Clark dirige son vaisseau au coeur de la tornade qui s'abat sur Smallville. Violemment secoué et frappé par la foudre, l'engin tombe en panne et perd de l'altitude. Egalement victime du cyclone, prisonnière de sa voiture, Lana est en danger. Alors qu'elle s'est réfugiée à l'arrière du véhicule, Clark surgit et, sans qu'elle s'en aperçoive, se met au-dessus d'elle pour la protéger... Dans son manoir, Lex regarde son père, coincé sous une colonne, le supplier de lui venir en aide. Finalement, après une longue hésitation, il se décide à le sauver. Mais le plafond s'effondre ! Lorsque Lex parvient enfin à s'extirper des gravats, son père a perdu connaissance...

Pendant un cours de travaux partiques, Ian, un élève très brillant, est descendu en flammes par le professeur qui trouve que le coupe-papier qu'il a fabriqué n'est pas réussi. A la fin du cours, l'adolescent, qui veut suivre les cours de la prestigieuse fondation Luthor, demande à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour savoir quelle note il a obtenu. En apprenant que le professeur l'a gratifié d'un C, il est furieux. Clark découvre également que Ian sort en même temps avec Chloe et Lana. Il les avertit mais elles préfèrent dans un premier temps ignorer l'information...

Whitney Fordman revient à Smallville après avoir servi dans la Marine. Il espère renouer avec Lana. Mais l'attitude étrange de Whitney pousse Clark à s'interroger sur les mobiles de son ami... Dans le même temps, Lex découvre une photo de sa nouvelle petite amie, le Dr Helen Bryce, en compagnie de son père, Lionel...

La poussière de météore fait des ravages chez les Kent. Après Martha, c'est au tour de Clark de tomber gravement malade. Chloe et Lana sont désespérées à l'idée de perdre leur ami. Pendant ce temps, Helen reçoit une offre d'emploi hors de Smalville qui contraint Lex à s'interroger sur leur relation...

Un des camarades de classe de Clark, Cyrus Krupp, prétend être un extraterrestre et semble le prouver en faisant une démonstration de sa vision laser. Clark commence à le prendre au sérieux...

Lorsqu'il apprend que Lana a été agressée par un étudiant, Clark perd son sang-froid et blesse le jeune homme. L'affaire s'envenime : poursuivis par la justice, les Kent risquent d'être dépossédés de leur ferme. Une situation qui pousse Clark à tout mettre en uvre pour arrêter la machine judiciaire, mais aussi à douter de ses pouvoirs... L'ex-petit ami d'Helen arrive en ville, déterminé à la reconquérir. Mais la belle rejetant ses avances, il se met à la harceler. Ce qui exaspère Lex, au plus haut point...

Le Dr Walden émerge de son coma et prononce plusieurs fois cette phrase étrange : «Le grand jour approche». Puis il révèle à Lex et Lionel que Clark est un alien et doit être anéanti. Clark confie son inquiétude à ses parents : Walden semble désormais doté de pouvoirs surnaturels. Il peut donc lire le langage de Krypton et découvrir ainsi son identité. De son côté, Lana rend visite à Clark et le trouve occupé à écrire le discours qu'il prononcera aux fiançailles de Lex. Elle lui a apporté un gâteau d'anniversaire. Très touché, Clark embrasse la jeune fille...

Tandis que le vaisseau s'illumine, une voix mystérieuse s'adresse à Clark et se présente comme la mémoire et la volonté de son père, Jor-El, et lui explique qu'il est temps pour lui d'accomplir sa destinée, de quitter Smallville et de conquérir le monde. Mais Clark s'y refuse... Lex avoue à Helen que c'est bien lui qui a volé l'éprouvette dans son bureau pour faire analysert le sang de Clark. Furieuse de cette trahison, elle décide de rompre et annuler le mariage... Clark et Lana décident de se rendre ensemble au mariage de Helen et Lex. Mais il leur faut parler à Chloe au sujet de leur relation...

Sous l'influence de la kryptonite rouge, Clark, qui vit à Metropolis, se retrouve impliqué avec un baron du crime du nom de Morgan Edge qui l'embauche pour s'introduire chez LuthorCorp. Pendant ce temps, Jonathan, prêt à tout pour recomposer sa famille, prend des mesures draconiennes pour ramener Clark à la maison. Au manoir, Lionel accuse Helen d'avoir tué Lex...

Après que Jor-El ait octroyé temporairement des supers-pouvoirs à Jonathan, celui-ci s'engage avec son fils dans une terrible bataille au sommet de l'immeuble LuthorCorp. Entretemps, Lex revient chez lui et se demande qui de Lionel ou d'Helen a provoqué son accident d'avion...