Parker je na útěku před FBI spolu se svou bývalou ženou Vivian. Ta však tajně komunikuje pomocí sms s Parkerovým úhlavním nepřítelem Ravenem. Uprchlíci se ve městě setkají s bývalým vyšetřovatelem Fornellem. Vivian Parkera nezradila, ale pomocí sms, ve kterých se zločincem naoko spolupracuje, posílá Ravena na jiné místo. Tím uprchlíkům získala čas. Teď je jasné, že Parkera chce dostat nejenom FBI, ale i zločinec Raven. Fornell za pomoci své známé zjistí, že bankovní účet, který Parkera spojuje s vraždami, byl založen v Rusku. Zatím se zbytek týmu NCIS snaží Parkera očistit. Je to komplikované, a tak agenti rádi přijmou posilu z havajské pobočky NCIS. Identifikují Ravena jako Rusa Dmitriho Lopuchina. Rozhodnou se, že ho nalákají na jeho bývalého spolupracovníka, dnešního vězně Maxwella. Při jeho převozu z vězení je ale kolona vozidel agentů přepadena agenty FBI, kteří chtějí chytit Parkera. Zmatku využijí neznámí útočníci a oba týmy agentů napadnou střelnými zbraněmi...

Při inspekci námořního skladiště je nalezena mrtvola muže. Vzápětí jsou nálezci napadeni neznámým maskovaným útočníkem, který ze skladu uteče. Tým NCIS zjišťuje, jak se zloději mohli do skladu dostat. Sklad má speciální zabezpečení. Mrtvým je Tyson Perkins. Podle patologa Tyson zemřel na následky prudké alergické reakce. Agenti jsou překvapeni, když zjistí, že sklad je plný sýra, který byl nakoupen z vládního tajného fondu, a tímto způsobem byl nezákonně podpořen místní výrobce. Jisté je, že zloději se do zařízení mohli dostat pouze díky znalosti přístupového kódu. Ten vytvořil Carter Landegraff, muž, kterého zná McGee osobně ze školy svých dětí, kde Carter provozuje jakýsi klub otců. Další vyšetřování odhalí, že právě on použil peníze ze školního fondu ke spekulaci s kryptoměnami. Část peněz mu však z účtu zmizela...

Tým vyšetřuje podivnou smrt armádního dodavatele. Ten byl nalezen mrtvý na starém hřbitově a místo vnitřních orgánů měl v těle kameny s nějakými symboly. Další vyšetřování odhalí, že oběť, Nilsson, byl mezi americkými vojáky, kteří před nějakou dobou v Afghánistánu ukradli poklad nalezený na místním starověkém pohřebišti. Právě k tomuto pokladu se váže legenda, že kdo ho ukradne, zaplatí za to životem. Proto si místní lidé pokladu vůbec nevšímali. Při vyšetřování je unesen agent Torres. Spolu s ním byla unesena psychiatrička, ke které chodil i Nilsson a další z vojáků – zlodějů, Vega. Toho psychiatrička Grace nedávno nechala umístit na psychiatrickou kliniku. Vrazi a zloději, což jsou zbývající dva vojáci, Grace donutí, aby šla pro Vegu na kliniku. Vyhrožují jí, že pokud Vegu nepřivede, zabijí Torrese...

Tým vyšetřuje vraždu poddůstojníka Aarona Thomase. Toho nalezli účastníci kempu v divočině probodnutého na táborových záchodech. Vyšetřovatelka Knightová se na tomto případu setkává se svou bývalou láskou, Gagem Winchesterem. Tým brzy zjistí, že vrah stejným způsobem zabíjel i v jiných národních parcích. Záhy objeví také podezřelého. Tím je bývalý lékař Greg Walsh. Walsh kdysi operoval pod vlivem drog, a proto přišel o lékařskou licenci. Sám Walsh se agentům přihlásí, a v hotelové restauraci se dokonce nechá zatknout patologem, na něhož zde narazil. Než však mohou agenti Walshe vyslechnout, někdo ho zastřelí z projíždějícího auta. Winchester si všimne, že zabitý poddůstojník měl u sebe kytku, která roste jen v určité části národního parku, kde se vražda stala...

V ohrožení života se ocitne sám ředitel NCIS, Vance. Do domu se mu totiž vloupou lupiči a Vance jednoho z nich zabije. NCIS bere útok velmi vážně a agent Parker varuje Vance, aby nejezdil na služební cestu do Berlína. Když ale na cestě trvá, Parker se rozhodne jet s ním. Udělá dobře, v Berlíně je napadena Vanceova přítelkyně Lena...

