神經外科權威醫師秦赫，因為女朋友美娜車禍陷入危險而難過的不能自己，一個人躲在頂樓傷心欲絕。這時遇到一名病患手拿著自己剛從病人腦中摘除的胎兒型腫瘤也跑來頂樓，這患者口裡喃喃自語：「必須回去。」一邊走向頂樓一邊欲投身，秦赫為了攔阻自己卻不慎墜樓，然後醒來時發現自己身處在朝鮮時代。

秦赫來到朝鮮時代又莫名其妙的成了懸賞犯，他在被官兵追捕時遇到重傷倒在地上的洪永輝，而揹他回家時又看到了跟美娜長的一模一樣的洪永來。永來苦求他一定要救他哥哥洪永輝，就這樣秦赫進行了在那個時代是不可能見到的腦部手術。但他還是逃不過官兵追捕，終於還是被逮捕了，正當要被處斬時，捕廳從事官金景卓的父親左議政金秉熙又突然失去意識。

左議政突然暈倒，大家一陣慌亂，剛好御醫劉弘必就在旁邊就馬上幫他診脈，結果只說是因為天氣熱加上最近又過勞才不會一時昏厥，只要休息一會就不會有大礙。可是秦赫認為病情不尋常，不馬上手術恐怕會有生命危險，景卓不顧眾人反對，還是請秦赫為自己父親手術，秦赫也因此救回了自己一條命。另外，有嘔吐和腹瀉症狀的病人開始越來越多，且這怪疾還迅速在都城外蔓延，致使百姓們個個都陷入了恐懼。

發生怪疾後，御醫劉弘必令秦赫到活人署去治療百姓，秦赫不顧眾人勸阻還是前往了疫情嚴重的都城外。可是到了活人署才發現，那裡的醫員為了自己活命丟下一屋子的患者全部跑光了，只有秦赫在惡劣的條件下獨自照顧病人。可是很快的他也發現了這不是自己能力可以辦到的事而正要放棄時，永來突然來訪，說她願意留下來陪秦赫照顧病人。

經過努力，秦赫成功的把很多怪疾病人從鬼門關前拉了回來。正當大家沉浸在歡樂的氣氛時，秦赫突然出現了怪疾症狀，永來等人緊張的急忙照料，可是秦赫的病情是越來越重，眼看已經是沒救了。另外，昰應認為秦赫的治療法很有效，希望朝廷可以廣泛使用，所以去找御醫劉弘必商量，可是劉弘必不但不幫忙反而還慫恿左相要一把火燒了土窟村。

秦赫應春紅之邀來到青樓，在吃飽喝足後春紅說有個病人希望秦赫看一下，秦赫看到滿臉膿瘡的桂香深受衝擊，因為他知道桂香罹患的是梅毒，偏偏這個時代還沒有藥可以治療。秦赫正感到為難時，看到霉菌突然又想到了有藥可以自製，不過他很快又想到這藥如果製成就會改變整個歷史所以又躊躇不前。另外，李昰應正到處打聽想揪出害桂香生病的主謀。

秦赫擔心盤尼西林在這個時代出現會改變整個歷史，所以只能眼睜睜看著患者痛苦，可是他實在不忍心讓患者就這麼死掉，所以還是改變心意繼續製造盤尼西林。另外，金大鈞一幫人怕桂香會抖出他們的不法勾當，就動員了大批人力把桂香給找出來後對她嚴加拷問，要她說出曾經對什麼人吐實過。桂香怕自己受不了拷打會出賣興宣君，就在牢房咬舌自盡，讓辛苦為她製藥的秦赫感到很無奈。

秦赫聽到永來和景卓就快成婚的消息後，心裡就開始莫名煩悶。永來母親終於盼到女兒要嫁人了，高興的在準備婚事，景卓也高興自己終於可以把盼了多年的心上人娶回家，可是當事人永來卻不是很快樂，面對秦赫她只覺得很不好意思。另外，秦赫在李昰應的安排下見到新的患者趙氏夫人，可是在治療過程中因為活人署發生意外，使他不得不站在重大選擇的歧路上。

秦赫向永來坦言自己來自一百五十年後的未來，且為了不給周遭的人帶來麻煩自己必須再回到未來，可是不知道要怎麼回去，永來認為秦赫來到這個時代應該是上天要他回來治療一些病人，並求他留下來。然後她又去見景卓告訴他沒辦法成婚，景卓聽了很憤怒立刻拔刀。另外，昰應邀秦赫一起入宮見大妃娘娘，可是秦赫說他只想盡醫員的本分，不想介入政治鬥爭而斷然拒絕，可是過沒多久秦赫又遭人誣陷而被押到捕廳去。

永來母親因為腳氣病胃口盡失什麼也不肯吃，體力越來越差但也不肯讓秦赫為她治療。秦赫沒辦法只好問永來她母親平常喜歡吃的食物，得知是甜食後就做了美娜曾經為他做過的甜甜圈請她食用。另外，昰應忙著準備大妃的生辰宴，他吃過秦赫的甜甜圈後也認為非常好吃，還說要在生辰宴時拿給大妃享用。可是這消息傳入左相的耳裡後，又想藉機搞鬼，終於生辰宴當天，大妃在吃了一口甜甜圈後，手握著頸部昏了過去。

大妃差點被毒死，左相一幫人為了逼秦赫和永來作假口供，說他們是聽了昰應的指使，所以就用極刑來逼供。可是兩人怎麼也不肯配合，左相沒辦法就只好三個一起通通判絞刑，永輝為了救妹妹就去找景卓，希望他可以放了永來，說這樣他就願意把自己的命交出來。景卓沒有殺他，但叫他永遠不要再出現，然後為了救永來他也找到了一些新的證據。

