子供のころに両親を亡くし姉に育てられた瀬川祐太は、大学入学を機に、一人暮らしを始めていた。彼は路上観察研究会、略して「ロ研」の新歓に参加し、二年生の織田莱香らと知り合う。少し変なところはあるものの、文武両道、眉目秀麗な莱香に惹かれた祐太は、ロ研に入部しようと決心する。そんなとき、姉の祐理から遊びに来るように連絡が入るのだが……。

うっかり着替え中の空と遭遇してしまった祐太は、さっそく流れる気まずい空気に頭を悩ませる。それでも、ひなとテレビゲームをしたり、美羽の用意してくれた昼食を一緒に食べたりするうちに、空と打ち解けるようになっていく。やがて夕方になり、姉夫婦が帰宅。三人の父親にして、姉・祐理の夫である信吾を苦手としていた祐太だが、家族思いの姿に認識を改めるのだった。そんな中、姉からさらなるお願いが飛び出す。

三人一緒にいたいと必死に訴える空と美羽の姿に胸を打たれた祐太は、自分が三姉妹を引き取ると宣言。親族の了解を得ないまま半ば強引に彼女たちを連れ出し、自分のアパートに連れて帰ろうとする。道中、昼食をとろうと入ったカラオケ店で仁村と遭遇。なぜ子供を連れているのか問いつめられているところに、父方の伯母から電話がかかってくる。

共同生活がはじまって数日、相変わらずドタバタの日々が続いていた。そんなある日、充電したまま置いて行ってしまった祐太の携帯電話に、繰り返し連絡が入る。ひなが誤って操作してしまい仕方なく美羽が電話に出ると、相手はロ研の会長・佐古俊太郎で、日払いのいいバイトを紹介するというものだった。早く知らせようと、空が祐太のバイト先であるファミレスまで届けることになるのだが……。

三姉妹から家に取りに戻りたいものがあるといわれ、一緒に池袋の小鳥遊家へ行くことになった祐太。ところが美羽が同級生の男子たちに誘われ、空も合唱部の部長に声をかけられたために、祐太はひなと２人で小鳥遊家へ向かう。窓を開けて空気の入れ換えをしていると、美羽と空も遅れて小鳥遊家に到着。三姉妹が揃ったところで祐太は荷物をまとめる手伝いを申し出るが、なぜか頑なに拒否されてしまう。

六畳一間のアパートで三姉妹が不自由な生活をしていないかどうか、祐太の伯母・佐原よし子が様子を見にやってきた。みんなで部屋中を掃除をしたかいもあり、もうしばらくはこのままでいてもいいと告げられ一安心する祐太。すると今度は、ロ研の会長・佐古が三姉妹に会わせろと迫ってきた。一度は断る祐太だったが、興味深々の莱香に圧されるようにして、仁村も含めた三人を夕食に招くことに。だが、なぜか空が不機嫌で……。

管理人に何の断りもない上、ワンルームに四人暮らしは非常識かつ契約違反だとして、アパートからの立ち退きを申し渡された祐太。管理人の佐和子に謝罪に行くが、契約通り一ヶ月以内に出て行くよう申し渡される。途方に暮れる祐太だったが、莱香からの助言もあり、仁村や佐古にも物件探しを頼ることに。さっそく紹介の電話をくれた仁村に祐太が会いに行こうとすると、空は自分も同行すると言いだす。

夏休みが明けるとひなは保育園に、空と美羽は学校に通い始める。八王子のアパートから学校まで一時間半ほどかかる上、ラッシュ時の混雑で登校するとあって一苦労。だが、どことなく美羽に元気がないのはそれだけが原因ではなかった。満員電車で踏まれた拍子にローファーのつま先に穴が空いてしまったのだ。それを見たクラスの女子たちが「美羽ちゃんのお家、大変なんだね」と噂する声が聞こえてきて……。

合唱部に所属している空。以前はコンクール優勝を目指し、熱心に練習していた。ところがひなの保育園のお迎えのために部活に出られず、しだいに練習に付いていけなくなる。さらに練習の疲れが溜って学校の成績が落ちたり、祐太のお弁当のおかずを満足に作れなかったりと、部活、勉強、家事のいずれもが中途半端になっていた。このままでいいのかと、空は思い悩む。

周囲を頼ってもいいのだと思えるようになった空は、学校帰りに莱香と夕飯の買い物をするなかで、祐太が大学の講義中に爆睡していると聞き、心配になる。だが空本人も、家事やひなの世話で疲れて授業中に寝てしまうことが増えていた。美羽も通学に時間がかかりすぎるため、身体に負担がかかっている様子。それでも心配をかけたくない一心で、翌日も何事もないように登校するのだが……。

ひなは、母親の祐里から贈られたうさぎのぬいぐるみに、「お遊戯会の練習を頑張ったらパパとママが帰ってくる」と願掛けをしていた。それを聞いた空と美羽は意を決し、もう二人は帰って来ないのだと告げるが、幼いひなは理解できずに大泣きしてしまうのだった。そんな中、空は小鳥遊家の親戚から祐太のもとに届いた手紙を読んでしまう。そこに書かれた返事の期限は、すぐそこまで迫っていた。