Alors que Lois Lane est en chemin pour Smallville afin d'enquêter sur la mort de sa cousine Chloe, elle tombe sur un Clark reprogrammé en Kal-El... Trois mois après son attaque, Jonathan est toujours dans le coma. Le médecin, pensant qu'il n'y a plus rien à faire pour lui, tente de convaincre Martha de débrancher la machine qui le maintient artificiellement en vie... A Paris, Lana s'est découvert un nouveau petit ami du nom de Jason. Et Lex est sur la trace de mystérieux artefacts...

Clark entend un son douloureux qui l'attire à la prison où est détenu Lionel. Lorsqu'il surprend Lionel essayant de poignarder Lex à l'aide d'une étrange pierre brillante, Clark saisit la pierre provoquant l'échange de leur corps. Comprenant que son nouveau corps possède des supers pouvoirs, Lionel commence aussitôt à provoquer des dégâts à Smallville. Piégé derrière des barreaux sans ses pouvoirs, Clark doit trouver un moyen pour récupérer son corps et ses pouvoirs afin de sauver ses amis et sa famille...