Clark Kent llega desde el planeta Krypton durante una lluvia de meteoritos y crece junto a sus padres adoptivos, Jonathan y Martha, en la pequeña localidad de Smallville. Sus mejores amigos y compañeros de clase son Pete Ross, Chloe Sullivan y Lana Lang, una popular animadora que no sabe que Clark está enamorado de ella. Clark hace también amistad con Lex Luthor tras salvarle la vida, pero las cosas se ponen difíciles cuando Jeremy Creek, que ha pasado doce años en coma a causa de la lluvia de meteoros que trajo a Clark a la Tierra, vuelve a la vida con extraños poderes causados por una gran descarga eléctrica.

Clark descubre que Greg Arkin, un estudiante, ha sido atacado por un insecto afectado por radiaciones de kryptonita y está pasando por el ciclo de vida del animal: alimentarse, mutar de piel, reproducirse y morir, con Lana como su presa. El joven Superman tendrá que salvar a Lana sin desvelar que tiene superpoderes.

En contra de la opinión de su padre, Clark entra a formar parte del equipo de fútbol, donde descubrirá que el entrenador Arnold posee unos extraños poderes incendiarios a causa de la kryptonita que utiliza contra todo aquél que pueda evitar que su equipo gane. Mientras, Lex lucha con su padre por hacerse con el control de LuthorCorp.

Clark descubre y empieza a probar su visión de rayos x, siendo primero testigo de cómo su amigo Lex roba un banco y, después, descubriendo a una chica con una interesante habilidad para cambiar de forma que parece que pretende atacar a Lana.

Gracias a Lex, Clark tiene por fin una oportunidad para salir con Lana, pero la velada es interrumpida por Sean Kelvin, un asesino afectado por la kryptonita que sufre una hipotermia permanente y roba el calor de los cuerpos de los demás, y que esta vez tiene a Chloe.

Clark conoce a una mujer, Cassandra Carpenter, que tiene visiones del futuro, y Lex trata de utilizarla para conocer el suyo y para averiguar algo más del secreto de su amigo; mientras, un anciano descubre una fuente de juventud que le transforma en un adolescente y decide vengarse de los descendientes del jurado que hace años le mandó a la cárcel.

Clark tiene que salvar a Pete de una compañera de clase, Jodi Melville, que tras una dieta de vegetales afectados por la krytonita pierde peso mucho más rápido de lo normal y necesita saciar su apetito de la forma que sea. Mientras, Lex se acerca un poco más al secreto de Clark analizando restos del meteorito verde.

Earl Jenkis, antiguo empleado de Luthor Corp's, intenta demostrar que la extraña enfermedad que padece fue producida por los tóxicos que inhaló cuando trabajaba en el Nivel 3 de la fabrica utilizando unos potentes fertilizantes. Como quiera que Luthor niega la existencia del citado Nivel 3, Jenkisse encierra en la fabrica con Clark y sus compañeros como rehenes, circunstancia que el joven Kent aprovechará para descubrir la verdad.

La identidad secreta de Clark está en peligro cuando Sam Phelan, un policía corrupto, le ve usando sus poderes y le obliga a colaborar con él. Cuando Clark le traiciona, no está preparado para las consecuencias que su acción tendrá sobre él y su familia. Mientras, Lex recibe una sugerente oferta de su ex novia.

La obsesión de la adolescente Amy Palmer por Lex llega a ser peligrosa cuando un ataque a la mansión Luthor hace que Clark se enfrente a un enemigo invisible. Por otro lado, Clark está encantado de que Lana busque su compañía después de que, incomprensiblemente, Whitney la alejara de él.

Clark se sorprende cuando un magnate local de los pesticidas, cuyos poderes de persuasión han sido incrementados por la kryptonita, convence a Jonathan de vender sus tierras para construir en ellas una nueva planta. Clark se unirá al ermitaño local, Kyle Tipper, cuyo misterioso pasado guarda la clave del futuro de la ciudad.

Durante una tormenta eléctrica, Clark rescata a su compañero Eric Sumers de ella, pero les alcanza un rayo que transfiere todos los poderes de uno al otro. Al principio, Clark está contento de poder ser por fin un adolescente normal, pero después empieza a preocuparse cuando Eric empieza a utilizar sus nuevos dones para divertirse, poniendo a otros en peligro. Mientras, Lex está seguro de tener las pruebas definitivas de los superpoderes de Clark

Rociando con kriptonita líquida sus cuerpos, tres jóvenes delincuentes consiguen hacerse invisibles y, en ese estado realizar cuantas fechorías deseen.

Lex sufre, cuando regresa a Smallville un antiguo enemigo, las consecuencias de un escándalo de su pasado.

Clark debe resolver el enigma de la misteriosa flor Nicodemus, que tras infectar a los residentes de Smallville removiendo sus inhibiciones -Jonathan se convierte en un teleadicto, Lana intenta seducir a Clark y Pete trata de asesinar a Lex- los hace caer en un coma mortal.

Después de que Martha accidentalmente atropelle a un muchacho con su coche, los Kent lo cuidan hasta que puedan ubicar a sus padres, sin sospechar que el muchacho puede leer las mentes y ha descubierto los pensamientos secretos de Lex , Lana, Jonathan y Martha, lo que pone al secreto de Clark en peligro. Mientras tanto, Lex debe decidir si quiere tomar la oferta de trabajo de su padre para mudarse de nuevo a Metropolis.

Clark debe detener a un joven infectado con kriptonita que busca aliviar el sufrimiento de los ancianos y enfermos convirtiéndolos en cenizas. El padre enfermo de Whitney puede ser su próxima víctima. Mientras tanto, Lex está furioso cuando su padre envía a alguien a revisar los archivos financieros de LuthorCorp y este hombre revela la investigación secreta de Lex hacia Clark y su familia.

Clark ve la elección para presidente de la clase como una oportunidad para ser 'un chico normal', pero cuando sus contrincantes son sistemáticamente atacados por un enjambre de abejas, Clark sospecha que un candidato está eliminado la competencia uno por uno, y él es el próximo en la lista.

Clark se enfrenta a un enemigo inesperado cuando un talentoso estudiante de arte regresa a la escuela después de que un accidente le quitara el uso de sus manos pero le diera el don de la telequinesis; y está buscando venganza contra quien considera responsable. Mientras tanto, Lana se vuelve celosa tras ver a Clark con Chloe, y empieza a cuestionar su relación con Whitney.

