「お帰りなさいませ、ご主人様！」。七芝高校一年生・長谷川昴は、場違いにして珍妙なあいさつで迎えられていた。場所は私立慧心学園初等部の体育館。彼を待ち構えていたのは、なぜか５人のかわいらしいメイドさん（しかも全員小学生！）だった……。

高校入学と同時に入部したバスケ部が、不祥事により１年間の休部を余儀なくされるという大惨事に巻き込まれた昴。そんな彼は、従妹にして慧心学園の教師を務める美星に、半ば脅されるように頼みこまれ、気が進まないながらも３日という期限付きでコーチを引き受けることになったのだ。個性的で初心者ばかりの部員たちを指導していく中、昴は唯一のバスケ経験者である、湊智花の美しいジャンプシュートに目を奪われる……。

女子バスケ部のコーチを辞めろ。昴にそんな警告をしたのは、智花たちと同じ慧心学園初等部男子バスケ部の部員たちだった。彼らの口から『勝負』のいきさつを聞かされた昴は、前日に真帆の見せた焦りの正体に気付く。しかしコーチの約束は３日間。最終日を迎えてしまった上、試合までの短い期間に彼女たちを勝てるチームに育てる指導などできないと、智花たちに告げる昴。美星のバスケから逃げるなという厳しい言葉にも、今の自分にバスケに対する情熱はないと口にする。智花たちの想いも、男子バスケ部員の気持ちもわかる。そしてバスケから離れようとしている自分は、本当はどうしたいのか。そんな複雑な想いを抱えた昴は、偶然、目の前を通りかかった智花を思わず呼び止め……。

みんなと、５人一緒にバスケがしたい。そんな智花の想いに、男子バスケ部との決戦までの間、コーチを続けると決意した昴。やるからには必ず勝たせると、美星の用意した男子バスケ部の試合ビデオを徹底的に研究し、弱点を探るとともに、その対策を考えていた。そして女子バスケ部の面々には、それぞれの役割に応じたピンポイントの練習メニューを与える。真帆と紗希には互いのフォームを確認しながらのシュート練習を。ひなたには少しでもスタミナ不足を補うべく走り込みを。愛莉にはゴール下でのディフェンスを。しかし、ひなたは練習中に倒れてしまい、愛莉は気の弱さから思うようにプレイできない。一朝一夕に克服できない問題ながらも、昴は弱点を逆手に取った秘策を思いつき……。

ついに迎えた男子バスケ部との決戦。巧みなシュート攻勢で点を稼ぐ女子バスケ部だったが、スタミナ切れを狙われ、追いつかれてしまう。頼みの綱の智花も抑えられ、じわじわと点差が広がる残り３分。昴の仕込んでいたなりふり構わない秘策から何とか勝ち越すものの、すぐにシュートを入れられて逆転されてしまう。１点差。試合時間、残り５秒。厳しいマークに囲まれながらも、智花の手から放たれた最後のシュートは、ゴールに向かい……。決戦を終えた智花たちは、昴にこれからもコーチを続けてほしいと頼み込む。ためらう彼に、フリースロー連続50本成功という、とんでもない条件を口にする美星。ためらうことなく条件をのんだ智花は、毎朝、昴の家の庭で挑戦することに……。

引き続き慧心学園初等部女子バスケ部のコーチを続けることになった昴。智花たちも男子バスケ部との練習試合を経て、それぞれの課題とバスケに対する意欲をより強くしていた。そんな折、学校の球技大会にバスケのクラス代表として選ばれた智花たち。美星はいい機会とばかりに勝手に合宿を組んでしまい、昴は断れずに合宿でのコーチも引き受けることに。自分たちで準備した楽しい昼食を終えて、さっそく練習のために体育館に向かった智花たち。そこには、来るはずのない合宿参加者――竹中の練習する姿があった。真帆と大ゲンカ中の彼は、球技大会でバスケに出場しないはず。一触即発のふたりの間に割って入った昴は、竹中の口から意外な言葉を聞かされる……。