Zatímco tým NCIS vyšetřuje vraždu agenta NCIS Otise Khatriho, agentka Kasie se ztratila. Vyšetřovatelům je brzy jasné, že se v bytě nacházela kočka, která by mohla mít za drápy kůži vraha. Agentka Knightová se tedy snaží zvíře najít. Patolog objeví v krvi mrtvého stopy sezamového oleje. To je divné, muž byl na sezam alergický. Když se agentka Kasie konečně objeví, vysvětlí týmu, že společně s lidmi z agentury DCIS plnila tajný úkol, hledala zrádce přímo v týmu NCIS. O akci nebyl informován ani ředitel Vance. Kasie zjistila, že Otis využíval počítačový systém NCIS k vydírání těžebních a technologických firem. Agenti teď potřebují najít Otisova společníka, zřejmě jeho vraha. Jelikož jeden z podnikatelů výkupné Otisovi zaplatil, ale nechce s NCIS spolupracovat, Parker pošle do jeho společnosti tajně Kasie...

Na agenty se se žádostí o pomoc obrátí Felix Lassiter. Tvrdí, že se ho jeho žena pokouší zabít. Je to docela problém, Lassiterova žena je ministryní a je přímou nadřízenou týmu NCIS. Parker zprvu nechce Lassiterovo oznámení brát vážně, ale když se muž zhroutí, NCIS začne případ vyšetřovat. Agentka Kasie v Lassiterově krvi najde stopy chemické látky, kterou kdosi opravdu Felixe tráví. Zdá se, že muž měl pravdu. Jak se ale nakonec ukáže, Felixova žena není tím, kdo mu usiluje o život...

Na slavnosti ke Dni díkůvzdání vybuchne bomba. Agenti NCIS jsou zprvu přesvědčeni, že cílem útoku byla admirálka námořnictva, která se slavnosti účastnila. Ve chvíli, kdy si ale uvědomí, že cílem útoku neznámého střelce, jenž výstřelem odpálil propanbutanovou bombu, je jejich kolegyně, agentka Jessica Knightová, pochopí, že čas hraje proti nim. Skutečně. Knightová právě zjistila, že povedený snoubenec její sestry jí usiluje o život. Je to problém. Knightová se zrovna účastní společně s Kasie slavnostní večeře u své sestry. O život tedy jde i Kasie a Jessičině sestře...

Tým je přivolán k podivné autonehodě. Auto srazilo na ulici vysokoškolského studenta, Williama Watsona, který se chvíli před srážkou na ulici svléknul do spodního prádla a pod vůz doslova vběhnul. Podle záznamů pouličních kamer se Watson chvíli před nehodou také sešel s McGeeho manželkou, Delilah, která na univerzitě učí kybernetiku. Od ní se agenti dozvědí, že Watson vynalezl šifrovací program, který měl velkou budoucnost. Delilah ale není přesvědčena, že by za vraždou byla nějaká cizí zpravodajská služba. Watsona ostatně sledoval i agent FBI, Baker, který se mezi studenty infiltroval. Ten však naznačuje, že zahraniční kontakt s Watsonem je možný. Vysvětlení celého případu je však mnohem jednodušší…

Na akademii pro agenty NCIS se chystá večírek na oslavu odchodu do důchodu všemi oblíbeného instruktora Hardinga. Jenže z plánovaného večírku velmi rychle sejde, když je Harding ve svém bytě nalezen mrtev. Muž podle všeho spáchal sebevraždu. NCIS zahajuje vyšetřování, ke kterému se přidávají agenti agentury z Los Angeles, Hanna a Callen. Do pátrání se zapojí i dva havajští agenti, Tennant a Mills. Vyšetřování odhalí, že Harding měl v počítači přísně tajné soubory, které patřily Pentagonu. Chvíli před svou smrtí je z počítače vymazal. K těmto souborům se Harding dostal pomocí ukradených přihlašovacích údajů McGeeho. Zdá se, že další tajné dokumenty Harding uschoval v bývalé Gibbsově chatě. Torres s Knightovou, kteří se do chaty vypraví, zde narazí na muže, jenž před nimi při útěku ztratí Hardingův telefon. Z tohoto mobilu pak NCIS zjistí, že Hardinga vydíral známý terorista Williams...