Clark y Lana corren contra el tiempo para encontrar a una secuestrada Chloe, después de que una explosión le dé a Lana la habilidad para 'ver' a través de los ojos del secuestrador; y ve a Chloe siendo enterrada viva. Mientras tanto, Lex descubre la evidencia de que una nave espacial aterrizó en Smallville durante la lluvia de meteoritos.

Un masivo tornado acercará la sospecha a la cuidad de Smallville, cuando Clark intente buscar una pieza desaparecida de la nave espacial que le trajo a la tierra. Clark activará con destreza esa pieza estropeada, dándole este hecho las primeras claves para conocer su origen , de donde procede. Mientras tanto Lex vivirá dos experiencias que perturbarán su vida; su padre Lionel cerrará la planta y ordenará a Lex que regrese a Metrópolis, además Lex alquilará un reportero sospechoso para espiar las habilidades suprahumanas y la nave espacial que podría estar escondida en el sótano.

Clark rescata a Lana del tornado, y luego irá en busca de Jonathan y Nixon con la ayuda de Chloe y Pete. El estado de Lionel es severo, por lo cual Lex lo somete a una operación muy peligrosa.

Una ola de calor llega a Smallville, causando que Clark obtenga una nueva habilidad: La Visión de Calor. Lex contrae matrimonio con una hermosa mujer llamada Desiree Atkins (Krista Allen) que apenas conoce, ya que ella tiene el poder de controlar a los hombres mediante una dosis de feromonas mediante un beso. Lana toma una decisión importante con respecto a Whitney.

Por causa de que Pete descubre la nave espacial de Clark perdida entre el maizal, y luego de que el Dr. Hamilton (Joe Morton), ahora afectado por los meteoritos, la robara, Clark se ve obligado a contarle todo su secreto a su amigo. Hamilton busca apoyo del propio Lionel, ya que Lex se niega a ayudarle.

Clark adquiere un anillo, sin darse cuenta de que se trata de un fragmento de kriptonita roja. Pronto empiezan a aflorar los efectos secundarios, convirtiéndose en un hombre arrogante a quien no le importa nada.

Lana conoce a un admirador secreto llamado Byron Moore (Sean Faris), quien oculta algo que lo aleja del día; por eso acude a Clark por ayuda. Martha acepta un trabajo como asistente personal de Lionel.

Clark debe encontrar a un fenómeno con el don que Quitar la juventud de los demás para poder vivir. Los Kent viven con problemas económicos justo cuando William Clark, (George Coe) el padre de Martha llega a complicar las cosas. Mientras tanto, Lana descubre una antigua foto de sugiere que quizás su padre siga vivo.

Rachel Dunleavy llega a Smallville y reclama que Clark Kent es su hijo biológico con Lionel Luthor, por lo tanto el hermano de Lex Luthor y pide una comprobación de ADN. Mientras tanto, Lana Lang visita a Henry tratando de hallar a su padre biológico.

Clark Kent recibe la llamada desesperada de Ryan James, diciéndole que está siendo utilizado en un experimento en un hospital. Clark consigue salvarle pero es acusado por el tutor de Ryan, el doctor Garner, de secuestrar al niño.

Clark avisa a Lana y a Chloe de que no salgan con Ian Randall, pero creen que tiene celos y no comprenden el peligro que corren.

Mientras practica motocross con Pete, Clark se cae en una cueva y se encuentra con Kyla Willowbrook. La chica investiga algunas pinturas antiguas y misteriosas que hay en las paredes de la cueva. Ambos se enamoran de inmediato. Su abuelo y algunos ecologistas luchan contra la construcción de un edificio que destruirá las cuevas. Un lobo amenaza a un constructor y Clark cree que el jefe Indio es un mutante con el poder de transformarse en lobo. Lana recibe los resultados de la prueba de ADN.

Todo parece ir bien en Smallville. Clark y Lana están haciendo progresos y finalmente él tiene el valor suficiente para pedirle que vayan juntos al festival. Todo se complica cuando regresa Whitney, pero no parece el mismo y Clark empieza a investigar.

Lex descubre que su padre le está espiando y contrata a un profesional. Lionel y Martha son tomados como rehenes por unos criminales y cuando abren la caja fuerte, se descubre un gran secreto. La señora Kent descubre que su jefe posee algo importante sobre Clark.

Lionel Luthor es disparado dos veces en la mansión de los Luthor. Cuando encuentran a Jonathan Kent, borracho, con un arma en su mano y una botella de tequila en la otra, se convierte en el principal sospechoso. Todas las pruebas le acusan, pero Clark Kent cree en su inocencia y está dispuesto a demostrar que su padre no le disparó a Lionel.

Durante una fiesta en la cueva subterránea descubierta por Klya, el estudiante Travis muere. Pete Ross es picado por un parásito. Cuando Chloe y Clark acuden a la cueva, Chloe es picada y su comportamiento cambia radicalmente. Cuando Pete le pone una kriptonita roja en el bolsillo a Clark, los tres empiezan a comportarse de forma distinta y hieren los sentimientos de Lana.

Lex Luthor rescate a su hermano Lucas de una situación peligrosa y le trae a Smallville para que le ayude en una disputa comercial con su padre. Sin embargo, Lucas permanece del lado de Lionel. Lex Luthor se queda sin casa y es acogido por Jonathan y su familia, mientras Clark intenta resolver la situación.

Mientras ocultan la nave espacial en el sótano de la granja, Martha Kent aspira unas esporas desconocidas y enferma de inmediato. Es ingresada en el Hospital Central de Smallville bajo el cuidado de la doctora Helen Bryce, y los resultados de sus analíticas de sangre son enviadas al CDC. Los agentes del CDC van a inspeccionar la granja, por lo que Clark y Pete se apresuran en desplazar la nave. Clark inhala las esporas y enferma. Jonathan intenta dar con un tratamiento.

Clark tiene unos sueños extraños con la cueva. Cuando introduce su llave hexagonal en la pared de la cueva, decodifica los símbolos. Pronto entenderá la lengua de su planeta y encontrará un mensaje de su padre biológico.

Clark se pregunta muchas cosas sobre Cyrus, uno de sus compañeros de clase que utiliza rayos térmicos e investiga por su cuenta. Se pregunta si Cyrus proviene de Krypton. Mientras tanto, la doctora Helen Bryce se muda a la mansión de Lex, y se da cuenta de que su llave maestra abre todas las puertas excepto una.

