In una piccola città del Kansas, Smallville, una pioggia di meteoriti si abbatte sulle case e sulle strade lasciando dietro di se una scia di morte e distruzione. Durante la catastrofe Lionel Luthor sta cercando di impartire una lezione a suo figlio Lex costringendolo ad affrontare le sue paure, ma quando le meteoriti cominciano a cadere, Lex viene scaraventato via dall'onda d'urto e quando suo padre lo ritrova è privo di sensi e completamente calvo. Nel frattempo il furgone di Martha e Jonathan Kent si ribalta nel tentativo di evitare un meteorite e i due rimangono intrappolati; vengono salvati da un bambino di circa 3 anni, un bambino molto speciale. Anni dopo i due bambini, ormai cresciuti, si ritrovano e il loro incontro è alquanto memorabile. Clark, il ragazzo alieno raccolto dai Kent durante la pioggia di meteoriti, salva la vita a Lex, che con la sua porsche investe Clark a più di 80 km l'ora.

I frammenti di meteoriti sparsi un po' dovunque a Smallville hanno creato una serie di mutazioni in alcuni degli abitanti: uno di questi è Greg, un ragazzo un po' asociale con la passione per gli insetti. Greg ha una cotta per Lana Lang, la ragazza più carina della scuola e cerca di conquistarla grazie ai suoi poteri. Purtroppo Greg non si accontenta di fare la corte a Lana, con la sua abilità di controllare gli insetti, cerca di mettere fuori combattimento tutti quelli che intralciano i suoi piani.

Dopo essere rimasto coinvilto in un incidente, uno studente perde l'uso delle mani, ma in compenso acquisisce il potere della telecinesi e lo usa per vendicarsi del chirurgo che lo ha operato.

Clark si reca a New York per incontrarsi con il Dottor Swann, uno brillante scienziato che ha un messaggio per Clark proveniente dal suo pianeta natio. Lana e Chloe litigano per via di Clark e Lana decide di andare a vivere da sola.

Clark è preso dall'angoscia, cosa fare? rimanere con la sua famiglia e con Lana o smettere di combattere e compiere il suo destino di essere supremo? Lex decide di non voler più avere segreti con Helen e le confessa di aver rubato la fiala dal suo ufficio. Helen, scioccata dalla notizia, va via annullando le nozze. Jor- El continua a tormentare Clark e alla fine lo mette di fronte a un ultimatum minacciando le persone a lui care. Lex racconta a Clark quello che è successo con Helen, anche se non scende nei dettagli e gli chiede di non informare ancora nessuno dell'annullamento delle nozze. Lana si sente in colpa nei confronti di Chloe per via di Clark; lei e Clark hanno deciso di dire tutto all'amica, ma è troppo tardi, Chloe li vede baciarsi e nella rabbia del momento decide di accettare la proposta di Lionel e comincia a indagare seriamente su Clark. Helen ritorna sui suoi passi e il giorno del matrimonio si presenta all'altare, Martha e Jonathan rimangono coinvolti in un incidente causato dall'onda d'urto provocata dalla navicella. Lex e Helen convolano a nozze e partono per la luna di miele ma durante il volo Lex viene drogato e l'aereo precipita in mare.

Clark, sconvolto da quello che è successo a sua madre, non riesce a sopportare il senso di colpa e indossa l'anello con la kriptonite rossa per dimenticare il suo dolore. Si reca a Metropolis dandosi alla bella vita, diventatno un criminale e facendo preoccupare la sua famiglia e i suoi amici. Lex si ritrova su un'isola deserta ed è costretto ad affrontare i suoi demoni personali; nel frattempo Lionel organizza un funerale per suo figlio credendolo morto. Jonathan Kent decide di prendere in mano la situazione e di riportare suo figlio a casa, ma il prezzo da pagare è molto alto.

Lex è convinto che le informazioni per rivelare il passato di suo padre sono andate perdute quando la sua memoria è stata cancellata. Per cercare di recuperare il più possibile di quanto andato perso, Lex si affida dal dottor Garner, uno scienziato che sta compiendo degli esperimenti sulle manipolazioni sensoriali. Sapendo che recuperando la memoria Lex scoprirà anche il suo segreto, Clark cerca di fermarlo, ma viene catturato da Lionel e dal dottore che tentano di sottoporlo allo stesso trattamento per scoprire la sua vera identità.

Clark ritorna a Smallville come Kal-El, figlio di Jor-El, intenzionato a compiere il suo destino e ruba un cristallo Kryptoniano che appartiene a Lex. Nel frattempo Lois Lane, la cugina di Chloe, arriva a Smallville per scoprire la verità sulla morte di Chloe. Lana ritorna dall'Europa mentre Jonathan è ancora ricoverato in ospedale, in coma. Lionel Luthor è finamente in prigione e sta imparando ad adattarsi alla sua nuova vita.