V motelovém pokoji je nalezena mrtvola praporčice Ashley Wattsové. Žena bydlela poblíž motelu, a tak se nabízí varianta, že se v motelu scházela se svým milencem. Tým zažije šok, když zjistí, že pokoj byl rezervován na Parkerovo jméno a dokonce pomocí jeho kreditní karty. Kasie brzy zjistí, že sám Parker se stal obětí krádeže identity. Stopa vede k Parkerově staré lásce a jejímu synovi Ryanovi. Právě on ukradl Parkerovu identitu na základě informací, které zjistil z Parkerových dopisů jeho matce. Ryan se účastnil podvodu na Wattsovou, do ženy se ale zamiloval a ke všemu se jí přiznal. Jenže ani Wattsová nebyla tím, za koho se vydávala...

Torrese vyhledá jeho starý kamarád Dale Sawyer, který je také agentem NCIS. Muž je od krve a Torres ihned pozná, že s ním není něco v pořádku. Dozví se od něj, že stále pracuje v utajení na společné operaci s FBI a že se bojí prozrazení své tajné identity. Následně se Sawyer, aniž by cokoliv víc vysvětlil, ztratí. Torres spolu s týmem začnou sami po Sawyerovi pátrat. Když se objeví tělo neznámého upáleného muže, je všem jasné, že Sawyerovi jde o život. Torres tedy sám zamíří mezi řidiče kamionů, kde Sawyer naposledy pátral. Torres svého kamaráda sice najde, ale brzy jim oběma jde o život...

Námořní poručici Renee Harlanové kdosi poslal podivný dárek. Pomocí zásilkového robota jí byla doručena useknutá hlava neznámého muže. Pod hlavou v zásilkovém prostoru robota byla umístěna bomba, kterou naštěstí agentka Knightová dokázala bezpečně zlikvidovat, aniž by někoho zranila. Vyšetřování je komplikované, ředitel Vance totiž k týmu dočasně přiřadil známou herečku Chloe Marlene, která má ve filmu hrát roli agentky. Umělkyně chce poznat realitu služby u NCIS. Kasie se podaří identifikovat muže, jehož hlava teď leží na pitevně. Oběť měla voperovaný kardiostimulátor, který má v sobě GPS zařízení, a tak není problém najít zbytek mrtvoly. K šoku týmu v kůlně, kam je GPS dovede, najdou další dvě těla bez hlavy a hlavy těchto obětí v mrazáku. Setnutí bylo provedeno pomocí gilotiny. Všechny oběti spojuje heterochromie - různobarevnost očí....

Tým je přivolaný k vraždě námořního praporčíka Clydea Simse. Muž v rámci služebního úkolu převážel námořnictvem zabavené drogy. Kdosi ho zastřelil a drogy ukradl. Na místě činu se Parker začne chovat značně divně. Uviděl totiž na několika rozsypaných pilulkách drogy známý znak drogového dealera Claytona Willse. S ním se Parker už kdysi u FBI setkal. Dodnes si vyčítá zpackanou akci, při které byl zraněn jeho kolega, Jeremy Brighton, což vedlo k jeho dnešnímu životu v kolečkovém křesle. Parker se při vyšetřování chová nepředvídatelně, propadá návalům vzteku a je celkově nesnesitelný. Willse se nakonec podaří usvědčit a zatknout, Parker se ale musí vyrovnat sám se svou minulostí. K tomu mu nakonec pomůže i sám Jeremy...

Při podivné autonehodě zemřel Sam Vega. Tento příslušník námořnictva si přivydělával jako řidič v organizaci, která poskytuje sdílené jízdy. Patolog Palmer ihned při ohledání zjistí, že co vypadá jako autonehoda, je ve skutečnosti vražda. Vegovi někdo do krku vpíchnul omamnou látku. Tým začne rozplétat Vegovo soukromí a narazí na podivnou charitu, kterou Vega provozoval. V místním domově důchodců poskytoval některým starým lidem různé služby a agenti zjistí, že si od staříků přišel na pěkné peníze. Co se zdá být nechutným zneužitím starých lidí, se ukáže jako čestná věc. Vega totiž získané peníze ihned znovu daroval na charitu. Torres ale brzy přijde na to, co se Vegovi stalo...

