ミッシーこと顧問の三島木先生に恋心を抱いている琴音。今朝は絆を深めるためにマンツーマンで特訓してもらおうとするが、残念ながら先生は熱血系ではないために琴音のもくろみは空振り。そんな中、英国からの留学生であるエリことエリザベスがソフトテニス部に入部。ところがエリはミッシーと旧知にして親密な関係で…。

大会に備えて、ミッシーの発案で部のメンバー同士でシングルスでの練習試合をすることになった。それぞれの思惑を抱いて燃え上がる部員たち。ところが天候が急激に悪化。激しい風雨の中、熱気以外はビミョーにトンチンカンな試合を続ける明日菜たちだったが、ついには吹雪になってしまい学校で泊まることに…。

愛用していたラケットが壊れてしまい、琴音たちと街のソフトテニス専門店まで買い物に行くことにした明日菜。ラケットを買った明日菜は店内で赤玉中学の少年、玲緒と知り合い仲良くなる。その頃琴音は、売り場で赤玉中ソフトテニス部の澄乃と出会い口論となり、店の隣にあるコートを使ってテニスで決着をつけることに…。

強豪の赤玉中ソフトテニス部との練習試合をすることが決まり、盛り上がる明日菜たち。白玉中ソフトテニス部にとって、これが初の対外試合となるからだ。しかも先日のソフトテニス専門店での赤玉中との一件もあって、琴音の闘志は燃え上がる。試合は明日と聞いて一同は驚くが、それでもやった方がマシと特訓を始めて…。

赤玉中との練習試合が始まった。最初のゲームは明日菜・琴音ペア対澄乃・芹葉ペア。実力差は大きく、最初のセットは完敗してしまった明日菜と琴音にミッシーはアドバイスを与える。二人は澄乃・芹葉ペアに一矢報いることが出来るのか？ そして千歳・来栖ペアは魔球サーブを放つ彩香・あづさペアにどう立ち向かうのか…？

赤玉中と無名の白玉中の練習試合が凄まじかったという話は、黒玉中ソフトテニス部でキャプテンを務める岬の耳にも届いていた。そこで岬は、盗撮…もといスパイが特技の由良に白玉中への潜入を命じた。明日菜たちの斜め上行く日常に驚愕の連続の由良は、成り行きから新入部員として練習に加わるのだったが…。

合宿をすることになった明日菜たちだが合宿所に着いてみれば、赤玉中の面々が満身創痍になっていた。愕然とする彼女たちの前に現われたのは黒玉中の岬。この合宿所の地下には岬が造らせた秘密の特訓場があり、澄乃たちはその苛酷さに耐えきれなかったのだという。そして明日菜たちも特訓コースにチャレンジすることに…。

親しげなミッシーとエリの様子に耐え切れず、琴音は合宿所を飛び出してしまった。そんな琴音を捜すミッシーを監視カメラが捉えていた。それを見て安心した明日菜たちは捜索をミッシーに任せて練習を始める。そしてミッシーに保護され、彼とエリの関係が勘違いだと気がついた琴音は、ミッシーと戻ろうとするが…。

大会が近づき、明日菜たちはエリのパートナー探しとして部員募集を始めた。ようやく見つけた入部希望者である1年生のやよいは、ソフトテニスをしていた姉の遺志を継ぐのだというが、彼女の中には姉のうづきの霊が宿っていた。そして次の中間テストで一人でも赤点が出たら、大会参加を取り消すとのお達しがあり…。

チームワークを高めるために海へ合宿にきた明日菜たち。海の休日を満喫する中、琴音が軽く言った言葉をきっかけに、明日菜は自分が琴音のパートナーとして本当に相応しいのか内心悩み始める。そして合宿が終わっても、それを引きずり続ける明日菜。そんな最中、練習中の事故で明日菜は記憶喪失になってしまって…。

明日菜は記憶を蘇らせるため、来栖が発明した謎の機械で意識を過去へと飛ばした…。それは明日菜が入学したての頃。ソフトテニス部に入部して琴音と知り合った明日菜は、ペアを組もうと誘うが断られてしまった。だが二人で練習した時、明日菜はソフトテニスの面白さを知り、より一層琴音とペアになりたいと思うが…。