Cuando Lana Lang es atacada por tres clientes bebidos, Clark Kent le defiende y hiere a los hombres. El nuevo Sheriff de Smallville le arresta. Uno de los heridos le denuncia al mentir y decir que sufrió heridas graves. Los Kent tienen que responder por los actos de su hijo y están a punto de perder la granja.

Clark es testigo del robo de un camión cargado de kriptonita. Cuando intenta detenerles, se da cuenta de que no puede con ellos porque son tan fuertes como él. Uno de ellos es un compañero de estudios, Eric.

Lana Lang se encuentra con su antigua amiga Emily Eve Dinsmore, que falleció hace seis años en un accidente, cuando tenía 10 años. El padre de Emily sufre un accidente y Lionel Luthor le visita en el hospital. Lana y Clark se dan cuenta de que Emily es el resultado de un experimento en LuthorCorp relacionado con la clonación acelerada. Mientras tanto, Lex y Helen planean casarse.

Lana Lang intima cada vez más con Clark. El doctor Fredrick Walden recupera la conciencia y repite siempre la misma frase: “el día llegará y él reinará en el mundo”.

Cree que Clark es una amenaza para la humanidad y se escapa de la institución mental, utilizando el enorme poder que ha adquirido, con la intención de matar a Clark.

Clark ha empezado a salir con Lana. Helen Bryce cancela su boda con Lex, pero después se da cuenta de que le quiere y se casan. Jonathan y Martha están entusiasmados al saber que Martha está embarazada. La memoria de Jor-El le habla a Clark, revelándole que debe abandonar Smallville, sus amigos y parientes y cumplir con su destino. Clark decide destruir la nave. La nave explota, causándole un aborto a Martha.

En Metrópolis, tres meses más tarde, influido por la kriptonita roja, Clark se convierte en un criminal. Mientras tanto, Lex Luthor es declarado muerto, pero está vivo en una isla remota. Lana Lang y Jonathan Kent intentarán traer a Clark de vuelta a Smallville.

Lex Luthor regresa a la mansión e invita a la doctora Helen Bryce a una segunda luna de miel. Clark vuelve a la granja, pero Morgan Edge le encuentra y amenaza a su familia. Lana le confiesa su amor pero Clark le rechaza.

Cuando Lana es atacada en una piscina solitaria, por Jake -un compañero obsesionado por ella- resulta herido mortalmente por un francotirador anónimo. Clark investiga su muerte y se da cuenta de que alguien está matando a los que fueron contaminados por la lluvia de meteoritos.

Clark Kent tiene una pesadilla con una chica llamada Sara Conroy, que es perseguida por una criatura llamada El Viajante y duerme treinta y seis horas consecutivas. Cuando se despierta, averigua que Sara Conroy se acaba de mudar con su tío y tutor, Nicholas Conroy, a la casa contigua a la de Lana. Intrigado por la situación, visita a Sara con Lana y observa a la chica, en coma desde hace seis años.

El futuro jefe de Clark en el Daily Planet aparece, Perry White, aunque en esta ocasión sus intenciones no son tan limpias como se esperaría.

Lana Lang visita a un hombre enfermo que ha estado en prisión desde hace más de cuarenta años, acusado de matar a su querida esposa. Él le muestra una fotografía del sospechoso en un periódico antiguo. Se parece mucho a Clark Kent y convence a Lana de su inocencia. Clark Kent, a través de flashbacks, revive el pasado de Jor-El en Smallville y su relación amorosa con la mujer del arrestado. Así es cómo descubre quién cometió el crimen.

Después de ser golpeado en la frente por una bola de nieve que contenía filamentos de meteorito, el adolescente Seth Nelson es sometido a una resonancia magnética, consiguiendo habilidades magnéticas. Él utiliza sus poderes para citarse y manipular a Lana.

Lex Luthor investiga el oscuro pasado de su padre y se encuentra con Morgan Edge, con una nueva cara gracias a la cirugía plástica. Está recogiendo pruebas para enviar a Lionel Luthor a la cárcel. Alguien intenta matar a Lex en la mansión, pero huye a la granja y le pide ayuda a Clark. Lionel Luthor afirma que su hijo está paranoico y que deberían internarlo, pero Clark decide investigar por su cuenta.

Lionel Luthor obliga a la doctora Claire Foster a someter a Lex Luthor a electroshocks para borrar su memoria y olvidar su crimen. Clark intenta salvar a su amigo pero Eric Summers, Van McNulty e Ian Randall planean un ataque y se escapan del asilo.

Clark Kent busca un regalo para su madre en una joyería cuando dos ladrones intentan hacerse con el lugar utilizando el poderoso grito de Nathan Dean. La combinación del grito con las joyas de kriptonica ciegan a Clark. Sin el sentido de la vista, su audición aumenta de forma incontrolable.

Después de preparar un artículo denunciando al Instituto Neurológico Summerholt, Chloe Sullivan es perseguida por la camioneta de Clark, intentando matarla. Él dice haber recibido un correo electrónico poco antes de su acción. Más tarde, Lana también recibe un correo de la misma dirección e intenta matar a Chloe, a quien salva Adam Knight. Al investigar el origen, determinan que procede de Molly Griggs, una antigua paciente del doctor Garner, que utiliza su habilidad para obligar a las personas a matar a través de una sugestión hipnótica en sus correos electrónicos. Clark se muda a Smallville para estar cerca de Lana.

Jordon Cross llega con una nueva habilidad: cuando es tocado por otra persona, inmediatamente ve cómo morirá. Cuando Clark Kent salva al entrenador Altman de su muerte, el futuro de otras personas cambia, incluido el de Lana Lang. Mientras tanto, Chloe averigua que Adam Knight se auto-inyecta.

Al regresar de dejar a Jonathan Kent en el hospital, después de sufrir un infarto, la camioneta de Martha y Clark casi es alcanzada por dos vehículos compitiendo en la carretera. Para sorpresa y decepción de Clark, uno de los conductores es Pete Ross, que se ha hecho amigo de una mala influencia, Jason Dante. Pete no acepta el consejo de Clark y se mete en problemas.

