Shizuku Mizutani, jeune fille studieuse, livre des devoirs à Haru Yoshido, génie et délinquant renvoyé temporairement du lycée, avec qui elle noue une amitié inattendue.

Shizuku se comporte bizarrement depuis qu'Haru l'a surprise en l'embrassant, mais elle doit se ressaisir pour se concentrer sur ses études.

Shizuku décide d'ignorer les effets du baiser d'Haru et les sentiments qu'elle ressent. Elle construit un poulailler pour le coq Nagoya avec d'autres élèves.

Shizuku tente de réparer la réputation ternie d'Haru sur le plan social. Le groupe d'amis rentre ensuite de vacances à la montagne et rencontre Yuzan, le frère d'Haru.

Pour Shizuku, le passé d'Haru est un mystère... jusqu'à ce que Yuzan lui parle de leur père qui a chassé son frère de la maison. Haru a une nouvelle admiratrice.

Des sentiments confus s'entrechoquent lorsque Shizuku essaie d'ignorer Haru pour se consacrer à ses études et la timide Chizuru cherche à attirer l'attention d'Haru.

Face au tourbillon d'émotions engendré par sa relation avec Haru, Shizuku essaie de donner la priorité à ses résultats scolaires, mais elle n'arrête pas de penser à lui.

C'est le jour du festival, mais le climat est tendu entre Shizuku et Haru. Même leurs amis pensent qu'il est temps pour eux d'avoir une discussion.

Le passé de chacun est un peu plus dévoilé, Shizuku se penche sur les relations difficiles qu'elle entretient avec sa mère, et Kenji sème la jalousie.

Asako organise une fête surprise pour les vacances, mais Haru n'arrive pas à maîtriser sa jalousie et ses amis voyous gâchent tout.

Bien que Shizuku ait avoué avoir des sentiments pour Haru, Kenji ne cesse de flirter avec elle. Haru décide alors de le confronter et d'apprendre à communiquer.

C'est la fin de l'année. Asako, qui se sent seule, retourne à sa communauté en ligne, mais Shizuku lui tend la main et en fait une véritable amie.

La nouvelle année est synonyme de nouveau départ pour Haru qui montre à tous son vrai visage et raconte à Shizuku une histoire romantique sur une luciole.

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Les personnages de Tonari no Kaibutsu-kun reviennent pour une histoire originale dans un univers parallèle.