La determinazione di Gibbs nel rintracciare il terrorista che aveva sequestrato Ducky, Kate e Gerald (ferendo quest'ultimo) diventa l'ossessione dell'intera squadra. Grazie ai dettagli notati dal dottor Mallard mentre era tenuto in ostaggio (parlata inglese, conoscenze mediche), McGee affina le ricerche e riesce ad individuarlo in un database di laureati in medicina in Inghilterra: è un israelo-palestinese di nome Ari Haswari. Questi intanto si trova a Washington con un gruppo terroristico, che progetta di costringere ad un atterraggio di emergenza il Marine One per sequestrare il presidente degli Stati Uniti. Allo scopo Ari fa rapire Kate, le cui conoscenze sulla sicurezza presidenziale serviranno a distinguere l'elicottero presidenziale dagli altri due identici velivoli del HMX-1 che lo accompagnano. Mentre i due si trovano insieme nella base del gruppo e i complici sono partiti, Ari uccide l'unica terrorista rimasta con loro e rivela a Kate di essere un agente infiltrato del Mossad. Il gruppo terroristico viene fermato e Ari, prima di tornare in Medio Oriente, accetta l'invito di Gibbs per un incontro faccia a faccia nella sala autopsie dell'NCIS dove, dopo un breve confronto, l'ex marine desideroso di vendetta gli spara ad una spalla, sostenendo che renderà la sua copertura più credibile quando tornerà da Al-Qaida.