Alcuni membri della squadra di football vengono sospesi perchè sorpresi a copiare e uno di loro confessa di aver avuto la copia del test dal suo allenatore. Lana è indignata per l'accaduto e rimane sorpresa dalla reazione di Withney all'accaduto, anzi dalla mancanza di reazione. Disgustata dal comportamento dell'allenatore e dei ragazzi colti in flagrante, Lana decide di lasciare le cheerleaders, proprio quando Clark si unisce alla squadra contro il parere di suo padre. L'allenatore nel frattempo scopre di avere il potere di appiccare incendi con il pensiero e ne approfitta per dare una lezione al preside, che ha intenzione di denunciare il suo comportamento scorretto. Lex nel frattempo, riceve un ordine da Lionel tramite degli intermediari, ma decide di agire di sua volontà per dimostrare che non è un burattino nelle mani di suo padre.

Durante una gita scolastica per raccogliere campioni geologici, Clark e Eric vegono colpiti da un fulmine e poichè Eric aveva nel pugno un frammento di meteorite, assorbe tutti i poteri di Clark. Eric diventa ben presto consapevole delle sue nuove abilità e se all'inizio la novità gli porta l'approvazione e la popolarità della gente, le cose degenerano quasi immediatamente. Clark nel frattempo impara cosa significa essere "normali" e per la prima volta nella sua vita riesce a essere felice. Ma il sogno dura poco e Clark capisce che anche se non è più "super" è ancora responsabile per i poteri che ora sono di Eric.

Lex deve fare i conti con suo padre che ha deciso di chiudere la fabbrica di fertilizzanti di Smallville, licenziando tutti gli operai e scaricando la responsabilità su Lex. Nel frattempo Clark ha chiesto a Chloe di esser la sua dama per il ballo, mentre il reporter Roger Nixon scopre le origini aliene di Clark. Whitney invece decide di arruolarsi nel Corpo dei Marines e organizza un picnic romantico per dirlo a Lana.

Clark salva Lana dalla tempesta, ma scopre che la sua astronave è stata scoperta. Nel frattempo Jonathan è rimasto sepolto sotto le rocce insieme al reporter che ha scoperto il segreto di Clark. Lex è preso dai sensi di colpa nei confronti di suo padre che è rimasto ceco durante la loro lite.

Una strana donna compare sulla porta dei Kent affermando di essere la madre biologica di Clark, inoltre dichiara che il vero padre di Clark altri non è che Lionel. Lana decide di fare la conoscenza del suo vero padre, ma l'incontro non va come previsto.

Lionel è colpito da un proiettile mentre si trova nella biblioteca del castello e i primi indizi identificano Jonathan come primo sospettato.

Lex incontra per la prima volta Lucas, il fratello che suo padre gli ha nascosto per tutta la vita. Usando Lucas a sua insaputa, Lex cerca di ottenere il controllo della compagnia del padre, ma in realtà Lucas ha ben altri piani e ben presto Lex si ritrova senza neanche più il becco di un quattrino. Chiede asilo ai Kent i quali lo ospitano volentieri, ma Jonathan decide di approfittare dell'occasione per insegnare un po' di umiltà a Lex. Alla fine sarà Jonathan stesso ad imparare qualcosa di nuovo sul giovane miliardario.

Clark è preso dall'angoscia, cosa fare? rimanere con la sua famiglia e con Lana o smettere di combattere e compiere il suo destino di essere supremo? Lex decide di non voler più avere segreti con Helen e le confessa di aver rubato la fiala dal suo ufficio. Helen, scioccata dalla notizia, va via annullando le nozze. Jor- El continua a tormentare Clark e alla fine lo mette di fronte a un ultimatum minacciando le persone a lui care. Lex racconta a Clark quello che è successo con Helen, anche se non scende nei dettagli e gli chiede di non informare ancora nessuno dell'annullamento delle nozze. Lana si sente in colpa nei confronti di Chloe per via di Clark; lei e Clark hanno deciso di dire tutto all'amica, ma è troppo tardi, Chloe li vede baciarsi e nella rabbia del momento decide di accettare la proposta di Lionel e comincia a indagare seriamente su Clark. Helen ritorna sui suoi passi e il giorno del matrimonio si presenta all'altare, Martha e Jonathan rimangono coinvolti in un incidente causato dall'onda d'urto provocata dalla navicella. Lex e Helen convolano a nozze e partono per la luna di miele ma durante il volo Lex viene drogato e l'aereo precipita in mare.

