Ducky et son assistant Gerald sont pris en otages par un inconnu dans la salle d'autopsie. L'homme s'intéresse à Qassam, un terroriste palestinien que Gibbs a récemment dû abattre. Plus particulièrement il a l'intention de faire main basse sur les pièces à conviction de l'affaire. La tension de ce huis clos monte, car Kate est retenue à son tour et Gerald gravement blessé. Lorsque Gibbs comprend la situation, soudain c'est le branle-bas de combat à l'état major du NCIS...

Ari Haswari est de retour et a pour projet un attentat visant Air Force One, avec à son bord le Président Bush et le Premier Ministre Israëlien et également le vol de missiles. Pour mener son projet à bien, il kidnappe Kate. GibBs et le reste de l'équipe mettent alors tout en oeuvre pour déjouer les plans du terroriste et libérer Kate...