Met de ontvoering van Walt vers in gedachte, hun vlot vernietigd, en Jin die ontbreekt, vechten Michael en Sawyer voor hun leven in de oceaan. Ondertussen moet Locke afdalen in het luik als Kate binnen vermist blijkt te zijn. Jack volgt niet veel later. Ten slotte zien we in een flashback meer van de moeilijke relatie van Michael met zijn ex-geliefde Susan en hun baby Walt. Ze vechten om de voogdij van Walt en Michael moet hem uiteindelijk laten gaan.

Hurley worstelt met een toegewezen taak binnen het luik. Ondertussen komen Sawyer, Michael en Jin achter de identiteit van hun ontvoerders op het eiland. Claire ontdekt een verrassend stukje informatie over het vlot.

Michael vertrekt naar de jungle, vastberaden om Walt terug te vinden. Al snel ontdekt hij dat hij niet alleen is. Ondertussen worden Sawyer en Jin bevolen om de ontvoerders mee te nemen naar hun kamp. Sun is op zoek naar haar vermiste trouwring.

Sawyer's wond begint levensbedreigende vormen aan te nemen. Hij is samen met Michael en Jin op weg naar hun eigen kamp. Ondertussen wordt Shannon weer achtervolgd door visioenen van Walt.

De eerste 48 dagen van de levens van de andere overlevenden worden vertoond. Flashbacks onthullen het verhaal van Ana-Lucia, Mr Eko, Bernard, Libby en andere overlevenden nadat ze zijn neergestort aan de andere kant van het eiland. Als ze besluiten het eiland in te gaan trekken om te proberen The Others een stap voor te blijven, beseffen ze dat er iemand onder hen is die niet op vlucht 815 zat.

Geweld barst los als Ana Lucia en haar groep tegen Sayid en de andere schipbreukelingen op het eiland aanlopen. Ana Lucia houdt Sayid gevangen. Kate en Jack houden een oogje op Sawyer wanneer Mr Eko hem terug brengt naar het kamp. Flashbacks onthullen het onrustige leven van Ana Lucia als agent.

In het vervolg van Kate's flashback, zien we haar oorspronkelijke misdaad. Locke en Eko doen een interessante ontdekking over de film en Michael heeft een mysterieuze ontmoeting met de computer.

Sun komt tot de ontdekking dat ze zwanger zou kunnen zijn. Ze twijfelt erover het aan Jin te vertellen. Ondertussen, nadat pogingen van Jack en Sayid zonder succes bleven, is Ana Lucia gevraagd door Locke om de nieuwe gevangene, Henry Gale, te ondervragen. Ze moet proberen om meer informatie uit hem te krijgen over de luchtballon, waarmee hij en zijn vrouw zogenaamd landde op het eiland.

Rose is verrassend fel tegen het plan van Bernard om een SOS-signaal te maken. Er slaan romantische vonken over tussen Jack en Kate als ze samen de jungle intrekken voor een tocht naar The Others. Locke begint zijn geloof in het eiland te verliezen.

Na weer een verrassende ontdekking, komen Jack en Sayid met een plan om The Others aan te spreken Walt terug te halen. Tegelijkertijd komt er een antwoord op de vraag waar Michael is. Ondertussen vliegen Eko en Locke elkaar in de haren als Locke een potentieel catastrofale beslissing maakt over de knop en het luik. Ten slotte keert Desmond terug. Hij verteld over zijn ervaring op het eiland in de afgelopen drie jaar.

Terwijl Jack een plan bedenkt om voor eens en voor altijd van The Others af te komen, ontdekt Sayid een fout in het systeem. Deze fout kan tot de redding van iedereen leiden. Maar Charlie moet hiervoor een zware en gevaarlijke taak op zich nemen. Eentje die Desmond's voorspelling uit kan laten komen.

De overlevenden bereiden zich voor op een invasie van The Others. Charlie en Desmond ontdekken de betekenis van het glazen luik.

Ze dachten dat ze de vijand hadden ontmoet. Ze dachten dat ze het kwaad hadden gezien. Maar ze hadden het mis. Aan het begin van het nieuwe seizoen, hebben de overlevenden het gevoel dat de redding nabij is. Ze weten echter niet of ze de boodschap van Charlie kunnen geloven. Onwaarschijnlijke vriendschappen worden gesloten en vrienden worden vijanden. Niets is wat het lijkt. Wie kan er worden vertrouwd, en hoe realistisch is de redding?

Juliet is gedwongen om een aantal zaken te vertellen aan Jin, wanneer Sun dreigt te verhuizen naar het kamp van Locke. Ondertussen krijgen Sayid en Desmond een idee nadat ze hebben gesproken met de kapitein van het schip.

Jack probeert de identiteit te achterhalen van een lichaam dat is aangespoeld. Ondertussen wordt Locke's kamp aangevallen door Ben zijn troepen.

Kate en Juliet moeten samenwerken wanneer Jack's gezondheid ernstig in gevaar komt. Er gaat iets mis wanneer Sawyer, Claire, Aaron en Miles vanaf Locke's kamp terug naar het strand trekken.

De overgebleven eilandbewoners beginnen de gevolgen te voelen van het verplaatsen van het eiland. Jack en Ben beginnen hun missie om de Oceanic 6 te herenigen op het eiland. Hier moeten ze samen met het lichaam van Locke samenkomen om hun medeschipbreukelingen te redden.

Hurley en Sayid zijn op de vlucht voor de politie nadat er problemen zijn geweest bij de safe house. De eilandbewoners komen onder vuur te liggen door onbekende krachten. Een oude vriend geeft een schokkend advies aan Kate om ervoor te zorgen dat een oude leugen geheim blijft.

Jacks beslissing om zijn plan met betrekking tot het eiland in uitvoering te brengen, stuit op sterke weerstand bij mensen die dicht bij hem staan. Locke wijst Ben een moeilijke taak toe.

Jacks beslissing om zijn plan met betrekking tot het eiland in uitvoering te brengen, stuit op sterke weerstand bij mensen die dicht bij hem staan. Locke wijst Ben een moeilijke taak toe.

Een parallel universum, waarin de crash nooit heeft plaatsgevonden, wordt onthuld als gevolg van de explosie. Sawyer verwijt Jack het verlies van Juliet en de ware identiteit van het monster wordt onthuld.