左相接獲晉州發生民亂的消息，就下令人在晉州的景卓就近討伐，景卓也沒有辜負左相的信任，一舉掃蕩了所有叛民。可是在這期間他發現了叛民的首腦居然又是自己的多年好友永輝。另外，永來代替母親來晉州找哥哥，結果也遇到民亂而差點陷入危險，但還好遇到了奉御令回漢陽途中的昰應和秦赫一行人而及時化解危險。昰應回到漢陽後，為了從左相和御醫的手中保護重病的皇上，就開始積極安排要送秦赫到內醫院。

秦赫以新任內醫員的身分晉見哲宗，哲宗對他本來沒什麼好感，可是在他發生呼吸困難時，秦赫緊急紓解了他的痛苦，這讓哲宗開始對他有了信任。昰應向大妃推薦自己的兒子命福，請大妃任他為養子。左相聽到這消息後又趕緊去跟皇上告狀，說大妃不顧皇上健在，已經開始在安排繼承人，說這是企圖逆謀。大妃沒辦法，只好打消認養子的念頭。昰應也不甘就這麼退縮，煩惱了一陣後他終於又想到一個妙策，可以讓左相乖乖聽他的話。

哲宗得盲腸炎不趕快做手術生命就會有危險，可是御醫不想讓自己的地位因為秦赫而受到威脅，所以堅決不讓秦赫動手術。秦赫沒辦法就只好去找左相求情，左相本來就不想哲宗這麼快死，所以就答應了，不過前提是如果秦赫手術失敗就要把命交出來。另外，永來在準備跟景卓的婚事時，胸口突然感到很痛，且還摸到硬塊，這讓她不僅懷疑自己罹患了乳癌，後來景卓知道後就拜託秦赫為她診察。

婚禮日永來突然失蹤，秦赫和景卓怕她想不開就急著到處尋找。永來因為夢到自己是美娜，對自己的真實性感到混亂而不知所措。但在她徬徨期間，身體狀況是越來越差，不過還好終於被秦赫發現而及時給他動了手術。但在手術中秦赫的頭又開始痛起來，痛得他手一直發抖，根本無法繼續動手術，這時永來的胸部也在不斷噴出血來。另外，昰應召集所有宗親，宣布了一件重大事項。

興宣君拿著景卓射他的槍枝去跟左相談判，說只要左相肯協助自己兒子命福登上王位，那麼自己也會保障左相現在的官職和財產。左相自知理虧不得不答應，就這樣命福也就順利的登上了王位，不過左相他只是一時的退讓，立刻又跟趙大妃聯手要把登基沒幾天的命福給拉下台。興宣君為了保住兒子的王位只好又去拉攏趙大妃的姪女婿李校理。

在沒有麻醉的情況下，秦赫在為趙氏夫人進行剖腹生產，昰應逮住機會趕緊向李校理勸說，希望他可以為了國家離開趙大妃到他這邊來，可是當場被李校理拒絕。另外，景卓為了找出昰應的漏洞，潛入賓廳到處翻找秦赫遞給昰應的書信。看到裡面內容盡是講到未來，景卓就很不以為然的只以為秦赫是愛卜卦，然後就把書信隨便一丟，但是後來發現秦赫在書信中寫的竟一一兌現，這才警覺到有蹊蹺。

興宣大院君為了保住政權只好違背跟秦赫的約定，毅然決定要犧牲自己夫人，對天主教徒進行迫害。使得永來和法國神父陷入了困境，秦赫為了救這兩人出城絞盡了腦汁，終於想到一個辦法。另外，景卓為了找出興宣大院君的弱點緊密跟蹤，結果發現了他跟法國神父密會，且還簽了什麼密約，後來又成功從法國神父手中搶得這份密約書，這讓興宣大院君面臨了很大的危險。

昰應跟法國神父的密約落入左相手裡，為了保護年幼的皇上他主動提出自己願意放下政權，只求左相保全皇上。然後就把自己泡在酒缸裡，秦赫看他一蹶不振的樣子就很生氣，訓他不該這樣，應該想想該怎麼樣才能幫助皇上。另外永來因為信仰天主教又被抓到捕廳，秦赫為了救她就去向景卓透露自己的身世秘密。

春紅為了保護秦赫而死，臨終她還說了美娜已死，叫秦赫不要再為了救美娜而改變歷史。秦赫聽到心就碎了，認為沒有美娜的世界，他就是回去也沒意義，接著走到懸崖邊想往下跳，但被及時趕到的永來給攔住。法國艦隊入侵江 華島，傷兵人數急速增加，朝廷不緊要派援軍也要內醫院派醫員去支援，永來不想再耽誤秦赫，所以就自告奮勇的跟著援軍去了。左相為了找回權力，意圖危害皇上，結果被自己兒子出賣。

秦赫知道永來去了戰場，也跟著昰應率領的援軍來到戰場。可是昰應的軍隊因為大鈞向法軍出賣補給船的路線，使得火砲和火藥全被炸毀而陷入苦戰。景卓在苦戰中喪生了，永來也受到重傷命危，秦赫緊急為她動手術，手術很成 功。可是還來不及看到永來醒來之前，他自己也被法軍刺傷而墜落山下。醒來時，人已經回到了現實，可是他覺得這世界好像也跟他原來的世界不一樣。