Suite à une bagarre dans un bar, un marine est jeté dehors par le videur ainsi que deux de ses collègues. Ayant oublié sa carte de crédit à l'intérieur, il laisse ses amis seuls à l'entrée quelques minutes. A son retour, il les retrouve tous deux gravement blessés ; l'équipe du NCIS est ainsi appelée afin de mener l'enquête, qui les conduira par ailleurs dans la ville natale de Gibbs, ceci donnant lieu à des scènes...inédites.

A l'approche de Noël, un jeune couple arpente la forêt à la recherche d'un sapin mais découvre un cadavre congelé par le froid et agenouillé sur un tapis de prière. Il s'agit d'un lieutenant des marines, converti à l'islam durant la guerre en Irak. Son père avait quitté la Navy pour devenir pasteur. Dans le même temps, Gibbs reçoit son père pour les fêtes et la cohabitation commence sur de mauvaises bases.

Au Mexique, où il tente de prévenir ses amis des dangers qui pèsent sur eux, Gibbs est enlevé par les hommes de main du cartel Reynosa. Paloma, qui dirige le cartel, lui annonce qu'elle souhaite se servir de lui en menaçant ceux qui lui sont chers. Il est relâché alors que son équipe est résolue à aller le récupérer sur place. Ziva, elle, annonce qu'elle a réussit les tests nécessaires à sa naturalisation.

Quelques mois après avoir attenté à la vie du père de Gibbs, Pamela Raynosa est de retour aux États-Unis, cette fois pour consolider la distribution de sa marchandise le long de la côte Est. Gibbs est de nouveau la cible de la reine du cartel mexicain qui mène une vendetta contre lui. En plus de son instinct légendaire, l’agent peut compter sur le directeur du NCIS, son équipe et Mike Franks.

Pendant sa pause matinale habituelle dans un café, Gibbs échappe de près à la mort lorsqu'un homme lui tire dessus. Toute son existence repasse alors devant ses yeux ainsi que les personnes importantes de sa vie comme sa première épouse, Shannon, ou sa mère qui lui font repenser aux choix déterminants qu'il a faits par le passé. Parallèlement, l'enquête sur un double meurtre commis sur un navire suit son cours.

Trois vols à main armée ont été commis récemment dans le même quartier suivant un mode opératoire similaire. Un marine a trouvé la mort au cours du dernier braquage. Parallèlement, Gibbs accepte d'accompagner son père qui veut rendre visite à l'un de ses vieux amis de l'armée, sur le point de mourir. Pendant son absence, il confie la responsabilité de l'enquête à McGee, ce qui provoque la colère de DiNozzo.