Gibbs et Bishop sont a bord d'un sous-marin nucléaire pour enquêter sur un meurtre. Celui-ci ne donne plus aucun signe de vie ce qui inquiète le directeur Vance.

L'équipe du NCIS enquête sur le crash d'un F-18 et la disparition ultérieur du pilote qui dirigeait l'appareil. Aussi, McGee discute, à contre-coeur, d'une décision très personnel avec ses coéquipiers.

Gibbs ayant décidé de rester en Alaska, Vance propose le poste à l’agent Parker, qui le décline bien qu’il accepte de diriger temporairement l’équipe. Le NCIS doit élucider la mort d’un quartier-maître dont le corps explose avant que Jimmy n'ait le temps de l'examiner, conduisant les agents à soupçonner un projet d’attentat suicide.