Estando en un ascensor en Luthor Corp con otra chica, Clark se ve obligado a utilizar algunos de sus poderes cuando el cable del ascensor se rompe accidentalmente. Al hacerlo, Alicia Baker es testigo de sus habilidades. Cuando ella les teletransporta fuera del ascensor, compartir un secreto les une y Alicia decide que Clark es para ella y sólo para ella: a toda costa.

Cuando Jonathan Kent pasa una revisión médica en el Hospital de Smallville, el médico le diagnostica una arteria obstruida y recomienda una operación de corazón para instalar un triple bypass. Mientras tanto, el hermano mayor del amigo de Clark necesita un trasplante de hígado, pero no lo resiste y fallece. Su cuerpo será utilizado en un experimento y resucita.

Mientras trabaja como voluntario en el Centro Juvenil de Smallville con Pete Ross, Clark recibe una llamada preocupante de Lana, que ha recibido un tiro de Adam Wright.

En su posterior investigación, Clark se da cuenta de que la llamada procedía del futuro. Mientras tanto, Lionel Luthor cierra el Laboratorio Merton y la investigación de la doctora Lia Teng.

Jonathan es contactado a través de la llave octagonal y Clark le salva de caer del tejado. Cuando regresa a las cuevas para hallar una respuesta a lo que ha sucedido, de repente aparece Lionel Luthor. Ninguno es consciente de que Lionel está siendo investigado por el FBI.

Chloe Sullivan visita a un antiguo amigo de su padre en Luthor Corp para saber si su padre está siendo saboteado, ya que no encuentra trabajo. Tras robar una de las tarjetas de seguridad y forzar la entrada en el laboratorio, accidentalmente resulta expuesta a una especie de gas que hace que las personas le digan la verdad, exponiendo sus secretos más íntimos. Una vez consciente de ello, Chloe decide que ya sabe cómo va a aprovechar esta habilidad.

Lex se apunta a un programa especial para intentar recuperar su memoria. Cuando Clark es informado de ello, intenta convencerle para que no lo haga. Preocupado por Lex, acude a Lionel en busca de ayuda, pero éste le pone una trampa. Cuando Clark es sometido al aparato para recuperar su memoria, recuerda el momento en el que su madre, Lara, preocupada por si le querrían o no, le introduce en la nave que salvará su vida. Clark se da cuenta de que su madre biológica le quería y adquiere una nueva perspectiva de sus verdaderos orígenes.

Lionel Luthor le pide al Profesor Joseph Willoebrook que acuda a las cuevas para enseñarle un objeto antiguo que se ha encontrado recientemente. El profesor acude con un asistente, Jeremiah, que coge el cuchillo de las manos de Lionel. Inmediatamente, Jeremiah se transforma en alguien tan poderoso como Clark y huye de Lionel. Según la profecía, el cuchillo le pertenece y sólo podrá ser destruido por su enemigo más poderoso. Mientras tanto, Lana Lang decide mudarse a París.

Clark Kent decide contarle su secreto a Lana Lang, para intentar evitar que se marche a Paris. Mientras tanto, la peligrosa adolescente Emily Eve Dinsmore (que tenía seis años en – Accelerate – ), ha crecido y sigue obsesionada con Lana. Emily se escapa de la institución mental en la que permanecía recluida, mata al propietario del Talon y secuestra a Lana. Pete es secuestrado y torturado para revelar el secreto de Clark.

Clark Kent se ve sorprendido por Kara, una mujer que dice proceder de Krypton y que le pide que le siga a través de las cuevas. Mientras tanto, decide testificar contra Lionel Luthor para mantenerle en la cárcel y Lana Lang se marcha a Paris.

Tres meses después del último episodio, Lois Lane, la prima de Chloe Sullivan, conduce hacia Smallville para intentar que Clark Kent le ayude a hallar al asesino de Chloe. Después de ser alcanzada por un rayo, pierde el control de su vehículo y se encuentra con Clark, desnudo en un campo de trigo, con amnesia. Ella le lleva al Hospital de Smallville, donde se encuentra a Martha con Jonathan, que está en coma. Martha se lleva a Clark de vuelta a la granja, con la esperanza de que recupere la memoria, sin embargo, Clark está deshumanizado. Mientras tanto, Lana tiene novio en Paris y se lo está pasando muy bien con él.

El misterio que rodea la muerte de Chloe se complica cuando Clark y Lois investigan y descubren que Lex Luthor y el padre de Lois, el General Sam Lane están implicados. Lana regresa a Smallville después de percatarse de que el símbolo que apareció en su espalda en Paris también está en la pared de la cueva. Mientras tanto, Lionel Luthor se prepara para su juicio sobre asesinato.

Sin la aprobación de su padre, Clark se une al equipo de fútbol del colegio e inmediatamente le dan la posición de quaterback, después de que su anterior componente se peleara con el nuevo entrenador. Clark y Lois descubren que están envenenando al grupo con agua que contiene kriptonita, transformando al equipo en “perfectos”.

Los animadores de Smallville High utilizan una poción del amor, con kriptonita para cambiar el comportamiento de sus víctimas.

Clark conoce a un chico cuyo poder de velocidad supera el suyo, pero al joven le falta ser responsable de sus actos. Lex encuentra unos manuscritos que parecen un mapa kriptoniano.

Lionel Luthor, utilizando una de las piedras Kriptonianas, intenta intercambiarse el cuerpo con el de Lex, pero - sin querer – hace una transferencia con Clark, averiguando unos secretos, entre ellos, los poderes de Clark.

Un corredor de apuestas misterioso, con poder de manipulación, mantiene un efecto peligroso sobre Clark y sus amigos.

Clark y Lois preparan una fiesta sorpresa para el 18 cumpleaños de Chloe. Lana recibe un misterioso libro que perteneció a su familiar francesa, Isabelle, que fue quemada como bruja en el año 1600. A través del libro, Isabelle se hace con el cuerpo de Lana y resucita a otras dos brujas en los cuerpos de Chloe y Lois.

Lex es acusado del asesinato de una jóven, Clark se pone a investigar para probar su inocencia recurriendo a Lionel. Lionel jurando que ha cambiado ofrece su ayuda a Clark para llegar al fondo del asunto. Mientras tanto, Lana en uno de sus sueños sobre Isabelle Thoreaux ve a una mujer, que más tarde conocerá en persona y resulta ser la madre de Jason.

Después de una explosión en el laboratorio de LuthorCorp, los residentes en Smallville se infectan con una extraña toxina y viven sus peores pesadillas. Desesperado por encontrar una cura, Clark le hace una transfusión de su sangre a Lex y se queda asombrado al ver lo que hace con el antídoto.