Na parkovišti budovy náborové stanice námořnictva někdo vypustil z kanystrů omamný plyn, který paralyzoval několik lidí. Jelikož v budově vedle náborové kanceláře byly také sídla a kanceláře firem bohatých a vlivných lidí, jsou agenti přesvědčeni, že cílem byl někdo z těchto VIP osob. V budově sídlí i kancelář vlivné senátorky. S ní se ale týmu nedaří spojit, a tak se agenti vydají do místa jejího bydliště. Tady najdou stejným způsobem omámenou hospodyni a podaří se jim zatknout zlodějku, která právě vybírá sejf. Tato zlodějka, Dorothy, je dcerou známého zloděje Legranda. Dorothy tvrdí, že oba útoky spáchala na příkaz neznámého pachatele, který unesl jejího otce a teď ji nutí ze senátorčina sejfu získat pevný disk. Od senátorky agenti zjistí, že tento pevný disk obsahuje jen neškodné fotografie. Tým si tedy láme hlavu, proč pachatel takto riskuje. Agenti nastraží společně s Dorothy past a při předávání disku zadavatele zatknou...

Vojín William Huxley byl nalezen ve své garáži mrtev. Kdosi ho zabil nožem, který mu vrazil do krku. Huxley se nedávno vrátil z Afghánistánu a byl degradován na vojína. Důvodem bylo jeho pašování uprchlíků z Afghánistánu do Spojených států. Vyšetřovatelé zjistí, že Huxley se nedávno ve zdejším uprchlickém centru, kterému pomáhal, pohádal s Mateenem Jamaahem, uprchlíkem z Afghánistánu, kterého sám do Států dostal. Jamaah však Huxleymu vyčítal, že nedokázal pomoct i jeho rodičům, které v Kábulu zabil Taliban. Když NCIS Jamaaha navštíví, zjistí, že muž vyrábí bombu. Ta je ale vzápětí ukradena skupinou neznámých maskovaných útočníků. Jamaah vypoví, že mu kdosi neznámý vyhrožuje. Hrozí, že mu v uprchlickém táboře v Turecku zabije snoubenku, pokud pro něj nebude bomby vyrábět. Jamaah také tvrdí, že o pomoc požádal Williama Huxleyho, než ho kdosi zavraždil. Agenti tedy jdou po této stopě. Ta je přivede k pastorovi, který působí v uprchlickém centru. Toho ale agenti najdou již mrtvého...

Tým šetří případ, ve kterém je poručice námořnictva Rachel Donahueová obviněna z pokusu o vraždu svého manžela Logana. Měla mu vrazit do břicha nůžky. Muž si zavolal záchranku. Už při prvním šetření se Rachel tváří, že vůbec neví, že Logana napadla. Zprvu jí agenti nevěří, ale když Rachel při vyšetřování omdlí, udělají jí pořádné vyšetření. Při něm zjistí, že ženě kdosi bez jejího vědomí do těla implantoval zařízení na podávání léků. Rachel byla předávkována lékem na štítnou žlázu. Ten způsobuje i výpadky paměti a nekontrolovatelný vztek. Tým najde zubaře, jenž se přizná, že jí bez jejího vědomí na zakázku z internetu do těla vložil implantát ve chvíli, kdy jí ošetřoval zub. Zubař netuší, kdo mu za tento nelegální čin zaplatil. Vše bylo dohodnuto online. Vyoperovaný implantát je vlastně prototypem lékařského zařízení, který vyrábí firma, v níž Logan působí jako manažer...

Agentka Knightová cestou do práce při autonehodě zachrání ženu a jejího malého chlapce z hořícího auta. Muže, kterého žena, Reyna, v autě vezla, se zachránit nepodařilo. Muž byl zraněný už před nehodou a než ho Knightová stihla z vozu vytáhnout, vybuchl. Reyna nejprve agentům tvrdí, že se jednalo o jejího bratra Daniela. Postupně ale vyjde najevo, že mrtvý Daniel byl agentem DEA a donutil Reynu spolupracovat při vyšetřování drogového kartelu Serrano. To už ale mafiáni Reynu z nemocnice unesou. K NCIS týmu se připojuje agent DEA, Raymond Frank, s tím, že obě agentury budou na případu spolupracovat. Jenže chování Franka je vyšetřovatelům NCIS podezřelé. Malý Adam, syn Reyny, vyšetřovatelům řekne, že večer před autonehodou jeho matce kdosi volal a ona někam odešla. Když se vrátila, v autě seděl postřelený Daniel. Společně ho pak s maminkou vezli do nemocnice...

