Ziva, andando a lavoro, assiste a un attentanto terroristico e vede un ex agente del Mossad che dovrebbe essere morto. Ingiustamente ricercata come autrice dell'attentato, Ziva non può fidarsi delle agenzie federali quali FBI o la stessa NCIS che hanno fatto muro contro di lei, persino il Mossad e il suo stesso padre emette un ordine di cattura nei confronti della figlia. Solo Tony, ora diventato il capo della squadra, non crede alla colpevolezza di Ziva e nell'ombra chiede aiuto alla squadra per aiutare la collega. Nascosta e impaurita Ziva chiede aiuto a Gibbs il quale è in pensione e si è ritirato in Messico assieme al suo amico e mentore Mike Franks. Gibbs suo malgrado decide di tornare a Washington e chiede il reintegro temporaneo al solo scopo di aiutare Ziva con la quale ha un antico debito (nell'episodio "Uccidete Ari (part 2)" Ziva uccide il fratello Ari prima che questi uccidesse Gibbs). Aiutata da Gibbs e da Tony, Ziva riesce a togliersi dagli impicci ma ciò non basta a far restare Gibbs nella squadra.