在岛上度假的未知子碰上了豪华游艇事故，参与营救其中的受害者。然而，并非所有的患者都是陌生人。

新秘书长天堂义人（北大路欣也饰演）组织改革，“国立高度医疗中心”是加固“东帝大学医院”派系的栋梁，“西京大学医院”在京大派系加固的西栋两外科诊疗部门被废除。“战略综合外科”的统一化开始新的进程。然而，东西的争执仍然存在。减少两派系间隙的进一步增大，而此时机会来了。最接近诺贝尔奖的日本人，知名物理学家风间（又吉直树饰演），他因重病住院，如果他的手术成功将是了不起的功绩，而未知子却对手术提出异议。

“国立高度医疗中心”秘书长的天堂义人（北大路欣也饰演）也敬佩的“日本护士联合会”的会长·三原雅恵（岩下志麻饰演）出现了。曾经为提高护士的地位赢得殊荣，作为“平成版春日局”的医学界有名的她，为什么到中心访问了呢？那，重度宫颈癌患病的孙女三原奈奈子（森彩华饰演）的手术是为了托付什么呢。

身患甲状腺未分化癌的名记者四方宏（松尾贵史饰演）抨击国立高度医疗中心内丑陋的霸权纷争，并立下挑战“为了向国民证明医术的高明，就治好我的癌症”。在第一季中与未知子一起工作的外科医生原守（铃木浩介饰演）也登场了。

讲述院长天堂义人（北大路欣也饰演）表明“战略统和外科部长”一职人选，将在“东帝”的海老名敬（远藤宪一饰演）与“西京”的谈合坂昇（伊武雅刀饰演）之间集中展开争夺。陷入“东西”权力斗争漩涡的未知子在参加患者田中（井上顺饰演）的手术时发生了意想不到的事。

“国立高度医疗中心”总长天堂义人（北大路欣也饰）提出建立国家级新组织“日本医疗产业机构”。而决定该设想能否实现的关键人物厚生劳动大臣却提出秘密请求：近期IT公司社长六甲贵史（金子升饰）住进了该医疗中心，他希望无论六甲社长的检查结果如何，都能让他在医院里住一段时间。未知子被任命为其主治医生。

“东帝”的海老名敬(远藤宪一饰)在斗争中败北，代替离开“西京”的谈合坂升(伊武雅刀饰)前去赴任的是作为“西京刺客”的富士川清志郎(古田新太饰)。此时，有人向未知子提出展开“手术时间竞赛”的较量。身份为西京大附属医院的“秘密武器”富士川清志郎，他与米仓凉子所饰演的大门未知子在不知道彼此身份的情况下，于东京都内的一家俱乐部中相遇，身着华丽服装上演斗舞戏码。

有一天，大门未知子（米仓凉子饰演）在“国立高度医疗中心”内，拾起一本笔记本。那是因原因不明的疾病“肺静脉闭塞症”而住院的小学生八田知弘（小林星兰饰演）和她的母亲八田和美子（堀内敬子饰演）的笔谈笔记本。

菜菜绪出演的超模九重真耶在剧中登场，因在路上看见大门未知子（米仓凉子饰演）穿着和自己一样的衣服，而单方面产生敌意。此后九重真耶因腰椎疾病来到国立高度医疗中心，由未知子诊断。但她无视未知子的问诊申请，而点名要外科副部长加地秀树任主刀医生。两个女人的较量由此开始。

古田新太饰演的外科部长富士川在手术中失态，未知子帮病人进行二次手术，另外还有岸部一德饰演的名医介绍所神原晶与未知子之间因手术报酬发生不和的一幕。

大门未知子将面临自己最重视的，也是她所属的“名医介绍所”所长及恩师晶叔与自己最讨厌的蛭田医生两台手术之间的抉择，大门未知子（米仓凉子饰）为拯救自己的恩师晶（岸部一德饰）的生命而做高难手术。一直以来都以冷静和高超手术技巧闻名的大门未知子在手术室为患有肺癌并向脑补转移、同时并发狭心症恩师做手术时也忍不住落泪。晶（岸部一德饰）情况危急，手术成功率也很低。他不想让自己背负“手术失败”的名声，因此拒绝未知子执刀。但未知子执意要为恩师执刀。