Alicia Baker regresa a la vida de Clark y con la ayuda de la Kriptonita roja, consigue que ambos huyan a Las Vegas para casarse. Mientras tanto, Lana le propone a Jason que se acuesten juntos, en un intento de recuperarle.

Cuando Lana Lang es atacada en su apartamento y Jason Teague en su coche, por una entidad invisible, se cree que ha sido Alicia Baker, e incluso Clark desconfía de su inocencia.

El equipo de fútbol de la Universidad de Metrópolis intenta reclutar a Clark, pero él no está seguro de si debe aceptar, ya que es consciente de que cuenta con una ventaja en el campo. Mientras tanto, Lois se ve implicada en la muerte de un miembro del equipo y es arrestada por asesinato.

Uno de los dos potentes y entrenados perros robots bajo el mando de los hermanos Zack y Josh Greenfield se escapa y es atropellado por el coche de Lois Lane. Lois se trae al animal herido a la granja de los Kent, Clark se percata del secreto del animal y se siente unido a él.

El disco metálico le es devuelto a Clark después de la muerte de Virgil Swann. Al insertar el disco en la cueva, éste revela un mensaje de Jor-El que le dice a Clark que debe encontrar los cristales de Kripton. El mensaje le explica a Clark que si un humano une los cristales, podría destruir la Tierra, por lo que Clark se une a Lana, Lex y Jason para hallar uno de los cristales en China.

La hermana de Lois, Lucy, llega a la granja de los Kent después de escaparse de su internado en Suiza porque debía mucho dinero. Consigue la ayuda de Clark, pero no todo es lo que parece. Mientras, roban en el apartamento de Lana y sólo una cosa desaparece: el cristal del Conocimiento Kriptoniano.

Mientras lleva a cabo un experimento con kriptonita caliente en las instalaciones de Luthorcorp, el laboratorio explota y el lado malvado de Lex Luthor se separa de él. El malvado Lex controla al bueno y lo encierra en una habitación con una máscara de hierro como en la novela de Alejandro Dumas. Su intención es extender el mal entre Lana, Clark, Chloe y Lionel.

El día antes del baile, Dawn Stiles tiene un accidente de coche y se estrella contra un montón de rocas de meteoritos. Su espíritu se separa de su cuerpo, pero rápidamente se percata de que pueda habitar el cuerpo de otras personas. Primero utiliza a Martha Kent, después a Lana, Lois y finalmente a Chloe, que alucina cuando es nombrada del Reina del Baile.

Después de robar el Talón, Kevin Grady es perseguido por Clark. Intentando escapar, Grady borra temporalmente la memoria de Clark y Chloe le ayuda a proteger su secreto y a recuperar su memoria.

En mitad de la noche, en la carretera, una mujer joven acude a maternidad para dar a luz cuando de pronto explosiona. Lana Lang y Clark Kent circulan por la misma carretera y se encuentran con un bebé, en un cráter creado por la explosión. Se llevan al bebé al hospital y la familia de los Kent lo acogen temporalmente. Lana y Clark le ponen el nombre de Evan y, al día siguiente, Evan se convierte en un adolescente.

El último día de Instituto en Smallville, el frustrado fotógrafo del Torch, Brendan Nash, se siente rechazado por las universidades y decide abducir a algunos compañeros para quedarse para siempre con ellos, en una réplica del colegio. Utiliza su poder del Toque Medusa y se lleva a Lana Lang, Chloe Sullivan y a otros compañeros.

Cuando Lana mata a Genevive Teague con uno de los Cristales del Conocimiento Kriptoniano, pone en marcha un evento cósmico que envía meteoritos hacia la Tierra y Smallville. Temiendo que él está unido a estos meteoritos, Clark se marcha a hablar con Jor-El. Jor-El le informa que su única esperanza es la de reunir los cristales del conocimiento en la cueva. Con el tiempo en contra, Clark se desplaza hacia donde se encuentran los otros dos cristales.

Clark comienza a entrenarse en la Fortaleza de la Soledad después de que ésta se formara con la piedra de los 3 elementos. jor-El le advierte que debe acabar su adiestramiento para acabar con la lluvia de meteoritos, pero Clark se va prometiéndole que regresará antes del amanecer. 2 alumnos de Zod llegan a la Tierra para buscar a Kal-El.

Jor-Er le quita los poderes a Clark, convirtiéndole en un humano. Feliz por ser “normal”, Clark intenta continuar su relación con Lana, sin embargo, Jonathan y Martha son retenidos como rehenes por tres individuos y Clark se da cuenta de cuánto necesita a sus poderes.

Gabriel Duncan, trastornado mentalmente, roba un arma nuclear y empieza la cuenta atrás para que un misil impacte sobre Smallville en una hora. Gabriel llama a su amiga Chloe, que se dirige hacia la universidad y le pide que se marche porque va a destruir a toda la población. Mientras tanto, Clark y Lana han dormido en su habitación y, a primera hora, Lana se marcha a hurtadillas de la casa, pero Jonathan y Martha le ven. Cuando Chloe llama a Clark, él simula un accidente de coche con Chloe para que aparezca Gabriel. Cuando Gabriel se encuentra con Clark, dispara a Clark, que aún no tiene poderes y se encuentra gravemente herido.

Clark conoce a Arthur “AC” Curry, un chico joven con una extraordinaria fuerza bajo el agua. AC se encuentra en Smallville deseando sabotear un experimento de LuthorCorp que amenaza la vida marina. Mientras permanece en Smallville, AC siente atracción por Lois.

Lana Lang le cuenta a Clark que se muda a la Universidad de Metrópolis y que ha sido aceptada por la Hermandad de Vampiresas liderada por Buffy Sanders. Mientras tanto, en el Daily Planet, Pauline Kahn le niega un puesto a Chloe Sullivan, pero al final le propone que escriba una buena historia y que pruebe que puede formar parte del equipo de reporteros.

Mientras trabaja en el turno de noche del Daily Planet, Chloe recibe una preocupante llamada de una mujer que afirma estar en peligro.

Chloe y Lois quedan con la mujer, pero un coche le atropella y las dos amigas son testigos del asesinato. Al mismo tiempo, el Senador Jack Jennings visita la granja de sus amigos los Kent, intentando descansar de su campaña para el senado.