真帆と竹中のケンカをどうにか仲裁しようと奔走する昴。その姿を見て、力になれない自分に少し落ち込む紗希。真帆と紗希、そして竹中は仲の良い幼なじみだったが、ふたりがバスケを始めたのを機に、竹中が距離を置くようになったのだという。心配する紗希に昨晩の出来事を話す昴。ぎごちないながらも一緒に練習を始めてくれた竹中の姿に、紗希は「真帆の本気」に引っ張られてバスケを始めたいきさつを語り出す。そんな折、真帆たち３人は一緒に体育館掃除をすることになり――。そして練習後。用意されたお好み焼きの材料に、こだわりの技を披露する紗希の姿に気圧されながらも、楽しい夕食を過ごす７人。しかしその後、ひなたと竹中が行方不明になってしまう……。

最近、様子のおかしい昴が気になって仕方がない葵。部活もないのに放課後すぐにいなくなってしまったり、苦手なはずの女子にも慣れた風に接していたり……。心配そうな葵の姿に、バスケ同好会の面々は彼女と昴の勉強会をセッティング。智花たちの指導に夢中で、テストのことをすっかり忘れていた昴は、来年のバスケ部復活を目標に、その申し出を快く受ける。一方、練習に一層熱が入る智花たち。しかし、ひとり愛莉だけはミスばかりで、練習に全く身が入っていない様子だった。その理由は、これから始まるプールの授業。泳げない愛莉は不安で仕方なかったのだ。それなら昴にコーチしてもらえばいいと、真帆の家のプールで水泳特訓をすることに。しかしその日は、勉強会の日で……。

勉強会の約束をすっかり忘れていた昴にオカンムリの葵。しかし赤点を取られても困ると、対策ノート渡そうと昴のあとを追う。そして、たどり着いたのは慧心学園の体育館。昴が智花たちにコーチをしている姿を見てしまう。美星から事の経緯を聞かされたものの、いまだ納得できない葵。さらに昴が勉強会を断った本当の理由が愛莉の水泳特訓のためだと知ってしまう。彼を連れ帰ろうと真帆の家にやってきた葵は、昴と激しく衝突する。自分にとって智花たちのコーチは大事なことで、バスケ部の復活にも必ず役に立つという昴。そして、昴がコーチを辞めてしまうのではないかと不安を感じていた智花たちも、彼が必要なのだと懇願する。そんな智花たちに、葵は昴を賭けた勝負を申し込む――。

夏休み。美しい海辺近くに立つ、真帆の別荘に遊びに行くことになった智花たち。とっておきのイベントを前に、それぞれが思い思いに新しい水着を選び、コーチの昴、担任の美星とともに別荘へ。さっそく真帆と合流して、別荘裏のプライベートビーチで新調した水着を得意満面に披露する。開放的な青空のもと、泳いだりはしゃいだり、それぞれに楽しむ智花たち。全員参加の鬼ごっこをしているうちに、なぜか標的は昴に。自分以外全員鬼の鬼ごっこで追い掛け回されたり、砂の城に埋められてくすぐられたりと散々な目にあわされた昴だったが、一方で、明確な目標のない状況に、今後の指導方針に悩んでいた。そんな折、ひなたを心配した妹のかげつが、彼女を連れ戻すべく別荘を訪れて……。

厳しい練習を重ね、どんどん実力を上げていく慧心学園女子バスケ部。しかし、コーチの昴には、ひとつの悩みがあった。自分たちの力を試したい、大会に出場したいという彼女たちの想いが、ある事情により叶えられないこと。公式戦に出場するためには、控えも含めて10人の選手が必要なのだ。その事実を知っているのは、昴と智花だけ。そんな折、御庄寺の親戚が教師をしている強豪校・硯谷女学園との親善試合の話が持ち上がる。対外試合の経験を積ませるべく、喜んでその話を受ける昴だったが、その裏には合宿中に昴と葵の仲を深めてしまえという悪友たちの計画が隠されていた。しかし合宿当日、引率者である美星が突然、倒れてしまい、昴たちだけで硯谷に向かうことに……。

