L'équipe du NCIS est chargée d'enquêter sur le décès d'un Marine de confession musulmane, retrouvé assassiné près d'une Mosquée. Les membres de l'équipe en viennent à interroger le père du jeune homme, qui se trouve être également l'imam de la Mosquée. McGee découvre alors que le FBI est lié à l'affaire : en effet, en installant secrètement un micro dans la Mosquée, il fait apparaitre un autre micro de l'agence fédérale, caché préalablement sur les lieux. Le FBI suspectait l'imam de la Mosquée de recruter des terroristes. Les investigations du NCIS se voient arrêtées lorsque Ducky refuse l'autopsie du jeune Marine, par respect envers les convictions religieuses de la famille de ce dernier.