En su visita a Lana en Metrópolis, Clark abre un paquete dirigido a Lana, aparentemente enviado por Lex Luthor y resulta infectado por una astilla de un meteorito plateado de kriptonita. Clark sufre alucinaciones y cree que Chloe, Jonathan, Martha, Lana y Lex actúan contra él, por lo que se defiende de sus “enemigos”.

Al regresar a casa con Lois, Martha es alcanzada por una luz seguida de un rayo y contrae una enfermedad kriptoniana letal. Clark sospecha de Jor-El y le pide ayuda al profesor Milton Fine. El profesor le explica que Jor-El fue un dictador en Krypton, que destruyó a su líder Zod y al planeta y que envió a Clark a la Tierra para dominar el mundo. Además, le dice que la única manera de salvar a Martha es destruyendo la Fortaleza de la Soledad. Mientras tanto, Lionel convence a Chloe para que investigue al profesor Milton Fine y averigüe quién es realmente.

En un barrio peligroso de Granville, Kansas, tratando con maleantes para frenar el ascenso de Jonathan Kent al senado, Lex es disparado en dos ocasiones mientras intentan robarle el coche y cae en coma. En su experiencia cercana a la muerte, Lex sueña que es un hombre normal y querido en Smallville, y que sus mejores amigos son Jonathan y Clark. Además, sueña con ser de clase media y estar con una embarazada Lana y su hijo Alexander.

En su campaña hacia el senado, Jonathan contrata a Lois como asesora. Mientras tanto, su oponente, Lex, es visitado por un grupo de fans liderados por una fanática Samantha Drake. Esta mujer amenaza la seguridad de Jonathan.

El agente de policía que sobrevivió al ataque de los Kriptonianos y su novia, irrumpen en la mansión de Lex pidiendo la ubicación de la nave espacial, pero Lex se encierra en la habitación del pánico. Accidentalmente, Clark averigua la asociación de Lana y Lex en su búsqueda de la nave. Lana es secuestrada para obligar a Lex a salir de la habitación. Le disparan pero Lana consigue escapar a la habitación del pánico con él.

Clark le confía su secreto a Lana. Jonathan y Lex son informados de los resultados de las elecciones y en un trágico accidente de coche en la autovía, alguien querido muere, obligando a Clark a pedirle ayuda a Jor-El.

Clark Kent pierde el resto de semestre en la universidad para ayudar a Martha en la granja. Echa de menos a Jonathan y no ha superado la pérdida de su padre adoptivo. Martha le ofrece el reloj de Jonathan a Clark, pero éste lo rechaza. Martha acude a Metrópolis para donar las pertenencias de Jonathan a una misión, pero es asaltada por dos delincuentes. Aunque le rescata un vigilante, uno de los ladrones roba el reloj. Clark se siente culpable con respecto al reloj y visita a Chloe, para tratar de encontrar a los ladrones. Deciden contactar con el Ángel de la Venganza, quien les revela su identidad. Es una compañera de Chloe, Andrea Rojas, que consiguió poderes hace seis meses a raíz de un transplante de corazón de un donante que había sido alcanzado por una lluvia de meteoritos.

Chloe empieza a ver el espíritu de una chica muerta. Por supuesta, nadie le cree, ni siquiera Clark. Cuando encuentra el cuerpo en una pared del Talón, es poseída por el espíritu de la chica y busca a su asesino.

Víctor Stone era un jugador de fútbol de Metrópolis hasta que un accidente de coche le mató, junto con algunos de sus amigos. Todos pensaron que había muerto, pero Víctor fue rescatado por un científico loco que lo convirtió en un ciborg: mitad humano, mitad máquina.

Simone, usa su encanto para seducir a la gente y que cumplan sus deseos. Cuando hipnotiza a Clark con un pendiente azul, arruina su relación con Lana e hipnotiza a Martha y Lex.

Distraída por la ruptura de su relación con Clark, Lana cae en manos de un estudiante de medicina que experimenta con un suero de kriptonita, que permite a las personas permanecer en estado de semi-muerte para ver a sus amados muertos. Lana intenta ver a sus padres utilizando el suero y cuando Clark regresa de Honduras para ayudarle, el médico le inyecta el suero. Clark habla con su padre fallecido, que le advierte que Lionel conoce su secreto.

Clark y Martha acogen a una niña pequeña, Maddie, después de que su madre haya sido apuñalada brutalmente hasta causarle la muerte. Cuando se descubre que Maddie tiene el poder de romper cristales, se convierte en la principal sospechosa. Mientras tanto, Chloe interrumpe a Lex y Lana en una situación comprometida.

Lionel Luthor es secuestrado. Su secuestrador le dejará marchar si sobrevive a unas pruebas que le presentará. Además, secuestra también a Martha Kent. Con el tiempo en contra, Lionel tiene que salvar a Martha y sobrevivir lo suficiente como para que Chloe y Clark les encuentren.

Clark le salva la vida a un chico joven que resulta ser un asesino a sueldo con poderes camaleónicos que le convierten en invisible. Este chico, Graham, quiere concederle a Clark lo que quiera a cambio, incluida la oportunidad de que vuelva con Lana. Para alcanzar su propósito, intenta matar a Lex Luthor.

Jonathan Kent se le aparece a Clark en su cumpleaños y le sorprende aún más cuando le dice que tiene que matar a Lionel Luthor.

Cuando Lex es abducido por Fine, Clark recibe extrañas advertencias de Jor-El diciéndole que tiene que sacrificar el navío. Clark teme que esto signifique que tiene que matar a Lex para que el malvado Zod no pueda escapar de la Zona Fantasma. Para empeorar las cosas, Fine libera el virus en la ciudad de Metrópolis, con consecuencias impactantes…

Con Clark en la Zona Fantasma, una cárcel Kriptoniana creada por Jor-El, Clark se encuentra sin poderes. Mientras tanto, Metrópolis es un caos. Zod sigue controlando el cuerpo de Lex y mantiene a Lana cautiva. Pretende convertir a la Tierra en un planeta parecido a Krypton.

Clark trabaja duro para reparar los daños causados por Zod y desarrolla lo que él cree es su primer resfriado. Sin embargo, pronto descubre que es un nuevo poder: “la super-respiración”. Lana se muda con Lex, quien cree ser perseguido. Pronto se descubre que tenía razón al ser secuestrado.

