Un marine recentemente convertitosi all'islam viene ritrovato morto in apparente posizione di preghiera su un parco innevato. Il team dell'NCIS inizia subito ad indagare sulla pista dell'intolleranza religiosa, partendo dal padre, un ex marine ora reverendo. Si scoprirà che il padre era arrivato fino a pagare i colleghi marine di suo figlio purché cercassero di fargli cambiare idea e farlo rimanere di religione cristiana, ma non era arrivato fino ad ucciderlo. Dopo aver scartato anche l'ipotesi che l'aggressore fosse la moglie, che già in passato l'aveva tradito, il colpevole viene identificato nel fratello della vittima, che in un litigio per via della scelta religiosa compiuta dal marine, gli ha sferrato un colpo alla testa con una mazza.

Nel frattempo, Gibbs riceve con l'occasione del Natale, la visita di suo padre, che appare però molto depresso a causa di un recente trauma vissuto: nel suo locale ha ucciso un giovane che stava tentando di rapinarlo. McGee trova il tempo di compiere una buona azione facendo un favore chiesto da Abby e Tony si vede costretto a fare un regalo ad una collega dell'area risorse umane dell'agenzia.