비행기 추락 사고로 어느 낯선 곳에 떨어진 잭은 다친 사람들을 도와 이리저리 바삐 움직이고, 케이트의 도움으로 자신의 상처를 꿰맨다. 잭과 케이트 외에도 쉐넌과 분, 마이클과 월트, 로크, 헐리와 클레어, 진과 선 등 많은 사람들이 생존해 있다. 잭과 케이트, 찰리는 무선 통신기로 구조 신호를 보내기 위해 비행기 조정석이 떨어진 곳으로 떠난다.

무선 통신기는 작동되지 않고, 소이어와 사이드는 추락 사고의 원인을 제공했다며 서로 싸운다. 잭이 파편을 맞은 사람을 구하는 동안 소이어와 사이드, 분과 쉐넌, 케이트, 찰리 일행은 산으로 올라가고, 가는 도중 북극곰을 만나자 소이어가 갖고 있던 총으로 쏘아 죽인다.

해치 안에 들어갔던 로크와 케이트는 누군가에게 생포 당한다. 한편 마이클 일행은 정체 모를 사람들에게 월트를 빼앗기고 뗏목의 파편을 타고 표류하는 신세가 된다.

해치의 식량을 책임지게 된 헐리는 찰리가 해치에 대해 아무리 물어도 잭의 요청대로 아무 말도 하지 않는다. 하지만 로크가 찰리에게 해치에 대해서 이야기해 주면서, 찰리의 원망을 사게 된다.

선은 결혼반지가 없어진 걸 알고 캠프의 이곳 저곳 반지를 찾아 헤맨다. 한편 아나 루시아 일행은 소이어와 마이클, 진을 앞세워 그들이 있던 캠프를 찾아가기로 결정한다.

사이드와 낭만적인 한때를 보내던 쉐넌은 또 다시 물에 흠뻑 젖은 월트를 목격하지만 사이드는 믿어 주지 않는다. 쉐넌은 자신을 믿어 주지 않는 사이드에게 실망하고 혼자 월트를 찾아 정글 속으로 나서는데...

비행기가 추락할 때, 꼬리 부분의 탑승자들 가운데 수많은 사람들이 목숨을 잃는다. 이 때 아나 루시아와 에코가 나서서 사람들을 돕는다. 그런데 한밤 중에 생존자 중 세 사람이 감쪽같이 사라지는 사건이 발생한다.

벤을 살해하려했다는 혐의를 받게된 줄리엣은 원래 잭이 갇혀 있던 방에 감금되고, 잭은 소이어와 케이트가 갇혀 있던 우리로 옮겨진다. 동료 살해라는 중죄를 저질렀기 때문에 줄리엣은 처형당할 위기에 처하지만, 벤의 수술 부위가 감염되어 위급하게 되자 잭은 이를 이용하여 줄리엣의 처형을 중지시킨다.

벤은 섬의 일원이 되고자 하는 사람은 서약에 해당하는 행동을 보여줘야 한다면서, 아버지 쿠퍼를 죽이라고 한다. 하지만 결국 로크는 아버지를 죽이지 못 하고 소이어를 끌어들이는데, 알고보니 소이어와 쿠퍼도 깊은 원한이 있는 관계였다. 한편 시간이 지나면서 나오미의 입에서 나온 뜻밖의 사실에 대해 아는 사람이 하나씩 둘씩 늘어간다.

줄리엣이 폭탄을 터뜨린 줄 모르는 잭, 소이어, 케이트. 눈을 떠 보니 다시 현재로 돌아와 있는데 그렇게 고생한 보람도 없이 백조 해치는 이미 지어졌다가 데스몬드가 폭파시킨 그대로다. 그런데 폭파된 해치 저 아래에서 죽은 줄 알았던 줄리엣의 목소리가 들린다.

사이드를 살릴 방법이 있다는 헐리의 말에 따라 소이어와 마일스를 제외한 나머지는 모두 사원으로 향하는데 사원으로 통한다는 동굴을 지나면서 '그들'에게 습격을 당해 잡히고 만다. 어쨌든 결국은 사원에 도착하는데 그들의 지도자로 보이는 일본인은 사이드를 사원 안의 어떤 샘으로 데리고 가서 익사시킨다.

사이드는 자신을 죽이려 하는 도겐을 찾아가 담판을 지으려 하고.. 도겐은 사이드는 죽는 게 낫다며 차라리 떠나서 다신 돌아오지 말라고 추방령을 내린다. 사이드가 떠나려는 순간, 로크의 지시를 받은 클레어가 나타나고, 도겐은 잭과 헐리를 찾을 수 없자 사이드를 불러 로크를 죽임으로써 사이드가 선한 사람임을 증명해 보이라고 한다.

로크와 행동을 같이 하기로 한 소이어는 진, 케이트, 사이드와도 만나게 된다. 그리고 로크의 지시대로 히드라 섬으로 가 아지라 항공 여객기를 찾는 소이어. 그런데 지독한 냄새와 함께 시체들이 즐비한 곳에서 조이라는 여자를 만난다. 자신이 마지막 생존자라는 조이에게 소이어는 의심을 늦추지 않는다.

결국 다시 만나게 되는 로크 일행과 잭 일행. 로크는 잭에게 단둘이 얘기할 것을 제안하고 잭은 오래 전 이 섬에 처음 왔을 때 봤던 아버지의 망령이 사실은 현재 로크의 모습을 취하고 있는 바로 그 존재임을 알게 된다. 다 같이 보트를 타고 히드라 섬으로 가서 비행기를 타자는 로크. 소이어는 그 말에 따르는 듯하지만 로크를 전혀 믿지 않는다.