בון נקלע לסכנת טביעה וג'ק מסייע לו ולאישה נוספת הזקוקה לעזרה. המים נגנבים וג'ון לוק מחליט לצאת לחפש מקור מים חדש בג'ונגל. בדרך הוא מגלה שג'ק נופל מצוק ונחלץ לעזרתו. גנב המים נחשף...

צ'ארלי מנסה להיגמל מההתמכרות שלו ונעזר בג'ון לוק. סעיד מנסה להבין את פשר השדר בצרפתית, בתקווה שיסייע להיחלץ מהאי. ג'ק נקלע לסכנה באחת המערות.

לאחר העינוי, סעיד יוצא לסיבוב סביב האי ונשבה בידי אישה מסתורית. הארלי בונה מסלול גולף כדי לעזור לשאר הניצולים להתמודד עם החוויה הטראומטית.

קלייר חווה סיוטים בשנתה וחושדת שמישהו מנסה לפגוע בתינוקה. הארלי מכין רשימה של הניצולים ומשווה אותה לרשימת נוסעי המטוס המקורית, ומגלה שאחד הניצולים לא מופיע בה.

לאחר שמגלים שאית'ן לא היה בין נוסעי המטוס, הניצולים בראשות ג'ק מחפשים אחר קלייר וצ'ארלי הנעדרים, מחשש לגורלם. לוק ובון מחפשים בג'ונגל ונתקלים בברזל מרובע על פני הקרקע.

בון הופך קנאי יותר ויותר בנוגע ליחסים המתחזקים של שאנון עם סעיד, ולוק מנסה לעזור לו להתגבר על כך. הארלי מנסה להשיג אוכל וג'ון לוק ובון ממשיכים לחפור פתח סביב הצוהר.

השמחה משובה של קלייר לאי נגמרת לאחר שהניצולים מבינים שהיא סובלת מאובדן זיכרון. אית'ן חוזר למחנה הניצולים ומציב דרישה לשאר הניצולים. הניצולים מחליטים להציב משמרות הגנה סביב המחנה.

הרפסודה של מייקל עולה באש ולאחר שהוא רואה את ידיו החרוכות של ג'ין, העימות בינהם מחריף לכדי אלימות. בון מתחיל להפריע ליחסים בין שאנון לסעיד.

לוק חולם חלום מוזר ויוצא עם בון למצוא את המטוס הקל שהתרסק, בתקווה למציאת רמז נוסף לפתיחת הצוהר. סוייר סובל מכאבי ראש מוזרים וג'ק עוזר לו להירפא מהם.

שאנון מחליטה לקחת את החוק לידיים והולכת אחרי לוק, אותו היא תוקפת ומאשימה בטרגדיה שקרתה על האי. סעיד ולוק נכנסים למעמקי הג'ונגל כדי שלוק ינסה להוכיח את חפותו.

רוסו מגיעה לחוף ומזהירה את כולם מסכנת "האחרים" המתקרבת. ג'ק וקבוצה של ניצולים יוצאים לכיוון הסלע השחור, שם יש דינמיט שיכול לעזור בפיצוץ דלת הצוהר. גם הרפסודה מוכנה בינתיים לשילוח.

הניצולים על הרפסודה נתקלים בסכנה בלתי צפויה. שאר הניצולים על האי מנסים לפוצץ את דלת הצוהר. הפלאשבקים מראים את הרגעים האחרונים של הניצולים לפני עלייתם לטיסה הגורלית. הניצולים שנשארו על האי ממשיכים לנסות לפוצץ את הצוהר, אך הדבר מסובך יותר ממה שחשבו.

בפתח העונה השנייה, אחד הניצולים נבחר לבדוק את הצוהר המיסתורי. שאנון מזדעזעת, כשבעמקי הג'ונגל מתגלה בפניה דמות מוכרת מן העבר.

