貨物船から島に上陸した人々の目的は、本当に生存者たちを救助することなのか？彼らを敵とみなすロックと、救助隊だと信じるジャックは衝突し、生存者たちは2人をリーダーとするそれぞれのグループに割れ、バラックと海岸へと別れて行く。未来の様子を描いたフラッシュフォワードでは、死んだはずのチャーリーの姿を見続けるハーリーが、車の事故を起こし、自ら病院の精神科への入院する。

行方不明となっていたオーシャニック航空815便の期待の一部が、海底から発見されたという衝撃的なニュースが全世界を駆け巡る。島ではジャックたちが、救助に来たと話すファラデーには、別の目的があるのではと疑い始める。ロックは島に上陸した救助隊の1人であるシャーロットの身柄を拘束し、ジャックとケイトは残りの救助隊のメンバーの行方を追う。フラッシュバックでは、貨物船から島に上陸した4人のこれまでの経緯が語られる。

キャビンの場所が分からなくなってしまったロックらは、やむを得ずジャングルの中でキャンプすることに。一方、黒煙の固まりに襲われた仲間を船に運び込んだキーミーは、船にスパイがいることを察知。初めはゴールドに疑いの目を向けるのだが・・・。

島に残された人々を助けるためにオーキッドで凍りついた歯車を動かしたロック。次に目が覚めると、そこはチュニジアの砂漠の真ん中だった。負傷して倒れていたロックを助けたのは、チャールズ・ウィドモアとマシュー・アバドンという名の男だった。ロックは彼らの援助のもと、ある任務を任される。それは、帰国から3年経ったオーシャニック6のメンバー全員を捜し出し、一人ひとりを説得して、全員を島に連れ戻すというものだった。