自分たちのチームは公式戦に出られない。硯谷のエース・未有の言葉にショックを受け、練習から逃げ出してしまう真帆。心配する智花たちだったが、真帆のことは紗季に任せ、控えの選手たちとの練習を始める。一方、昴は試合に出られない事実を真帆たちに伝えられなかった自分に後悔していた。しかし、今のためだけにバスケはできる、プレイができなくてもバスケと向き合えるという麻奈佳の言葉に、自分のバスケの在り方に気付く。バスケを奪われながらも、智花たちのコーチをすることで、自分も成長していた。そして、真帆も戻り、自分たちのバスケを取り戻した智花たち。昴はコーチとして自分ができること――彼女たちのバスケを守るため、あることを決意する。

硯谷レギュラーチームとの練習試合。紗季をポイントガードに据えた布陣で挑んだ慧心学園は、それぞれが身に着けてきた技術を駆使して食い下がる。キャプテン・未有の慢心も手伝って、互角以上の戦いを繰り広げていた。強い想いで戦う智花たちと、それを見守る昴と葵。しかし、硯谷も麻奈佳の一喝で未有が持ち直し、本気のプレイでぶつかってくる。手強い相手、だからこそ面白い試合。互いを認め合ったエース同士がぶつかり合う中、昴は智花たち５人の特性を活かした秘策に出る。硯谷もマンツーマンでガチンコ勝負に出る。そして、最後のシュートが放たれ……。慧心と硯谷の練習試合を終えた数日後。最初の練習の日に、さまざまな想いを抱えた昴が体育館の扉を開けると、そこには――。

「夏休みの宿題でわからないところがあって…」いつものごとく朝練で昴の家を訪れた智花。しかしその日はいつもとは違う「お願い」があった。智花の頼みを聞いた昴は、翌日の日中あらためて智花を家に招き、宿題を教えることを約束する。いつもの朝練とは違い、部屋で二人きりで勉強をしていると次第にいい雰囲気になってきて…？さらに、お昼ごはんの買い出しへ行ったスーパーで、真帆、ひなたら女バスのメンバーも合流して、皆で長谷川家で鍋を囲むことに…。

昴が慧心学園女バスのコーチになって３ヶ月。夏休みも智花たちと一緒にバスケの練習に励んでいた。一方、智花たち５人は、週末の商店街の夏祭りを「夏休み最後のイベント」として楽しみにしており、みんな浴衣も準備して、そろって──もちろん昴も一緒に──出かける約束をしていた。ところが智花は父親から「バスケにうつつを抜かしている」と厳しく叱られ、夏祭りに行くことも禁止されてしまった。落ち込む智花を見た昴は、お祭り当日、父親に直談判してでも彼女がお祭りに行くことを許してもらおうとする。そこに智花の母親から電話がかってきて、智花をお祭りに連れて行って欲しいと頼まれるのだった。

智花たちの前に突然現れたフランス人の少女、ミミ・バルゲリー。その場でバスケ勝負を挑まれた智花は１on１で相手をする。その腕前はかなりのもので、智花は辛うじて勝った。なんとミミは、発掘調査で海外に行っていた昴の父・銀河の知人の娘で、彼と一緒に日本にやって来たのだという。しかもバスケが得意な銀河から直接コーチを受けていたのだ。智花や昴たちとすぐに打ち解けたミミは、慧心学園の初等部５年生として転校してきた。そしてクラスメイトになったひなたの妹・かげつとともに、男バスに道場破りよろしく乗り込んできた。驚く夏陽に、ミミはあくまで智花とバスケで勝負がしたいのだという。それを聞いた夏陽はミミにある助言をする。

