여자에게만 반응하는 병기 인피니트 스트라토스(IS)를 육성하는 IS학원에 세계에서 유일하게 IS를 움직일 수 있는 남자, 오리무라 이치카가 강제 입학한다. 게다가 이치카의 담임 선생님은 직업 불명이라 여겼던 친누나 치후유, 그리고 같은 반에는 6년만에 재회한 소꿉친구 호키도 있다. 파란만장한 이치키의 IS학원 적응기가 이제 시작하는데…

하루하루 다가오는 학급 대표 결정전날. 하지만 이치카는 아직 IS조차 준비되지 않았다. 거기에 한술 더 떠 개인 교습을 부탁받은 호키는 무슨 생각인지 매일 검도 수련만 시키는데… 결국 시합 당일, 시간에 쫓긴 이치카는 초기 상태의 전용기로 세실리아의 블루 티어즈와 대결하게 된다.

2반에 중국 대표후보생이 전학오게 된다. 그 이름은 팡 링잉, 이치카의 소꿉친구. 스스럼없이 대화를 나누는 두 사람을 보며 호키와 세실리아는 질투심에 불타오른다. 하지만 링잉 또한 애타는 자기 마음을 몰라주는 이치카에게 심통이 나고 마는데…

드디어 개막된 학급 대표 대항전. 이치카는 1차전부터 링잉과 붙게 된다. 3세대 기체인 쉔롱 앞에서 고전하는 오리무라. 하지만 일발 역전의 호기를 잡은 순간, 붉은 섬광과 함께 정체불명의 IS가 나타난다.

프랑스에서 전학생이 찾아온다. 그 이름은 샤를 뒤노아. 이치카는 단순히 남자 학우가 늘어난 걸 기뻐하지만 그 금발의 귀공자는 왠지 석연찮은 분위기. 호키, 세실리아, 링잉은 무신경한 이치카를 두고 여전히 불꽃을 튀기고…

샤를에 연이은 전학생, 독일의 대표후보생 라우라 보데비히. 하지만 라우라는 초면인 이치카에게 적대감을 불태운다. 그 이유를 몰라 어리둥절해하던 이치카는 치후유와 라우라의 대화를 통해서 그 이유를 깨닫게 되는데... 복잡한 머리를 식히려 방에 돌아온 이치카는 룸메이트 샤를의 엄청난 비밀을 알게 된다.

하루하루 다가오는 학년별 토너먼트. 호키는 이상하게 꼬인 소문을 들으면서 착찹해 하지만, 한편으로는 전의를 불태운다. 한편 문제의 전학생 라우라는 링잉과 세실리아에게 싸움을 거는데, 압도적인 성능 앞에 고전하는 둘을 구하기 위해 이치카가 뛰어든다.

학년별 토너먼트 1차전. 이치카 샤를 콤비는 발군의 호흡으로 둘이 따로 노는 호키 라우라 조를 압박한다. 일찌감치 아웃된 호키, 그리고 2:1에 속수무책으로 몰리는 라우라. 그런데 패배가 눈앞에 다가왔을 때, 라우라의 절규는 불길한 검은 그림자를 불러낸다.

여름 수련회 이틀째 토끼귀를 단 말괄량이 하얀 마왕... 이 아니고 IS 개발자이면서 호키의 언니인 타바네가 나타난다. 타바네는 토끼처럼 깡총깡총 뛰면서 호키를 위해 개발한 제 4세대 IS를 선보이는데... 하지만 그 시험 가동중에 급보가 날아든다.

폭주한 무인 IS 실버리오 고스펠, 통칭 [복음]. 이 폭주를 저지하기 위해서 이치카와 호우키가 출동한다. 하지만 둘의 의견충돌로 폭주 저지 작전은 실패로 돌아가고, 이치카는 호우키를 구하려다 부상을 당하고, 이에 심각한 죄책감이 빠진 호우키는…

다시금 싸울 의지를 찾은 호우키는 동료들과 함께 [복음]과 사투를 벌인다. 한편 의식으 잃고 쓰러져 있는 이치카는 꿈속에서 의문의 여성을 만나는데... 복음 앞에서 고전하는 호우키 앞에 백식의 제 2형태, 세츠라를 장비한 이치카가 나타난다.