V místním parku byla nalezena mrtvá žena. Jak se brzy ukáže, jedná se o příslušnici námořnictva a dceru významné senátorky, Amandu. Právě senátorka do vyšetřování od prvního okamžiku vstupuje. Dokonce k týmu nasadí svého člověka, dr. Milese Bauera. S tím má problém patolog Jimmy, který se s mužem zná už z doby studií. Jimmy, jenž se při vyšetřování drží faktů, se postaví proti Bauerově teorii o času úmrtí Amandy. To vede k tomu, že mezi Jimmym a Bauerem vznikne spor. Za Jimmyho se postaví ředitel Vance. Bauer je přesvědčený, že vrahem je Arthur Vernon, který Amandu nedávno otravoval a špehoval ji. Jimmy však tvrdí, že Amanda zemřela v době, kdy Vernon kvůli alibi nemohl být jejím vrahem. Je nalezena další zavražděná žena. Bauer ztropí scénu a tvrdí, že Jimmy je odpovědný za život této mrtvé. Kdyby byl Vernon zavřený, žena by nezemřela. Senátorka dokonce nutí Vance, aby Jimmyho propustil. Tým ale vyšetřuje dál...

V budově národního archívu, v její tajné části, je nalezena mrtvola člena ochranky. Muž byl ubodán. Patolog odhadl dobu smrti na hodinu, kdy se podle elektronické databáze vstupů v budově pohybovala jen senátorka Millerová. Millerová je Parkerovou intimní přítelkyní. Vyšetřování odhalí, že díky očnímu scanu sítnice Millerové do budovy pronikl neznámý muž. Když agenti začnou pátrat po totožnosti neznámého, zjistí, že muž byl ve spojení se zadrženými ruskými špióny. Tým začne špióny vyslýchat a brzy zjistí, že se z archívu ztratil spis ruského přeběhlíka, vědce Ilji Sokolova. Vyšetřovatelé najdou Sokolova mrtvého...

Vyšetřovatelé NCIS nechali Jurije Valkova zavřít do vězení. Do protější cely byl umístěn jiný vězeň, Delgado. Tímto vězněm byl ale ve skutečnosti agent Torres, který se za Delgada pouze vydával a chtěl zjistit potřebné informace o Valkovovi. Valkov se zatím stal díky penězům svého otce neoficiálním králem vězení, kterého poslouchají i dozorci. Torres zjistí, že Valkov má spojení se svým otcem Kostyou prostřednictvím zakázaného mobilního telefonu. Tým vyšetřovatelů se od zadržené ruské špiónky Evelyn Shaw dozvídá, že Rusové chystají teroristický útok na USA. Podle všeho jde o útok na energetickou síť. Její výpadek by mohl způsobit pád vlády a chaos v zemi. Ve chvíli, kdy si Torres získá Valkovovu důvěru, se vše pokazí. Jurij Valkov je ve vězení zabit. Stopa vede k dceři Kostyi Valkova a Jurijově sestře. Ve chvíli, kdy se tým dozvídá, že Kostya přiletěl do Států, dochází k výpadku sítě. Agentům dochází, že Kostya je ve stejném místě, kde oni drží Evelyn...

Tým NCIS musí pomoci Torresovi, když ohrozí svou budoucnost tím, že se postaví muži, který zneužíval jeho rodinu, když byl ještě dítě.

Zatímco NCIS truchlí nad ztrátou Duckyho, agenti nacházejí útěchu v práci na jednom z jeho nedokončených případů týkajících se ženy, jejíž otec byl propuštěn beze cti od mariňáků.

Den „Ujdi míli“ se obrátí vzhůru nohama, když Kasie obdrží tísňové volání od tajemného muže.

Tým NCIS závodí s časem, aby našel pohřešovaného důstojníka, který zmizel během zasnoubení.

S pomocí otce Knightové, zvláštního agenta Fenga Zhaa, NCIS pracuje na odhalení záhady nedávno použité služební zbraně patřící pohřešovanému agentovi. A McGee je na chvostu, když výsledky DNA odhalí blízkého příbuzného, o kterém nevěděl.

Po objevení těla námořního pilota posetého neobvyklými ranami vyšetřování vtáhne tým NCIS do králičí nory konspiračních teorií o UFO.

NCIS se stane cílem útoku tajemného nepřítele z minulosti. A Vance se snaží napravit vztah se svým odcizeným synem tím, že mu pokusí vysvětlit, proč se navzdory přetrvávajícímu nebezpečí jeho práce stále rozhodl zůstat u NCIS.

Tým NCIS hledá motiv únosu a smrti slavného kardiochirurga.

Po objevení pozůstatků kapitána Námořní pěchoty tým NCIS cestuje do Texasu, aby vyslechl podezřelého vraha.

Parker a Knightová objeví tři těla na staré námořní lodi, která má být potopena a proměněna v umělý útes, když je uvnitř náhle zamkne tajemná postava. A Vance nabídne Knightové jedinečnou příležitost.