Ichika Orimura se voit intégrer la prestigieuse école IS après qu'il a réveillé une armure par accident. Il devient ainsi le premier homme sur Terre à maîtriser un IS, ce qui fait de lui la nouvelle coqueluche de toutes les lycéennes. Le jeune homme est quelque peu déstabilisé par cet entourage uniquement féminin : sa sœur, ancienne championne du monde, comme professeur principal, son amie d'enfance, Hôki Shinonono, et leurs retouvailles difficiles, et un défi, dès le premier jour, imposé par la très talentueuse et très noble Cécilia Alcott, qui souhaite devenir déléguée de classe.

Un match est organisé pour départager Ichika et Cécilia au poste de délégué. Ichika se voit attribuer une armure personnelle, fait très rare étant donné qu'il n'en existe que quatre cent soixante-sept dans le monde, toutes créées par la sœur de Hôki, Tabane, portée disparue. Jalouse de l'attention que toutes les filles portent à Ichika, Hôki accepte de l'entraîner elle-même pour le match contre Cécilia.

Ichika est encore loin de maîtriser Byakushiki, mais Cécilia, développant des sentiments pour lui, décide de lui laisser la place de délégué. Ichika apprend qu'il doit affronter l'exubérante et effrontée Lingyin, une autre amie d'enfance, qui commence à dangereusement empiéter sur les territoires de Hôki et Cécilia.

Le combat entre Ichika et Lingyin est à son apogée quand il est interrompu par un IS non identifié qui commence à les attaquer sans raison. Ils décident de rester pour le combattre au lieu de fuir, pendant que l'arène est évacuée. Ichika découvre alors que l'ennemi n'est qu'une machine sans pilote.

Maya informe Hôki qu'elle va devoir changer de chambre. La jeune femme fait alors promettre à son ami que si elle gagne le tournoi interclasses, il devra sortir avec elle. Malheureusement, le bouche à oreille fonctionne mal et toutes les lycéennes sont persuadées que la gagnante, quelle qu'elle soit, aura un rendez-vous avec Ichika. La rumeur est éclipsée par l'arrivée d'un nouveau garçon, Charles, très efféminé, dont le père est le patron d'une entreprise française fabriquant des IS. Cependant, Charles ne sera pas le seul nouvel élève à intégrer la classe d'Ichika.

Ichika découvre qu'il est plus intéressant de s'entraîner avec Charles plutôt qu'avec les filles qui se battent sans arrêt. Les deux sont rapidement défiés par la nouvelle arrivée, Laura Bodewig, qui a giflé Ichika dès son entrée à l'école. Ichika découvre qu'elle était une élève de sa sœur quand celle-ci travaillait pour l'armée allemande. En rentrant dans la salle de bain, il découvre également que Charles n'est pas celui qu'il prétendait être.

Consciente de son faible niveau, Hôki est stressée par le fait que la gagnante du tournoi aura un rencard avec Ichika. Pendant ce temps, alors que Cécilia et Lingyin se défiaient, elles sont toutes deux attaquées par Laura, qui les massacre sans ménagement. Voyant que leurs vies sont en danger, Ichika et Charlotte rejoignent le combat. Chifuyu les interrompt à temps, annonçant qu'ils règleront leurs comptes durant le tournoi. Ichika apprend par la suite que les matchs de ce dernier se feront finalement en deux contre deux.

Le tournoi débute et Hôki comprend rapidement que ce sera du trois contre un. En effet, elle doit, d'un côté, affronter Ichika et Charlotte et, de l'autre, faire équipe avec Laura. Elle se retrouve très vite acculée, laissant Laura faire face aux deux autres. Alors qu'elle est dépassée, son IS devient fou et se transforme, guidé par sa haine pour Ichika. Ce dernier, à bout de forces, décide de l'affronter seul.

Après un repas tous ensemble, les filles se font surprendre par Chifuyu alors qu'elles l'espionnaient en train de se faire masser. L'enseignante leur donne alors un conseil pour gagner le cœur de son frère. Le lendemain, l'excentrique Tabane Shinonono décide de faire son grand retour pour l'anniversaire de Hôki. Elle lui présente Akatsubaki, première armure de quatrième génération. Les essais sont cependant interrompus par l'attaque imminente de Silver Gospel, un IS sans pilote dont les armées américaines et israéliennes ont perdu le contrôle.

Alors qu'Ichika et Hôki sont envoyés combattre Silver Gospel, Chifuyu prévient son frère de l'attitude un peu trop heureuse de la jeune femme. Lors de l'affrontement, Ichika se rend compte qu'un bateau de trafiquants navigue trop près d'eux et qu'ils pourraient être touchés. Il se dispute avec Hôki quant au fait de les sauver ou non, offrant une ouverture à Silver Gospel. Voulant protéger Hôki, négligente, Ichika se retrouve grièvement blessé.

Défiant les ordres de Chifuyu, les filles partent combattre Silver Gospel, alors qu'Ichika, toujours inconscient, rencontre un mystérieux guerrier dans un rêve. Hôki réussit à couper un bras de l'ennemi, mais celui-ci réapparaît sous une nouvelle forme, la repoussant. Ichika, enfin éveillé, la rejoint et lui prouve qu'il n'a pas oublié son anniversaire en lui offrant enfin son cadeau. Il se mêle alors lui aussi à la bataille finale contre Silver Gospel.