Le 9e jour, Sayid ne sait pas qui l'a attaqué. Le frère de Shannon, Boone, fouille dans les affaires de Sawyer alors ce dernier lui casse la figure. Boone y cherchait les médicaments de sa sœur, asthmatique, et il suspecte Sawyer car ce dernier a son livre. Sawyer refuse de rendre les inhalateurs alors que Shannon a des crises, et il se bagarre avec Jack. Sayid se porte volontaire pour torturer Sawyer (il en a l’expérience depuis l'Irak). Sun parvient à soigner Shannon grâce à des plantes. Le soir, Charlie convainc Claire de se transférer du camp de la plage vers les grottes et Sayid décide de quitter la plage.

Résumé du flashback

Sawyer a dans l'intention d'escroquer un couple mais change d'avis au dernier moment lorsqu'il voit leur fils.

Le 32e jour, Michael et Jin ont un accrochage à propos de Sun. Sawyer décide qu’il partira avec Michael. La 32e nuit, le radeau de Michael part en flammes, et tout le monde suspecte Jin. Le 33e jour, Sayid et Shannon se rapprochent. Sawyer capture Jin et Michael le tabasse, jusqu'à ce que Sun, puis Locke, n’intervienne. Sun révèle qu’elle parle anglais, Locke affirme qu’il y a d'autres occupants dans la jungle, et que ce sont eux qui ont brûlé le radeau. La 33e nuit, Locke apprend que c'est Walt qui a brûlé le radeau. Le 34e jour, Jin et Michael font la paix, Shannon a passé la nuit avec Sayid. L'épisode se finit par la séparation de Sun et Jin sous une musique mélancolique de Damien Rice (Delicate).

Résumé du flashback

Après son mariage avec Sun, Jin devient un « homme de main » du père de Sun. Après être allé voir son propre père, il décide de changer de vie en allant à Los Angeles afin de sauver son mariage.

Le 43e jour, le radeau va bientôt partir, il le faut car la mousson approche. Kate veut une place sur le radeau. Locke et Sayid montrent la structure à Jack et veut tout comme Locke, essayer de l'ouvrir. Michael a une crise de coliques, et Jack suspecte qu’il ait été empoisonné, pour qu'on lui prenne sa place. Il s'agit en fait de Sun, qui a voulu empêcher Jin de partir. À la fin de l'épisode, Walt révèle à son père que c'est lui qui a mis le feu au premier radeau.

Résumé du flashback

Kate veut rendre visite à sa mère à l'hôpital, mais sa chambre est gardée par un policier. Elle retrouve son ami d'enfance, Tom Brennan, et part avec lui déterrer une « capsule témoin » contenant notamment un avion en plastique (celui pour lequel elle a braqué une banque et qu'elle a retrouvé sur l'île dans la valise du marshal). Tom travaillant à l'hôpital, il aide Kate à parler à sa mère mais celle-ci crie à l'aide et Kate s'enfuit. Dans sa fuite, Tom la suit mais se fait tuer.

Jack décide de ne pas opérer Ben et le laisser mourir. Kate, de son côté, craint que Pickett, toujours en colère que l'un des leurs ait tué son épouse, ne s'en prenne à Sawyer histoire d'être quitte... Locke préfère enterrer Mr Eko dans la jungle, pour éviter au reste du groupe la souffrance d'un nouvel enterrement...

Sous les traits de Locke, "l'homme en noir" commence à recruter des personnes. Il échoue avec Richard mais parvient à convaincre Sawyer de le suivre. Pour ce faire, il lui promet de lui révéler pourquoi lui et les autres passagers du vol 815 se trouvent sur l'île. Un jeune garçon étrange apparaît à "l'homme en noir" pour le rappeler à l'ordre. Arrivé dans une grotte, Sawyer apprend qu'il est un candidat. "L'homme en noir" le convainc de laisser l'île à son sort et de partir. Ilana, Ben, Sun et Lapidus décident de partir pour le Temple après avoir enterré le vrai Locke. A Los Angeles, Locke est en fauteuil roulant et vit avec Helen. Il fait la connaissance de Rose et d'Hugo et apprend à accepter son handicap. Après avoir été licencié, il est engagé comme professeur remplaçant dans un lycée où Benjamin Linus enseigne l'histoire.

Richard affirme aux personnes situées sur la plage qu'il ne peut rien pour eux. Ils sont tous morts et l'île est, en fait, l'Enfer... Au 19ème siècle, Richard est un agriculteur dont la femme, Isabella, est décédée et qui est condamné à mort pour meurtre. Racheté par un marchand d'esclaves, il part pour le Nouveau Monde, enchaîné dans la cale du Black Rock. Pris dans une tempête, ils échouent sur l'île.

Une naufragée échoue sur l’île avant d’être recueillie par une mystérieuse femme qui l’aide à accoucher de deux bébés… avant de la tuer. Celle-ci les élève. L'un est un enfant obéissant et résigné, l’autre est révolté et désireux d’aller au-delà des mers même si leur mère prétend qu’il n’existe rien en dehors de l’île. Mais les enfants rencontrent bientôt des hommes sur l’île. Leur mère leur défend de les approcher car ils sont violents.