Un niño de 6 años acude al equipo de NCSI para denunciar el secuestro de su padre, antiguo colaborador de la Marina. Gibbs, con la ayuda del muchacho y de su equipo, pronto descubre que el hombre se encuentra en una misión altamente secreta y es el único que conoce las claves.

Gibbs se enfrenta al asesinato de dos mujeres, ambas esposas de infantes de Marina. Los resultados de la investigación determinan que el móvil de los crímenes podría ser racial. Según las pruebas, otra joven y su bebé podrían estar ahora en el punto de mira del criminal, al que el equipo deberá dar caza antes de que sea demasiado tarde.

El equipo de NCIS acude a examinar el cuerpo de un soldado que ha aparecido en una casa deshabitada. Tras identificarle, los investigadores descubren que el hombre debía haber prestado servicio en Irak, pero que justo antes de partir desapareció. Además, llegan a la conclusión que el cuerpo fue primero enterrado en el patio de la casa y exhumado después. A su vez, el NCIS descubre que el joven estaba prometido con dos mujeres a la vez. Abby decide ir en busca de una muestra de ADN de cada una de ellas para poder continuar la investigación

El equipo de NCIS debe encontrar al asesino que mató a un teniente de la Marina y que, posteriormente, dejó el cadáver en un pequeño motel. Sin embargo, Gibbs descubre que el asesinato se produjo tres días atrás, que las autoridades locales ya lo habían investigado y que una unidad terrorista es la posible causante de este delito.

Un teniente de la Marina, inspector internacional, ha sido envenenado con sustancias radioactivas. El equipo de NCIS intenta reconstruir los hechos hasta el momento en que se produjo la contaminación. En este proceso, Gibbs se da cuenta de que el delincuente trazó el plan a la perfección, evadiendo incluso una inspección programada. Antes de morir, el teniente explica al grupo de investigadores que tan sólo dos de sus compañeros tendrían capacidad para hacer algo así.

Los chicos del NCIS trabajan en la investigación del asesinato de un almirante de la Marina. Sin embargo, su labor se ve perturbada por el regreso de la esposa del difunto, una refugiada política que volvía a casa para reunirse con su marido.

Un marine musulmán es asesinado cerca de una mezquita y Ducky se niega a practicarle la autopsia debido a sus creencias religiosas. Para avanzar en la investigación del caso, el equipo de NCIS trata de hablar con el padre de la víctima y envía a McGee para instalar micrófonos ocultos en el templo. Al llegar allí, descubre que el FBI ya se había encargado de hacerlo.