夏陽のアイデアから、ミミは５年生の女子だけでチームを作り智花たちとに試合を申し込んできた。他のメンバーはかげつに、真帆を敵視する夏陽の双子の妹・椿と柊、紗季をライバル視する雅美だ。だがまだ即席状態でチームワークでは智花たちには敵わない。そこで昴は、特別に銀河にミミたち５年生チームの一日監督になってもらうことを頼んだ。その結果、５年生チームの動きは劇的に変化し、智花たちを追い上げてゆく……。試合後、５年生チームは葵を正式なコーチとして出発することになった。智花たちは５年生チームとの再戦を楽しみにするのだった。そしてその週末は智花の誕生日。招待を受けた昴は、何をプレゼントしようかと思案して……。

昴や葵たちのバスケ同好会に、学外メンバーとしてやってきたのは愛莉の兄・万里だった。だが昴が妹のチームの噂の変態コーチと知るや、有無を言わさず殴りつけてしまう。それから数日後、アミューズメント施設のオールグリーンで練習をしていた昴や智花たちに、後から来た女子中学生の奈那と眞弓が、自分たちの練習の邪魔だから出て行けと言ってきた。文句をつける真帆。昴も妥協案を申し出たが、奈那と眞弓は聞く耳を持たず、自分たちとコート使用権を賭けて３on３をしてやると挑発してきた。そして現れた３人目は、昴が中学時代に辛酸をなめさせられたライバル校の凄腕プレイヤー・須賀竜一だった！　嫌味な竜一らに、昴は智花と愛莉とで挑むが…。

竜一たちに惨敗を喫した昴、智花、愛莉。ゲーム中から調子を落としていた智花は、真帆や紗季のアイデアによる、「昴の家にお泊まり」作戦が功を奏して元気を取り戻した。その時に見せた智花の気遣いに昴も感謝する。そして竜一たちとの再試合が決まった。昴は敢えて愛莉のコーチを万里にお願いする。だが今はギクシャクしている二人の関係から、やはり練習もどこかぎこちない。昴は竜一のプレイを研究しつつ夏陽相手に１on１の練習に励むが、なかなか思うようにいかない。そうして竜一たちとの３on３のリベンジマッチの日がやって来た。昴は、自分と竜一との勝敗よりもチームが負けなければそれでいいと心に決めて、試合に臨む！

智花たち６年生のビッグイベント、京都への修学旅行がやって来た。しかもテスト休み中の昴と葵も、偶然にも京都旅行を福引きで引き当てたために同行出来ることになった。智花たちはもちろん大喜び。昴に気のある葵も内心嬉しさいっぱいだったが、実際は引率者状態でビミョーな状況。それでも昴との旅行を大いに楽しむ。さらにホテルの都合で彼と同室という展開に、葵はもうドギマギだ。一方昴は、その夜ホテルの廊下で真帆のパンツを拾ってしまい違った意味でドギマギ。そのパンツは元々は夏陽が拾ったのだが、返しそびれて昴に改めて拾わせたのだ。果たして昴は、夏陽と協力して真帆のパンツを人知れず返すミッションを遂行することに。

真帆の家へと招待された昴や智花たち６年女バスの面々は、真帆の父・風雅からいきなり昴と真帆が婚約すると宣言されて驚愕。あまりの親バカぶりに戸惑う昴だが、風雅は実際に昴と会って大いに信頼を寄せる。そして昴の望みを叶えたいと申し出た。大企業のオーナーでもある風雅はどんな難題でもＯＫだという。そこで昴は公式戦に出られない智花や真帆たちのため、周辺の学校も含めた小学生ミニバス大会の開催を願い出た。ミミたち５年生チームも大会を知り意気込むが、練習さえも個人プレーでチームワークは相変わらず。そこを葵に指摘され、ミミたちはグーの音も出ない。しかし葵には６年生チームと互角に戦える策があるという……。