Clark, sconvolto da quello che è successo a sua madre, non riesce a sopportare il senso di colpa e indossa l'anello con la kriptonite rossa per dimenticare il suo dolore. Si reca a Metropolis dandosi alla bella vita, diventatno un criminale e facendo preoccupare la sua famiglia e i suoi amici. Lex si ritrova su un'isola deserta ed è costretto ad affrontare i suoi demoni personali; nel frattempo Lionel organizza un funerale per suo figlio credendolo morto. Jonathan Kent decide di prendere in mano la situazione e di riportare suo figlio a casa, ma il prezzo da pagare è molto alto.

Tre nemesi del passato convincono Lex a chiedere l'aiuto di Clark per farlo fuggire dall'ospedale psichiatrico dove suo padre l'ha rinchiuso e dove anche loro sono ricoverati per via delle loro azioni criminali. I tre ingannano Lex e usano la kryptonite per tendere una trappola a Clark e rubargli i poteri. Lana è in ospedale in seguito a un incidente alle scuderie e mentre sta facendo fisioterapia fa la conoscenza di Adam, un ragazzo un po' arrogante che però la sprona a dare il massimo per guarire.

Clark scopre che un suo compagno di scuola, Jordan può vedere il futuro, ma scopre, con orrore, che Jordan ha visto la morte di Lana accadere nei prossimi giorni. Nel frattempo Chloe ha dei dubbi su Adam e cerca informazioni sul suo passato.

Jonathan si comporta in modo strano e Clark sospetta che Jor-El sia implicato in qualche modo. Clark si reca alle caverne indiane per chiedere spiegazioni a Jor-El su cosa sta succedendo a suo padre, ma viene colto di sorpresa da Lionel il quale comincia a mettere insieme i pezzi del puzzle. Lionel si reca dal Dottor Swann e durante l'incontro scopriamo le vere intenzioni che si nascondono dietro l'ossessione di Lionel per Clark.

Kara, una bellissima ragazza che viene da Krypton, cerca di convincere Clark ad abbracciare il suo destino come figlio di Jor-El. Clark sente molto la mancanza del supporto di Pete, partito da Smallville insieme alla famiglia, specie adesso che Jonathan gli rivela il patto fatto con Jor-El. Il rapporto tra Clark, Lana e Lex subisce un'evoluzione inaspettata e a Clark non rimane che rivolgersi a Kara per un po' di conforto.

Clark ritorna a Smallville come Kal-El, figlio di Jor-El, intenzionato a compiere il suo destino e ruba un cristallo Kryptoniano che appartiene a Lex. Nel frattempo Lois Lane, la cugina di Chloe, arriva a Smallville per scoprire la verità sulla morte di Chloe. Lana ritorna dall'Europa mentre Jonathan è ancora ricoverato in ospedale, in coma. Lionel Luthor è finamente in prigione e sta imparando ad adattarsi alla sua nuova vita.

Alicia viene considerata guarita e rilasciata dall'ospedale, torna a Smallville per incontrarsi con Clark. La ragazza vorrebbe riprendere la storia con Clark dal punto in cui hanno dovuto interrompere, ma Clark è riluttante, così Alicia pensa bene di esporlo alla Kryptonite rossa. Sotto l'influenza della Kryptonite, Clark porta Alicia a Las Vegas per convolare a nozze. Nel frattempo Lana cerca di riconquisare Jason e tenta un approccio più diretto.

Dopo un incubo Clark sireca alle caverne per parlare con Jor-El il quale lo avverte di un imminente pericolo: i cristalli sono in mani umane e Clark deve riunirli prima che un'altra pioggia di meteoriti si abbatta sulla Terra, questa volta distruggendola. Lana chiede aiuto a Lex perchè è convinta di aver commesso un omicidio, Lex si offre di aiutarla ma in cambio vuole il cristallo. Nel frattempo Jason ritorna e minaccia i Kent con una pistola e chiede dove si trova Clark. Clark sta raccogliendo i cristalli; Lex mette Lana su un elicottero per portarla in salvo e poi si reca alle caverne indiane dove trova Chloe. Clark riesce a mettere i cristalli insieme all'ultimo momento, quando le meteore cominciano a bombardare Smallville. Dopo che ha riunito i cristalli, Clark si ritrova in un altro luogo della Terra, Lionel è sotto shock dopo che il suo cervello ha eseguito l'equivalente di un download kryptoniano e Lana, sopravvissuta alla caduta dell'elicottero, si trova di fronte alla versione gigante dell'astronave di Clark.

Clark rivela il suo segreto a Lana, mentre Lex e Jonathan ricevono finalmente i risultati delle elezioni. Purtroppo un incidente stradale risulta fatale per una persona molto vicina a Clark, il quale si rivolge a Jor-El chiedendogli aiuto.

When Zod and the Kandorians launch their brutal attack on Earth, Chloe calls in some old friends to join the fight against the aliens. Clark and Zod face off in an epic battle for the control of Earth.

The story of Clark Kent culminates in this epic two-hour series finale as Clark takes the last step to becoming the Man of Steel.