Todavía sintiéndose culpable por la destrucción que causó mientras fue Zod, Lex organiza un baile de disfraces para recaudar fondos. Mientras tanto, Clark y Chloe persiguen a una criatura que usa cuerpos humanos como ungüento para procrear y la persecución se intensifica cuando la criatura secuestra a Jimmy.

Mientras asiste a un asunto benéfico, Lois es testigo de cómo “La Flecha Verde” roba un colgante con un diamante de Martha y se propone hallar al hombre que hay tras el traje. Clark investiga por su cuenta y averigua quién es la “Flecha Verde”.

Cuando eran adolescentes, Lex y Oliver iban al mismo colegio, donde Oliver y sus amigos acosaban a Lex y a su amigo Duncan. Para ganar su confianza, Lex se puso en contra de Duncan, que terminó tirándose de la azotea.

Lex y Oliver vuelven al colegio a una reunión de antiguos alumnos. Cuando los compañeros de Oliver van muriendo violentamente en accidentes misteriosos, todo apunta a Oliver. Mientras tanto, Clark observa unas fotos de satélite que demuestran que se crearon otros cuatro cráteres el día que escapó de la Zona Fantasma, por lo que cree que no fue el único en escapar.

Clark se preocupa cuando averigua que Raya consiguió escapar de la Zona Fantasma y que ha venido a verle a Smallville. Ambos se sienten unidos y Raya le enseña cómo restaurar el poder en la Fortaleza de la Soledad, sin embargo Baern, un asesino que escapó de la Zona Fantasma, quiere vengarse por su encarcelamiento.

Clark descubre que la Flecha Verde resultó herida mientras intentaba salvar a una pareja, pero Oliver niega que le dispararan. Sin embargo, cuando empieza a comportarse de forma extraña, Clark y Chloe investigan y descubren que está tomando una super droga que hace que su cuerpo se cure a sí mismo, pero con efectos secundarios muy graves.

Mientras tanto, Lana descubre algo impactante que cambia su relación con Lex.

Clark descubre que un Zoner ha aterrizado en Seattle y que absorbe los huesos de las personas. Mientras tanto, un paciente con la habilidad de transformarse en diferentes frecuencias, escapa del laboratorio secreto de LuthorCorp y quiere vengarse de Lex, haciéndole prisionero de otro tiempo espacial, desde el que puede ver y oír a todos, pero nadie le ve.

Un inmigrante ilegal de la granja de Mc Nally le pide ayuda a Clark. Entonces descubre que su vecino mantiene secuestrados a inmigrantes para que trabajen en su campo. Viéndose a sí mismo como un inmigrante ilegal, Clark le pide ayuda a Martha para que un chico y su madre se puedan quedar en el país.

Después de que Lana le confiesa a Chloe que tiene sus dudas con respecto a casarse con Lex debido a sus sentimientos por Clark, la columnista del Daily Planet, Linda Lake, escribe una historia al respecto. Chloe investiga y averigua que tiene la habilidad de convertirse en agua para escuchar conversaciones secretas y escribir sobre ellas en su columna. Mientras tanto, Lois sospecha que Oliver es la Flecha Verde y le pide a Clark que le ayude a probarlo.

La Flecha Verde intenta conseguir refuerzos con Bart Allan, Aquaman, Flash y Ciborg vuelven a Smallville para ayudarle a echar por tierra el laboratorio secreto de LuthorCorp. Durante un asalto al laboratorio, Bart es capturado y torturado por Lex y Clark decide rescatarlo. Desgraciadamente es golpeado por un meteorito. Alarmada, Chloe acude a Oliver en busca de ayuda y se forma la “liga de la justicia” para rescatar a Bart y a Clark.

Clark es atacado y despierta en un asilo mental donde es atendido por el especialista, el Dr. Hudson, que le dice que lleva ahí desde hace cinco años debido a su elaborada fantasía de que tiene poderes extraterrestres. En este nuevo mundo, Martha está casada con Lionel Luthor, Chloe está incapacitada mentalmente y Lana elige a Clark en lugar de a Lex.

Lana le ruega que acceda a los tratamientos del Dr. Hudson para poder estar juntos, pero cuando un paciente anterior, John, le cuenta que el médico es un fantasma, tiene que matarle para volver a la realidad. Clark tiene que tomar la decisión más difícil de su vida.

Después de que Lois utilice la kriptonita roja en su lápiz de labios, se siente fuertemente atraída por Clark. Ambos se besan y ella le transfiere la kriptonita roja, por lo que el malvado Clark emerge rápidamente. Afectado por la piedra roja, Clark decide evitar la boda de Lex y Lana y secuestra a la novia.

Tras recibir una fotografía de sí misma cambiándose en su habitación, Lana se da cuenta de que alguien le está acosando. Mientras tanto, Jimmy termina su relación con Chloe porque, según él, ella no ha superado sus sentimientos hacia Clark.

Chloe encuentra a una persona afectada por la lluvia de meteoritos. El hombre, Tobías, es ciego pero puede descubrir quién tiene poderes. Chloe advierte a Clark del peligro y Lana, temerosa de que Tobías puede descubrir las habilidades de Clark, le promete un transplante de córnea. Sin embargo, no está preparada para la noticia que le dará Tobías.

Clark está preocupado porque Lana se case con Lex y Lana empieza a tener las mismas preocupaciones. El día de la boda, el doctor Langston amenaza con contarle a Lana la verdad sobre su bebé.

Clark y Chloe descubren a Titan, un Zoner y estrella de un club de lucha. Lois cree poder sacar una historia y decide investigar por su cuenta, pero es capturada y obligada a participar en la pelea contra Athena.

Cuando Lex descubre que la madre de Chloe, Moira, tiene el poder de controlar a los que han sido afectados por los meteoritos, decide desarrollar una droga para despertarla de su estado catatónico en el asilo y amenaza con matar a Chloe a menos que utilice su poder para ayudarle. Clark ayuda a Chloe a rescatar a su madre.

Cuando Jodi suelta una bomba en el laboratorio de Lex, Lionel resulta gravemente herido y Lex es secuestrado por ella. Jodi amenaza con explotar el laboratorio con Lex dentro a menos que le diga dónde se encuentra su marido. Clark decide intervenir para salvar a Lex, pero cae afectado por la kriptonita. Lex y Clark se dan cuenta de que si se quieren salvar, tendrán que ayudarse el uno al otro.