小学生ミニバス大会準決勝戦は、順調に勝ち進んだ智花たち６年生チームとミミたち５年生チームの顔合わせとなった。６年生チームを撃ち破り「本物の女バス」を名乗ると宣言した雅美、椿、柊に、紗季は５年生チームが負けた時は６年生チームに加わるように試合前に約束させた。しかし意外にも前半戦は５年生チームがリードを奪う。予想以上に強くなった５年生チームだったが、昴には葵の作戦プランに気がついていた。ハーフタイム中に、彼は愛莉と紗季にある指示を与えた。そして始まる後半戦。昴の読みが当たり一進一退ながらも智花たちは徐々に点差を詰め、残り時間60秒で２点差。勝負の行方は智花とミミ、エース同士の対決に委ねられた！

ミニバス大会で智花たちに負けた５年生チームだったが、約束通り一緒に練習するのはミミとかげつだけ。椿と柊は二人で練習していた。大会の後に会った嫌味な少女・葦原怜那との野良試合に二人がかりでも手も足も出ず、悔しさから誰にも頼らずリベンジしたかったのだ。雅美も紗季への敵愾心から一緒に練習する気になれない。そんな時すずらん通り商店街でＳ級グルメ大会というイベントが開かれることになり、智花たちは紗季の実家・なが塚を手伝うことにした。雅美の実家・寿し藤も参加しており、彼女は例によって一方的に打倒なが塚を掲げ、葵や５年生チームに協力を頼んだ。そしてＳ級グルメ大会当日。その寿し藤の屋台に偶然、怜那が現れて……。

紆余曲折はあったが、ようやく６年生チームと５年生チーム揃っての練習が始まった。前途は多難だが、これで公式戦へ参加も出来る。その矢先、慧心女バスの全国地区予選への出場が決まった。初戦の相手は、あの怜那もいる因縁浅からぬ硯谷女子学園だ。気合い充分で一層の練習に励むが、５年生チームは気負い過ぎて調子が出ない。また夏陽から怜那の話を聞いた昴は、その実力の高さに驚く。智花たちは空回りする後輩５人に、練習試合を通して、大事なことは勝ち負け以上にみんなで一緒にバスケを楽しむことだと伝える。その結果10人の気持ちは一つになった。いよいよ硯谷との公式戦の日がやって来た。第１クォーターは６年生チーム同士の対決だ！

彗心リードで始まった第２クォーターは５年生チーム同士の戦いだ。やる気満々のミミ、椿、柊、雅美、かげつ。予想通り怜那の実力は圧倒的で１対１では歯が立たない。だがバスケは５人でやるもの。見事な連携プレイで、チームメイトを見下して個人プレイを続ける怜那を押さ抑え込む。思うようにプレイが出来ず苛立ち試合放棄しようとする怜那に、チームメイトの都大路綾が「弱虫」と叱責した。さらに雅美に「チームなら負けない」と言われた怜那は、初めて仲間と連携してシュートを決めた！　怜那の中で何かが変わった。そして両軍とも５・６年生混成メンバーで臨んだ第３クォーターがスタートした。

第３クォーター。チームプレイを知った怜那の力を加えた硯谷はまさに強力で、彗心は苦戦を強いられる。しかも、真帆は怜那のマークをふりほどこうとして足を痛めてしまった。かげつが交代して試合は再開されたが次第に点差を詰められ、ついに勝ち越されてしまった。絶体絶命に追い込まれての第４クォーター。それでも智花たちは諦めずに必死にボールを追いかけるものの、なかなか点差は縮まらない。このまま硯谷の勝利となってしまうのか？　だが第４クォーター終了直前に、智花、真帆、愛莉、ひなた、紗季たち彗心女バス全員の想いを込めた同点シュートが決まり、試合の行方は延長戦へ持ち越されることとなった！