Danielle Rousseau, la donna che ha registrato il messaggio di soccorso in francese, fa prigioniero Sayid. Si scopre che faceva parte di una gruppo di scienziati anch'essi naufragati sull'isola diversi anni prima. Hurley ha un'idea bizzarra per rendere meno tediosa la permanenza coatta sull'isola: costruire un campo per giocare a golf.

Claire assiste al rapimento suo figlio appena nato. Sembra tutto vero ma il fatto si rivela un bruttissimo sogno. Quando si sveglia inizia a ricordare le vicende che l'hanno portata a prendere quel maledetto volo poi precipitato sull'isola. Mentre si fa una conta dei passeggeri rimasti in vita, ci si accorge che Ethan Rom non risulta in nessuna lista.

Charlie e Claire vengono rapiti. Tutti gli altri credono sia opera di Ethan Rom. Si organizzano due squadre per andare in soccorso dei rapiti. Boone e Locke si imbattono in un altro dei misteri che nasconde l'isola. Sayid, ricongiunto con il gruppo, lo avverte di aver scoperto la donna dietro al messaggio in francese.

Finalmente Claire torna tra gli altri ma non ricorda nulla, a causa di una grave amnesia parziale. A questo punto Jack, Locke, Sayid, Sawyer e Kate si mettono a lavorare su un progetto per difendersi da Ethan che intanto ha minacciato di uccidere tutti, uno al giorno, qualora non gli venga riconsegnata Claire.

Claire torna con Kate e Danielle Rousseau nel luogo in cui è stata rapita. Jack e Locke non rivelano al resto del gruppo l'esistenza di un prigioniero. Mr. Eko ha una richiesta: parlare con Benjamin Linus.

Jack, Kate e Sawyer si ritrovano in un posto sconosciuto che si scoprirà appartenere agli Altri e che verrà poi identificato come la Stazione Idra: Jack e Sawyer tentano invano la fuga mentre Kate fa un’interessante chiacchierata con l’uomo che si faceva chiamare Henry Gale, Ben Linus.

La libertà di Kate e Sawyer è nelle mani di Jack, così come la vita di Ben. Juliet ricorda quando lavorava a Miami come ricercatrice medica, le sue scoperte di successo nel campo del trattamento della gravidanza e di quando fu invitata a Portland da un team di ricerca.

Nikki e Paulo apparentemente muoiono e gli altri naufraghi cercano di ricostruire l'accaduto. Nel corso della ricerca si scopre qualcosa sul rapimento di Sun. Alcuni flashback mostrano la vita di Nikki e Paulo prima dell'incidente aereo.

Quando Jack torna al campo con Juliet il gruppo sembra non apprezzare la presenza di quella che è a tutti gli effetti una degli 'Altri'. Attraverso i flashback si vede il modo in cui questa è arrivata sull'isola e quello che ha fatto negli ultimi 3 anni. A Juliet capita la possibilità di dimostrarsi amica del gruppo di superstiti quando Claire, si ritrova colpita da una malattia.

Alcuni dei Sei della Oceanic si trovano alle prese con il bisogno di ritornare sull'isola...ma alle loro condizioni!

Kate si ritrova in fuga mentre Jack deve fare qualcosa che potrebbe mettere in pericolo la vita di un amico.