Tras una reunión secreta con Lionel, Lana es disparada en el Daily Planet por un francotirador misterioso. Jimmy es dejado inconsciente mientras estudiaba unas fotografías de los años 40 y sueña con que Lana es la mujer fatal que planeaba matar a su marido Lex, Clark trabaja como reportero en el Daily Planet y Lois es una cantante escultural de un bar, propiedad de Lionel. Mientras tanto, en el presente, Clark descubre por qué Lana se casó con Lex.

Lex ha estado intentando convertir a un militar, Wes, que supuestamente murió en Afganistán, en un super-soldado, inyectándole ADN mezclado con restos de meteoritos. Cuando un senador amenaza con contar el secreto, Lex manda a Wes para que lo mate, pero Lois es testigo del ataque y se convierte en el nuevo blanco del super-soldado. Mientras tanto, Clark intenta convencer a Lana de que abandone a Lex.

Cuando Clark descubre que Lionel amenazó a Lana con matarle a menos que ella se casara con Lex, decide ir a por Lionel y terminar con él para siempre. Lana le dice a Lex que le deja.

Clark se enfrenta a Bizarro, el último ocupante de la Zona Fantasma. Durante su enfrentamiento, se rompe una presa y el agua fluye peligrosamente hacia tierra. Lex, acaba de ser arrestado por el asesinato de Lana y se ve sumergido en el coche de policía, sin embargo, es rescatado por una misteriosa mujer joven. Lois consigue poner a Chloe a salvo, pero en el hospital certifican la muerte de su prima.

Clark y Lois descubren la nave de Kara, pero antes de poderla abrir, aparece Kara y deja a Lois sin sentido. Clark se sorprende cuando Kara le informa que ella está ahí para proteger al bebé Kal-El. A pesar de la aparición de Kara, Clark decide que sin Lana, no hay nada que le retenga en Smallville y se marcha a la Fortaleza de la Soledad donde empieza su entrenamiento como superhéroe. Jor-El le dice quién es el padre de Kara y que ella es peligrosa, por lo que Clark se debe quedar en Smallville para averiguar por qué ella ha venido a la Tierra. Lex averigua algo sorprendente sobre Lana y el proyecto 33.1.

Kara quiere hacer amigos a la desesperada, para encajar en la Tierra, pero Clark le dice que debe pasar desapercibida hasta poder controlar sus poderes. A pesar de sus avisos, cuando averigua sobre un concurso de belleza, Kara se apunta. Entonces llegan tres seres dispuestos a robar un mapa del tesoro.

Chloe averigua que un medico, el doctor Curtis Knox, ha estado tratando personas afectadas por los meteoritos, eliminando sus habilidades. Desesperada para que le quiten sus poderes, Chloe se cita con él sin saber que el medico se dedica a matar a sus pacientes y a utilizar sus órganos.

Los residentes de Smallville están acosados por el Ángel de la Guerra, una película basada en un tebeo hecha realidad. Cuando Clark interviene para detener un vehículo, es observado por una testigo que decide que Lana impide que el superhéroe pueda llevar a cabo su verdadero destino y que hay que eliminarla.

Clark averigua que Kara se encuentra en Washington buscando el cristal. Kara es sedada y capturada después de entrar en el laboratorio. Clark llega a tiempo para salvarle, pero también cae víctima del suero que sedó a Kara y ve lo que está viendo Kara: a su madre.

Gracias a un accidente, Lana tiene los poderes de Clark. Clark averigua que Lana los ha estado escondiendo para que él no lo supiera. Lana se comporta de forma diferente con los poderes y su comportamiento molesta a Lex y a Clark.

Clark escucha la voz de su madre biológica, Lara, pidiendo ayuda desde el cristal de Kara y decide liberarla a pesar de las advertencias de Jor-El. Pronto descubrirá que ha sido manipulado, aunque demasiado tarde. Mientras tanto, Chloe y Lex descubren que Lois y Grant se han estado viento y le advierten que se detenga.

Chloe y Jimmy se encuentran atrapados en un ascensor con una bomba y Jimmy no comprende por qué Chloe no utiliza su teléfono para contactar con Clark.

Clark se encuentra tan feliz con su relación con Lana, que le cuenta que se siente como si pudiera volar. Lex trabaja en un negocio nuevo. Hay otro Kriptoniano oculto en la Tierra.

Oliver regresa y consigue que Chloe se una a él en su venganza de Lex, aunque hay un nuevo superhéroe que se pondrá en medio, a pesar de que Lex es uno de los chicos malos.

Aprovechando que Lex ha sido herido de bala, Clark es convencido de que puede hallar el paradero de su prima si entra en la mente de Lex y lo averigua.

Pete Ross vuelve a Smallville y se encuentra varios cambios desde su partida. Además de resolver sus sentimientos hacia Clarke, Pete tiene que apañarse con la adquisición de un nuevo superpoder por haber mascado un chicle de kriptonita. Lex descubre sus poderes y le chantajea.

Lionel secuestra a Clark y lo mantiene en una celda de kriptonita en Luthorcorp. Chloe y Lana se enfrentan a Lionel que hace recaer las sospechas sobre Lex.

Kara decide enseñar a Clark a volar para aumentar sus posibilidades. Sin embargo, Brainiac tiene otra ventaja frente a ellos. Algunos seres queridos de Clark se verán envueltos en su fuego cruzado.

A pesar de las advertencias de su padre, Lex se encuentra en una encrucijada donde se desata una lucha importante de energía… Con consecuencias mortales.

Clark busca a Brainiac, el único que puede revertir la situación de Lana. Chloe intenta aumentar su energía y entrar en los ordenadores del gobierno.

Jor-El le enseña a Clark lo que hubiese sido la vida en la Tierra si él no le hubiese enviado a ella y le hubiera dejado seguir la misma suerte que los habitantes de su planeta.

Lex es atacado por un miembro de Veritas que talla símbolos kriptonianos en el pecho. Es un mensaje para Clark. Clark, fiel a sus principios, no quiere intervenir en el destino de las personas, incluso si la víctima es Lex Luthor.

Clark piensa que Kara se encuentra bajo los efectos de la kriptonita roja cuando descubre que ella es la razón de la explosión del avión donde iba el último miembro de Veritas. Lex consigue averiguar un lugar donde se encuentran las respuestas de Clark: la Fortaleza de la Soledad y conoce el secreto de Clark.