乃木餘接進行接觸。

在那裡他瞭解到了，可以稱作至今為止的報應的這一變化的原因是——。

肉體正在吸血鬼化的歷，從斧乃木餘接那裡接受了不要再使用在此之上的吸血鬼力量的忠告。

但，就在此時，危險正在逼近火憐和月火——。

火憐、月火、駿河被不死身怪異的專家·手折正弦抓走了。

和余接一起，按照正弦的指示前往北白蛇神社的歷，在途中與身為自己學妹的少女忍野扇相遇了。

3月13日，高考的早晨。 歷已經死於臥煙伊豆湖手下。 八九寺真宵在來世等著他，指引他走向一個未知的目的地。 歷萬沒想到那裡等他的會是這個人。

真宵帶著歷去見手折，手折為他提供了回歸生活世界的方法。 歷對正猶豫要不要接受他的提議，他認為像真宵這樣的人比他更應該得到復活，直到他做出了令人驚訝的決定。

歷現在終於完全是人類狀態了，他被黑儀叫去約會。 當他們在一起的時候，歷看到了扇。

歷和黑儀在剩餘的約會時間里培養更深的感情。 回到家后，歷與扇再次相遇。

臥煙將歷、小忍、真宵和餘弦叫到一起，並透露扇是對他們之前面臨的一系列困境的始作俑者。

為了阻止扇進一步干涉生活，歷與她進行了最後的對抗。

被揭露之後，扇即將被黑暗吞沒，但是歷並沒有放棄挽救她，咩咩再一次在恰當的時機出現，拯救了他們。