לוק, ג'ק וקייט מגלים עובדות חדשות על הצוהר המסתורי. במקביל, לאחר שהוכו ונלקחו בשבי, מנסים סוייר, ג'ין ומייקל לעמוד על טיבם של שוביהם. האם הם, כמותם בדיוק, מנסים לשרוד באי, או שמא מדובר ב-"אחרים"?

מייקל יוצא לבדו אל הג'ונגל, נחוש בדעתו למצוא את וולט, אך מגלה שהוא לא באמת לבד. על האי, סאן מחפשת בטירוף את טבעת הנישואין האבודה שלה, מה שמוביל לפלאשבק אל עברה הרחוק ואל סיפור היכרותה עם ג'ין.

מה אירע לשורדים מזנב המטוס עד שפגשו ביתר הניצולים? פלאשבק אל יום ההתרסקות. השורדים נאלצים להגן על חייהם מפני תקיפות חוזרות של גורמים מסתוריים על האי, ואנה לוסיה הופכת באופן טבעי למנהיגת הקבוצה.

קייט הטרוטה מחוסר שינה שומרת על סוייר הקודח. היא בטוחה שנטרפה עליה דעתה כשהיא רואה סוס שחור שכבר ראתה בעבר, ובנוסף שומעת את אביה מדבר מגופו של סוייר. מר אקו מפתיע את לוק בפרט מעניין אודות הצוהר.

ג'ק, לוק וסוייר יוצאים בעקבותיו של מייקל, לאחר שמתברר כי יצא לחפש את בנו כשהוא חמוש ברובה ציד. בדרכם הם נתקלים ב-"אחרים". במקביל, מתגלים פרטים נוספים מעברו של ג'ק.

סן נפצעת במהלך ניסיון חטיפה, והניצולים חושבים שה"אחרים" הם האחראים לכך. סוייר וקייט חושדים כי מדובר בתכנית גדולה יותר. במקביל, סוייר מתבונן משועשע במתח ההולך ומחריף בין ג'ון, קיית', לוק, ואנה לוסיה.

בעקבות מחלתו של אהרון, קלייר נחושה לגלות מה עבר עליה בזמן ששהתה בשבי בידי "האחרים". ניסיונותיה מובילים לפלאשבקים לאירועים שחוותה. במקביל, מר אקו מגלה עניין בשבוי, ומבקש מג'ק ולוק לאפשר לו פגישה עמו.

סוייר, הארלי וקייט משחקים פוקר, וג'ק מצטרף ומפגין ידע מרשים במשחק. לוק נלכד בתחנת הברבור, ונאלץ לסמוך על עזרת האסיר הלא סימפטי שמטפל בפצעיו, עד שמשלחת החיפוש נכנסת אל הצוהר.

ברנרד מנסה לשכנע את הניצולים לייצר מבנה שיהווה "אות מצוקה", ויגדיל את הסיכוי להצלתם. רוז מתנגדת בטענה שהוא נוטע בהם תקוות שווא. במקביל ג'ק וקייט יוצאים יחד לאזור של ה"אחרים", במטרה לבצע עמם עסקת חליפין.

מר אקו מנסה לגייס את לוק לעזרה בחיפושיו אחר מפה שראה בחלומו, שלדעתו מהווה פתח להבנת האי. במקביל, ג'ק, סוייר וקייט מנסים להתמודד עם המצב הנוראי השורר בצוהר, בעקבות ההתרחשויות הדרמטיות שאירעו בו.

מייקל מוביל את חבריו לעבר מחנה "האחרים". ג'ק וסעיד מחליטים לתקוף את העניין מכיוון אחר. במקביל, אקו ולוק רבים בעקבות נחישותו של לוק לבדוק מה יקרה כשהשעון בברבור באמת יגיע ל-0.

פרק אחרון לעונה. מייקל מוביל את חבריו לעבר מחנה "האחרים". ג'ק וסעיד מחליטים לתקוף את העניין מכיוון אחר. במקביל, אקו ולוק רבים בעקבות החלטתו של לוק לבדוק מה יקרה כשהשעון בברבור יגיע ל-0.