A qui appartient le corps rongé par l'acide hydrofluorique et découvert sur la base navale, dans un baril de ce même produit ? Et pourquoi ce meurtre ? C'est ce que doit élucider l'équipe de Gibbs. Les conclusions de Ducky laissent présumer que l'homme était sous-marinier sur le Philadelphia récemment parti en exercice dans le cadre de man?uvres de l'OTAN. De l'avis de Gibbs, un imposteur s'est glissé à bord du sous-marin, prenant la place du matelot assassiné et encore non identifié. Accompagné de Kate, il se fait déposé sur le Philadelphia commandé par Peters, peu enclin à collaborer à l'enquête qui perturbe ses man?uvres. Parmi les cinq nouveaux sous-mariniers présentant une morphologie semblable à celle du cadavre hydrofluoré, Drews, opérateur sonar, retient l'attention de Gibbs et de Kate. A la base, les recherches d'Abby et de Tony éclairent l'enquête : le corps identifié est celui de Drews et l'homme qui le remplace sur le Philadelphia se nomme en réalité Shoan Travis. Membre d'un groupe d'écologistes radicaux, Travis projette de diffuser du gaz sarin dans le sous-marin. Se voyant démasqué, le kamikaze se suicide. L'équipage est alors en danger de mort.