A murdered JAG officer teams up the JAG staff with agents of the Naval Criminal Investigative Services (NCIS).

NCIS Agent Gibbs continues his investigation on the terrorist, Amad Bin Atwa to avert another attack on a Navy ship. Harm is court-martialed for the murder of Lt. Singer.

Terwijl op Air Force One een marine-commandant sterft besluiten de agenten van NCIS het onderzoek in eigen handen te nemen. Maar schakelen ook de hulp in van een Secret Service Agent. Het NCIS-team moet uitzoeken of de dood van de marine officier een natuurlijk dood was of dat het een moord was.

Het lichaam van een marine-commandant spoelt aan op de kust samen met twee lichamen van drugskoeriers. Gibbs weigert te geloven dat de marine-commandant erbij betrokken zou zijn.

Een marine-luitenant die al tien jaar wordt vermist, is gemummificeerd gevonden door een jager. Het NCIS-team start onmiddellijk een onderzoek om duidelijkheid te krijgen over zijn dood en het kapitaal dat hij bezat.

Het NCIS-team is onderweg naar Cuba en onderzoekt een moord, waarbij een tolk van de marine in verband wordt gebracht met smokkelpraktijken in een gevangenis.

Een vrouw wordt levend begraven, maar weet zichzelf te bevrijden. Ze lijdt aan geheugenverlies, maar herinnert zich nog wel dat er een bom aan boord is op een marineschip.

Een terrorist houdt Ducky, Gerald en Kate gegijzeld, terwijl het NCIS-team onderzoekt hoe de terrorist het terrein van de marine is opgekomen.

Een terrorist heeft het plan om een aanslag op de president te plegen. Gibbs en zijn team moeten de identiteit van de terrorist zien te achterhalen en Kate vinden die door de terrorist is ontvoerd.

Het team krijgt een rare melding van een telemarketeer, die een stervende hulpofficier aan de telefoon dacht te hebben. Het team komt er al snel achter dat het om een flauwe grap ging. De hulpofficier wordt kort daarna echter toch dood aangetroffen.

Als Tony een mysterieuze brief opent omdat hij denkt dat deze voor hem is, komt er een wit poeder vrij dat een dodelijk virus bevat. Kate schiet hem te hulp en beiden moeten vervolgens geïsoleerd worden van de buitenwereld. McGee en Gibbs onderzoeken wie de afzender van de brief is, terwijl Tony's gezondheid snel achteruit gaat.

Het team is ontdaan door de terroristische aanslag en de impact op het team is groot. Toch moeten ze alles op alles zetten om de terrorist Ari te stoppen voordat hij nog meer schade aanricht. Ondertussen hoort Gibbs dat een oude geliefde zijn nieuwe baas wordt.

Gibbs is nog steeds ontdaan over de dood van Kate, maar is nog meer gekwetst als Ducky ontvoerd wordt door de terrorist Ari. Hij is nu vastberaden een einde te maken aan de terreur van Ari.

Gibbs raakt ernstig gewond tijdens een explosie. In het ziekenhuis komt zijn pijnlijke verleden weer boven drijven.

Gibbs herstelt nog steeds van de explosie en krijgt te maken met geheugenverlies.

Ziva is per ongeluk getuige van een politieke aanslag en de FBI wil haar arresteren. Ze ontsnapt en het NCIS-team gaat op zoek naar bewijs voor Ziva's onschuld. De situatie wordt echter steeds ingewikkelder en Ziva zoekt hulp bij de enige persoon die ze echt vertrouwt: Gibbs.

De leden van het team moeten een leugendetectortest doen. Gibbs ontdekt dat ze achter Jenny aanzitten, en ontdekt dat La Grenouille misschien de orders voor de test heeft gegeven. Intussen houdt een drugsdealer Tony en zijn vriendin Jeanne gegijzeld.